PDB-7dsf: The Crystal Structure of human SPR from Biortus.

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7dsf

タイトル

The Crystal Structure of human SPR from Biortus.

要素

Sepiapterin reductase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / catalytic activity / oxidoreductase activity / acting on CH-OH group of donors

機能・相同性

機能・相同性情報

sepiapterin reductase (L-erythro-7,8-dihydrobiopterin-forming) / sepiapterin reductase (NADP+) activity / tetrahydrobiopterin biosynthetic process / : / eNOS activation / Tetrahydrobiopterin (BH4) synthesis, recycling, salvage and regulation / nitric oxide biosynthetic process / NADP binding / mitochondrion / extracellular exosome ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Wang, F. / Lv, Z. / Cheng, W. / Lin, D. / Meng, Q. / Zhang, B. / Huang, Y.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: The Crystal Structure of human SPR from Biortus.
著者: Wang, F. / Lv, Z. / Cheng, W. / Lin, D. / Meng, Q. / Zhang, B. / Huang, Y.

履歴

登録	2020年12月31日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2021年1月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月29日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7dsf.cif.gz	123.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7dsf.ent.gz	89.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7dsf.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ds/7dsf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ds/7dsf	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6i6cS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4z3k-2 6i6t-d 6i6c-d 1oaa-1 4z3k-1 6usn-6 6i6f-d 4hwk-2 4j7u-2 4j7x-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#188 - 2015年8月テトラヒドロビオプテリンの生合成 (Tetrahydrobiopterin Biosynthesis) 類似性 (6) #44 - 2003年8月カルモジュリン (Calmodulin) 類似性 (2) #216 - 2017年12月生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic) 類似性 (1) #196 - 2016年4月鉛の毒 (Lead Poisoning) 類似性 (2) #28 - 2002年4月炭疽毒素 (Anthrax Toxin) 類似性 (2) #206 - 2017年2月グロビンの進化 (Globin Evolution) 類似性 (1) #34 - 2002年10月ジヒドロ葉酸還元酵素 (Dihydrofolate Reductase) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#188 - 2015年8月
テトラヒドロビオプテリンの生合成 (Tetrahydrobiopterin Biosynthesis)
類似性 (6)
#44 - 2003年8月
カルモジュリン (Calmodulin)
類似性 (2)
#216 - 2017年12月
生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic)
類似性 (1)
#196 - 2016年4月
鉛の毒 (Lead Poisoning)
類似性 (2)
#28 - 2002年4月
炭疽毒素 (Anthrax Toxin)
類似性 (2)
#206 - 2017年2月
グロビンの進化 (Globin Evolution)
類似性 (1)
#34 - 2002年10月
ジヒドロ葉酸還元酵素 (Dihydrofolate Reductase)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Sepiapterin reductase

B: Sepiapterin reductase

ヘテロ分子

61.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	55.893, 74.560, 121.176
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Sepiapterin reductase / SPR 分子量: 30092.594 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SPR / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P35270, sepiapterin reductase (L-erythro-7,8-dihydrobiopterin-forming)
#2: 化合物	ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE 分子量: 743.405 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₈N₇O₁₇P₃
#3: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#4: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 247 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.27 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.36 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.01M ZnCl2, 0.1M NaAc PH5, 20% PEG 6000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL45XU / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年11月24日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→47.065 Å / Num. obs: 47688 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 5.4 % / R_merge(I) obs: 0.068 / Net I/σ(I): 14.6
反射シェル	解像度: 1.8→1.84 Å / R_merge(I) obs: 0.435 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique obs: 2722

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6I6C

6i6c

解像度: 1.8→47.065 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.953 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.943 / SU B: 2.798 / SU ML: 0.086 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.138 / ESU R Free: 0.122 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2177	2289	4.808 %
R_work	0.1939	45323	-
all	0.195	-	-
obs	-	47612	99.759 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 24.486 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.391 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	1.295 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.096 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→47.065 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3895	0	106	247	4248

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.003	0.013	4077
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	3922
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.318	1.669	5538
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.156	1.592	9085
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.965	5	522
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.317	21.746	189
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.571	15	703
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.329	15	32
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.047	0.2	512
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.02	4527
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	815
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.181	0.2	715
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.164	0.2	3553
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.136	0.2	1989
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.074	0.2	1798
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.136	0.2	228
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.085	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.265	0.2	15
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.155	0.2	27
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.223	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.889	2.532	2084
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.887	2.531	2081
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.55	3.793	2603
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.55	3.792	2604
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.963	2.661	1993
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	0.963	2.662	1994
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.604	3.92	2934
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	1.604	3.92	2935
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	3.53	30.152	4419
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	3.442	30.009	4390

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.8-1.847	0.292	165	0.267	3239	X-RAY DIFFRACTION	97.985
1.847-1.897	0.251	160	0.247	3216	X-RAY DIFFRACTION	99.6458
1.897-1.952	0.276	196	0.252	3090	X-RAY DIFFRACTION	99.6966
1.952-2.012	0.271	130	0.218	3092	X-RAY DIFFRACTION	100
2.012-2.078	0.245	135	0.209	2963	X-RAY DIFFRACTION	99.871
2.078-2.151	0.237	145	0.207	2879	X-RAY DIFFRACTION	99.9339
2.151-2.232	0.233	137	0.205	2757	X-RAY DIFFRACTION	100
2.232-2.323	0.229	130	0.206	2689	X-RAY DIFFRACTION	99.7523
2.323-2.426	0.211	136	0.19	2555	X-RAY DIFFRACTION	100
2.426-2.545	0.213	116	0.182	2460	X-RAY DIFFRACTION	100
2.545-2.682	0.199	111	0.186	2365	X-RAY DIFFRACTION	99.9193
2.682-2.844	0.219	113	0.188	2205	X-RAY DIFFRACTION	100
2.844-3.04	0.231	107	0.187	2082	X-RAY DIFFRACTION	100
3.04-3.283	0.198	108	0.184	1963	X-RAY DIFFRACTION	100
3.283-3.596	0.191	103	0.181	1795	X-RAY DIFFRACTION	100
3.596-4.018	0.193	74	0.174	1666	X-RAY DIFFRACTION	100
4.018-4.637	0.176	76	0.162	1472	X-RAY DIFFRACTION	100
4.637-5.672	0.207	75	0.182	1236	X-RAY DIFFRACTION	99.7717
5.672-7.989	0.297	48	0.21	995	X-RAY DIFFRACTION	99.9042
7.989-47.065	0.208	24	0.208	604	X-RAY DIFFRACTION	99.3671

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関連情報:EMDBヘッダ

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