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万見
- PDB-7drs: Structure of SspE_40224 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7drs
タイトルStructure of SspE_40224
要素SspE protein
キーワードHYDROLASE / DNase / DNA binding protein / GTPase / UNKNOWN FUNCTION
機能・相同性Domain of unknown function DUF1524 / GmrSD restriction endonucleases, C-terminal domain / Domain of unknown function DUF262 / GmrSD restriction endonuclease, N-terminal domain / SspE protein
機能・相同性情報
生物種Streptomyces yokosukanensis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.42 Å
データ登録者Haiyan, G. / Jinchuan, Z. / Chen, S. / Wang, L. / Wu, G.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: Nicking mechanism underlying the DNA phosphorothioate-sensing antiphage defense by SspE.
著者: Gao, H. / Gong, X. / Zhou, J. / Zhang, Y. / Duan, J. / Wei, Y. / Chen, L. / Deng, Z. / Wang, J. / Chen, S. / Wu, G. / Wang, L.
履歴
登録2020年12月29日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年6月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年1月11日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
D: SspE protein
A: SspE protein
B: SspE protein
C: SspE protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)348,5894
ポリマ－348,5894
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area13860 Å2
ΔGint-33 kcal/mol
Surface area124560 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)111.082, 138.150, 293.691
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11chain A
21chain B
31chain C
41chain D

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET / End auth comp-ID: PRO / End label comp-ID: PRO / Auth seq-ID: 1 - 771 / Label seq-ID: 1 - 771

Dom-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-ID
1chain AAB
2chain BBC
3chain CCD
4chain DDA

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要素

#1: タンパク質
SspE protein


分子量: 87147.352 Da / 分子数: 4 / 断片: DUF262 and DUF1524 domains / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces yokosukanensis (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A6I8WFL9

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.95 %
結晶化温度: 287.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 10% PEG MME 5000,5% Tascimate,pH 7.0,0.1M HEPES pH 7.0

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.978 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年5月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.978 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.3→50 Å / Num. obs: 122839 / % possible obs: 91.4 % / 冗長度: 13.3 % / Rpim(I) all: 0.074 / Net I/σ(I): 1.9
反射 シェル解像度: 3.3→3.42 Å / Num. unique obs: 6612 / CC1/2: 0.779

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-3000データスケーリング
REFMAC5.5精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-3000データ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6JIV

6jiv


解像度: 3.42→46.14 Å / SU ML: 0.53 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.22 / 位相誤差: 30.45 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.264 5792 4.92 %
Rwork0.2117 --
obs0.2144 117696 99.7 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 415 Å2 / Biso mean: 156.4072 Å2 / Biso min: 40.62 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.42→46.14 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数24548 0 0 0 24548
残基数----3084
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A14515X-RAY DIFFRACTION8.682TORSIONAL
12B14515X-RAY DIFFRACTION8.682TORSIONAL
13C14515X-RAY DIFFRACTION8.682TORSIONAL
14D14515X-RAY DIFFRACTION8.682TORSIONAL
LS精密化 シェル解像度: 3.42→3.46 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.4003 --
Rwork0.3574 --
obs-3608 96 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.61050.1977-0.05091.7864-0.25681.27210.0088-0.56660.01420.2949-0.02660.03620.05360.0599-0.00010.5874-0.02610.00380.72390.06960.508745.528219.217317.4768
20.11130.38770.13430.3421-0.35412.23160.2282-0.1233-0.1320.1771-0.42690.02360.07820.3393-0.0060.9863-0.1892-0.04491.04660.26530.667948.9203-9.5159349.9269
30.72910.32070.28271.0212-0.24612.4481-0.0186-0.33810.05690.16030.00010.1190.5613-0.2412-0.01180.9898-0.17230.08740.64310.07150.786327.1008-20.2704299.5484
42.24981.8482-1.29710.9476-0.35891.38930.1715-0.07770.51110.163-0.05150.350.14250.0598-0.00030.8308-0.04090.07080.75110.21011.1026-1.789-8.7304327.8908
51.4785-0.0321-0.09252.5468-0.21652.2019-0.09240.1233-0.0477-0.11480.09790.05890.25330.2126-0.00010.82070.0384-0.0130.6044-0.05910.790944.6087-14.2498273.5966
60.41840.0532-0.16440.4573-0.36590.4789-0.36770.8871-0.0567-0.44710.6854-0.5053-0.70350.3995-0.00070.9671-0.1598-0.03251.2064-0.35061.229775.65775.8709276.1622
70.1443-0.14120.11170.8121-0.12520.6163-0.36972.5332-2.0322-0.26961.4278-1.6005-0.69690.79030.24070.8321-0.10140.20993.0288-1.58362.423189.9301-4.7579266.0157
8-0.07410.32910.23340.22490.47530.4660.27340.898-0.5362-0.25460.5126-0.21471.30380.782202.2694-0.08320.17213.5532-1.10182.539883.7636-12.7124236.2333
91.9045-0.45330.96342.2192-0.20222.2330.15240.0810.1347-0.0042-0.0533-0.11610.0843-0.05550.00010.3965-0.10010.050.49630.01250.524751.932128.5014287.5896
101.34611.05450.14031.941-0.19971.008-0.58910.52520.2511-0.99120.54480.3394-0.1012-0.0148-0.00451.271-0.2634-0.24070.73550.10750.775142.794331.6729245.3545
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'D' and (resid 1 through 302 )D1 - 302
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'D' and (resid 303 through 771 )D303 - 771
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 1 through 302 )A1 - 302
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 303 through 771 )A303 - 771
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 1 through 324 )B1 - 324
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 325 through 411 )B325 - 411
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 412 through 554 )B412 - 554
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 555 through 771 )B555 - 771
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'C' and (resid 1 through 302 )C1 - 302
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'C' and (resid 303 through 771 )C303 - 771

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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