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- PDB-7drb: Crystal structure of plant receptor like protein RXEG1 with xylog... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7drb
タイトルCrystal structure of plant receptor like protein RXEG1 with xyloglucanase XEG1
要素
  • Cell 12A endoglucanase
  • Membrane-localized LRR receptor-like protein
キーワードPLANT PROTEIN / LRR / PTI / Glycoside hydrolase / Inhibitor
機能・相同性
機能・相同性情報


response to other organism / cellulase activity / polysaccharide catabolic process / defense response / membrane
類似検索 - 分子機能
Glycoside hydrolase family 12 / Glycosyl hydrolase family 12 / Leucine-rich repeat-containing N-terminal, plant-type / Leucine rich repeat N-terminal domain / Glycoside hydrolase family 11/12 / Leucine Rich Repeat / Leucine-rich repeats, bacterial type / Leucine-rich repeat, SDS22-like subfamily / Leucine rich repeat / Leucine-rich repeat, typical subtype ...Glycoside hydrolase family 12 / Glycosyl hydrolase family 12 / Leucine-rich repeat-containing N-terminal, plant-type / Leucine rich repeat N-terminal domain / Glycoside hydrolase family 11/12 / Leucine Rich Repeat / Leucine-rich repeats, bacterial type / Leucine-rich repeat, SDS22-like subfamily / Leucine rich repeat / Leucine-rich repeat, typical subtype / Leucine-rich repeats, typical (most populated) subfamily / Leucine-rich repeat / Leucine-rich repeat domain superfamily / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Membrane-localized LRR receptor-like protein / Cell 12A endoglucanase
類似検索 - 構成要素
生物種Phytophthora sojae (真核生物)
Nicotiana benthamiana (ナス科)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Sun, Y. / Wang, Y. / Zhang, X.X. / Chen, Z.D. / Xia, Y.Q. / Sun, Y.J. / Zhang, M.M. / Xiao, Y. / Han, Z.F. / Wang, Y.C. / Chai, J.J.
資金援助 中国, ドイツ, 2件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
Alexander von Humboldt Foundation ドイツ
引用ジャーナル: Nature / 年: 2022
タイトル: Plant receptor-like protein activation by a microbial glycoside hydrolase.
著者: Yue Sun / Yan Wang / Xiaoxiao Zhang / Zhaodan Chen / Yeqiang Xia / Lei Wang / Yujing Sun / Mingmei Zhang / Yu Xiao / Zhifu Han / Yuanchao Wang / Jijie Chai /
要旨: Plants rely on cell-surface-localized pattern recognition receptors to detect pathogen- or host-derived danger signals and trigger an immune response. Receptor-like proteins (RLPs) with a leucine- ...Plants rely on cell-surface-localized pattern recognition receptors to detect pathogen- or host-derived danger signals and trigger an immune response. Receptor-like proteins (RLPs) with a leucine-rich repeat (LRR) ectodomain constitute a subgroup of pattern recognition receptors and play a critical role in plant immunity. Mechanisms underlying ligand recognition and activation of LRR-RLPs remain elusive. Here we report a crystal structure of the LRR-RLP RXEG1 from Nicotiana benthamiana that recognizes XEG1 xyloglucanase from the pathogen Phytophthora sojae. The structure reveals that specific XEG1 recognition is predominantly mediated by an amino-terminal and a carboxy-terminal loop-out region (RXEG1(ID)) of RXEG1. The two loops bind to the active-site groove of XEG1, inhibiting its enzymatic activity and suppressing Phytophthora infection of N. benthamiana. Binding of XEG1 promotes association of RXEG1(LRR) with the LRR-type co-receptor BAK1 through RXEG1(ID) and the last four conserved LRRs to trigger RXEG1-mediated immune responses. Comparison of the structures of apo-RXEG1(LRR), XEG1-RXEG1(LRR) and XEG1-BAK1-RXEG1(LRR) shows that binding of XEG1 induces conformational changes in the N-terminal region of RXEG1(ID) and enhances structural flexibility of the BAK1-associating regions of RXEG1(LRR). These changes allow fold switching of RXEG1(ID) for recruitment of BAK1(LRR). Our data reveal a conserved mechanism of ligand-induced heterodimerization of an LRR-RLP with BAK1 and suggest a dual function for the LRR-RLP in plant immunity.
履歴
登録2020年12月27日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年6月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年10月26日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cell 12A endoglucanase
C: Membrane-localized LRR receptor-like protein
B: Cell 12A endoglucanase
D: Membrane-localized LRR receptor-like protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)271,65024
ポリマ－259,5174
非ポリマー12,13320
水00
1
A: Cell 12A endoglucanase
C: Membrane-localized LRR receptor-like protein
ヘテロ分子


  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 136 kDa, 2 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)135,66312
ポリマ－129,7582
非ポリマー5,90410
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10510 Å2
ΔGint86 kcal/mol
Surface area40920 Å2
手法PISA
2
B: Cell 12A endoglucanase
D: Membrane-localized LRR receptor-like protein
ヘテロ分子


  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 136 kDa, 2 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)135,98712
ポリマ－129,7582
非ポリマー6,22910
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11350 Å2
ΔGint92 kcal/mol
Surface area41420 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)103.888, 92.844, 154.526
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 107.910, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11chain A
21chain B
12chain C
22(chain D and resid 29 through 870)

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111chain AA20 - 241
211chain BB20 - 241
112chain CC29 - 870
212(chain D and resid 29 through 870)D29 - 870

NCSアンサンブル:
ID
1
2

-
要素

-
タンパク質 , 2種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質 Cell 12A endoglucanase / XEG1


分子量: 25519.551 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Phytophthora sojae (真核生物) / 遺伝子: EGL12-G / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q30BZ2
#2: タンパク質 Membrane-localized LRR receptor-like protein


分子量: 104238.852 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Nicotiana benthamiana (ナス科) / 遺伝子: RXEG1 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: A0A2I8B6R1

-
糖 , 5種, 20分子

#3: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D- ...alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)]alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1721.527 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-2DManpa1-3[DManpa1-2DManpa1-6]DManpa1-6[DManpa1-2DManpa1-3]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,10,9/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3-3-3-3-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-f1_d2-e1_f3-g1_f6-i1_g2-h1_i2-j1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][a-D-Manp]{}}[(6+1)][a-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][a-D-Manp]{}}[(6+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][a-D-Manp]{}}}}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 多糖
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}LINUCSPDB-CARE
#5: 多糖
beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#6: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)-alpha-D- ...alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1235.105 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-2DManpa1-3[DManpa1-6DManpa1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,7,6/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-f1_d2-e1_f6-g1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][a-D-Manp]{}}[(6+1)][a-D-Manp]{[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#7: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.73 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.26 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.1M MES monohydrate pH 6.0, 14% (w/v) polyethylene glycol (PEG) 4000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2018年10月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.3→50 Å / Num. obs: 41355 / % possible obs: 97.3 % / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 93.38 Å2 / CC1/2: 0.712 / Net I/σ(I): 13
反射 シェル解像度: 3.3→3.36 Å / Num. unique obs: 4059 / CC1/2: 0.712

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2_3874精密化
HKL-2000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-2000データ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4MNA

4mna


解像度: 3.3→49.01 Å / SU ML: 0.56 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 34.67 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2843 2064 4.99 %
Rwork0.2274 39276 -
obs0.2304 41340 97.2 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 189.29 Å2 / Biso mean: 99.5759 Å2 / Biso min: 30 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.3→49.01 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15198 0 806 0 16004
Biso mean--117.64 --
残基数----1948
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A1326X-RAY DIFFRACTION9.29TORSIONAL
12B1326X-RAY DIFFRACTION9.29TORSIONAL
21C5036X-RAY DIFFRACTION9.29TORSIONAL
22D5036X-RAY DIFFRACTION9.29TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 15

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3.3-3.370.47161170.37662509262694
3.37-3.460.44821300.34922578270896
3.46-3.550.38371480.31932560270896
3.55-3.660.37621280.30942495262393
3.66-3.770.36111160.30312639275597
3.77-3.910.3841400.30282616275698
3.91-4.060.3551650.25692640280599
4.06-4.250.26391240.22122674279899
4.25-4.470.26671380.20782668280699
4.47-4.750.26841350.19112649278498
4.75-5.120.23731520.18142607275997
5.12-5.630.29661300.19812549267995
5.64-6.450.25331450.21172695284099
6.45-8.120.26541630.22232694285799
8.12-49.010.21131330.18242703283697

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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