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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7dqx | ||||||
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タイトル | Crystal structure of xanthine dehydrogenase family protein | ||||||
![]() | (6-hydroxypseudooxynicotine dehydrogenase complex subunit ...) x 4 | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / KDH | ||||||
機能・相同性 | ![]() 6-hydroxypseudooxynicotine dehydrogenase / 6-hydroxypseudooxynicotine dehydrogenase activity / nicotine catabolic process / FAD binding / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Lei, W. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: crystal structure of xanthine dehydrogenase family protein 著者: Lei, W. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 900.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 737.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域:
NCSアンサンブル:
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要素
-6-hydroxypseudooxynicotine dehydrogenase complex subunit ... , 4種, 6分子 ADBCFE
#1: タンパク質 | 分子量: 86474.555 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: kdhC, kdhL / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: Q933N0, 6-hydroxypseudooxynicotine dehydrogenase #2: タンパク質 | | 分子量: 31469.957 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: kdhA, kdhM / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: O87681, 6-hydroxypseudooxynicotine dehydrogenase #3: タンパク質 | 分子量: 17660.904 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: kdhB, kdhS / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: O87682, 6-hydroxypseudooxynicotine dehydrogenase #4: タンパク質 | | 分子量: 31469.957 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: kdhA, kdhM / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: O87681, 6-hydroxypseudooxynicotine dehydrogenase |
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-非ポリマー , 4種, 10分子 ![](data/chem/img/MCN.gif)
![](data/chem/img/MO.gif)
![](data/chem/img/FAD.gif)
![](data/chem/img/FES.gif)
![](data/chem/img/MO.gif)
![](data/chem/img/FAD.gif)
![](data/chem/img/FES.gif)
#5: 化合物 | #6: 化合物 | #7: 化合物 | #8: 化合物 | ChemComp-FES / |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.94 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.76 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: PEG 4000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: Nonius Kappa CCD / 検出器: CCD / 日付: 2019年12月6日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.979 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.43→147.24 Å / Num. obs: 56814 / % possible obs: 96 % / 冗長度: 12.2 % / CC1/2: 0.87 / Net I/σ(I): 1.1 |
反射 シェル | 解像度: 3.43→3.55 Å / Num. unique obs: 5553 / CC1/2: 0.512 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 153.74 Å2 / Biso mean: 67.87 Å2 / Biso min: 31.2 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 3.44→147.24 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05
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LS精密化 シェル | 解像度: 3.443→3.532 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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