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万見
- PDB-7dqx: Crystal structure of xanthine dehydrogenase family protein -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7dqx
タイトルCrystal structure of xanthine dehydrogenase family protein
要素(6-hydroxypseudooxynicotine dehydrogenase complex subunit ...) x 4
キーワードOXIDOREDUCTASE / KDH
機能・相同性
機能・相同性情報


6-hydroxypseudooxynicotine dehydrogenase / 6-hydroxypseudooxynicotine dehydrogenase activity / nicotine catabolic process / FAD binding / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
CO dehydrogenase flavoprotein C-terminal domain / Molybdopterin dehydrogenase, FAD-binding / CO dehydrogenase flavoprotein, C-terminal / CO dehydrogenase flavoprotein, C-terminal domain superfamily / FAD binding domain in molybdopterin dehydrogenase / CO dehydrogenase flavoprotein C-terminal domain / Aldehyde oxidase and xanthine dehydrogenase, a/b hammerhead domain / Aldehyde oxidase/xanthine dehydrogenase, a/b hammerhead / [2Fe-2S]-binding / Aldehyde oxidase/xanthine dehydrogenase, first molybdopterin binding domain ...CO dehydrogenase flavoprotein C-terminal domain / Molybdopterin dehydrogenase, FAD-binding / CO dehydrogenase flavoprotein, C-terminal / CO dehydrogenase flavoprotein, C-terminal domain superfamily / FAD binding domain in molybdopterin dehydrogenase / CO dehydrogenase flavoprotein C-terminal domain / Aldehyde oxidase and xanthine dehydrogenase, a/b hammerhead domain / Aldehyde oxidase/xanthine dehydrogenase, a/b hammerhead / [2Fe-2S]-binding / Aldehyde oxidase/xanthine dehydrogenase, first molybdopterin binding domain / Aldehyde oxidase/xanthine dehydrogenase, a/b hammerhead superfamily / [2Fe-2S]-binding domain superfamily / Aldehyde oxidase/xanthine dehydrogenase, molybdopterin binding domain superfamily / [2Fe-2S] binding domain / Molybdopterin cofactor-binding domain / Aldehyde oxidase and xanthine dehydrogenase, a/b hammerhead domain / FAD-binding, type PCMH, subdomain 1 / 2Fe-2S ferredoxin, iron-sulphur binding site / 2Fe-2S ferredoxin-type iron-sulfur binding region signature. / FAD-binding domain, PCMH-type / PCMH-type FAD-binding domain profile. / FAD-binding, type PCMH, subdomain 2 / 2Fe-2S iron-sulfur cluster binding domain / FAD-binding, type PCMH-like superfamily / Beta-grasp domain superfamily / 2Fe-2S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. / 2Fe-2S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain / 2Fe-2S ferredoxin-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / PTERIN CYTOSINE DINUCLEOTIDE / MOLYBDENUM ATOM / 6-hydroxypseudooxynicotine dehydrogenase complex subunit alpha / 6-hydroxypseudooxynicotine dehydrogenase complex subunit beta / 6-hydroxypseudooxynicotine dehydrogenase complex subunit gamma
類似検索 - 構成要素
生物種Paenarthrobacter nicotinovorans (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 3.44 Å
データ登録者Lei, W.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: crystal structure of xanthine dehydrogenase family protein
著者: Lei, W.
履歴
登録2020年12月24日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年1月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 6-hydroxypseudooxynicotine dehydrogenase complex subunit gamma
B: 6-hydroxypseudooxynicotine dehydrogenase complex subunit alpha
C: 6-hydroxypseudooxynicotine dehydrogenase complex subunit beta
E: 6-hydroxypseudooxynicotine dehydrogenase complex subunit alpha
F: 6-hydroxypseudooxynicotine dehydrogenase complex subunit beta
D: 6-hydroxypseudooxynicotine dehydrogenase complex subunit gamma
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)275,07016
ポリマ－271,2116
非ポリマー3,85910
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area29230 Å2
ΔGint-190 kcal/mol
Surface area83960 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)112.860, 126.792, 294.490
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21D
12B
22E
13C
23F

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
111ASNASNASNASNAA21 - 79021 - 790
221ASNASNASNASNDF21 - 79021 - 790
132METMETARGARGBB1 - 2861 - 286
242METMETARGARGED1 - 2861 - 286
153METMETASPASPCC1 - 1601 - 160
263METMETASPASPFE1 - 1601 - 160

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

-
要素

-
6-hydroxypseudooxynicotine dehydrogenase complex subunit ... , 4種, 6分子 ADBCFE

#1: タンパク質 6-hydroxypseudooxynicotine dehydrogenase complex subunit gamma / molybdopterin-binding subunit L / Ketone dehydrogenase large molybdopterin subunit


分子量: 86474.555 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Paenarthrobacter nicotinovorans (バクテリア)
遺伝子: kdhC, kdhL / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: Q933N0, 6-hydroxypseudooxynicotine dehydrogenase
#2: タンパク質 6-hydroxypseudooxynicotine dehydrogenase complex subunit alpha / molybdopterin-binding subunit M / Ketone dehydrogenase medium FAD subunit


分子量: 31469.957 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Paenarthrobacter nicotinovorans (バクテリア)
遺伝子: kdhA, kdhM / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: O87681, 6-hydroxypseudooxynicotine dehydrogenase
#3: タンパク質 6-hydroxypseudooxynicotine dehydrogenase complex subunit beta / molybdopterin-binding subunit S / Ketone dehydrogenase small FeS subunit


分子量: 17660.904 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Paenarthrobacter nicotinovorans (バクテリア)
遺伝子: kdhB, kdhS / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: O87682, 6-hydroxypseudooxynicotine dehydrogenase
#4: タンパク質 6-hydroxypseudooxynicotine dehydrogenase complex subunit alpha / molybdopterin-binding subunit M / Ketone dehydrogenase medium FAD subunit


分子量: 31469.957 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Paenarthrobacter nicotinovorans (バクテリア)
遺伝子: kdhA, kdhM / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: O87681, 6-hydroxypseudooxynicotine dehydrogenase

-
非ポリマー , 4種, 10分子

#5: 化合物 ChemComp-MCN / PTERIN CYTOSINE DINUCLEOTIDE


分子量: 696.501 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H22N8O13P2S2
#6: 化合物 ChemComp-MO / MOLYBDENUM ATOM / モリブデン


分子量: 95.940 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mo
#7: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#8: 化合物
ChemComp-FES / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER


分子量: 175.820 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe2S2

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.94 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.76 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: PEG 4000

-
データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: Nonius Kappa CCD / 検出器: CCD / 日付: 2019年12月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.43→147.24 Å / Num. obs: 56814 / % possible obs: 96 % / 冗長度: 12.2 % / CC1/2: 0.87 / Net I/σ(I): 1.1
反射 シェル解像度: 3.43→3.55 Å / Num. unique obs: 5553 / CC1/2: 0.512

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
REFMAC5.6.0117精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-3000データ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 3.44→147.24 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.844 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.791 / SU B: 88.643 / SU ML: 0.625 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.709 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.326 2706 5.1 %RANDOM
Rwork0.2875 ---
obs0.2894 50560 93.67 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 153.74 Å2 / Biso mean: 67.87 Å2 / Biso min: 31.2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.09 Å20 Å20 Å2
2---0.78 Å20 Å2
3---0.86 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.44→147.24 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数18466 0 212 0 18678
Biso mean--65.27 --
残基数----2435
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0050.01919055
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3881.97425902
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.89552428
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.89123.604838
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.986153039
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.89515159
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0970.22968
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.02114479
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr3.928319055
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded2.615518676
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A6790.26
12D6790.26
21B2920.26
22E2920.26
31C2400.13
32F2400.13
LS精密化 シェル解像度: 3.443→3.532 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.378 124 -
Rwork0.346 2153 -
all-2277 -
obs--55.01 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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