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- PDB-7dqv: Crystal structure of a CmABCB1 mutant -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7dqv
タイトルCrystal structure of a CmABCB1 mutant
要素Probable ATP-dependent transporter ycf16
キーワードTRANSPORT PROTEIN / multidrug resistance ABC transporter membrane protein
機能・相同性
機能・相同性情報


oligopeptide export from mitochondrion / ABC-type oligopeptide transporter activity / mitochondrial inner membrane / ATP hydrolysis activity / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Type 1 protein exporter / ABC transporter transmembrane region / ABC transporter type 1, transmembrane domain / ABC transporter integral membrane type-1 fused domain profile. / ABC transporter type 1, transmembrane domain superfamily / ABC transporter-like, conserved site / ABC transporters family signature. / ABC transporter / ABC transporter-like, ATP-binding domain / ATP-binding cassette, ABC transporter-type domain profile. ...Type 1 protein exporter / ABC transporter transmembrane region / ABC transporter type 1, transmembrane domain / ABC transporter integral membrane type-1 fused domain profile. / ABC transporter type 1, transmembrane domain superfamily / ABC transporter-like, conserved site / ABC transporters family signature. / ABC transporter / ABC transporter-like, ATP-binding domain / ATP-binding cassette, ABC transporter-type domain profile. / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / NITRATE ION / Probable ATP-dependent transporter ycf16
類似検索 - 構成要素
生物種Cyanidioschyzon merolae (真核生物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.15 Å
データ登録者Matsuoka, K. / Nakatsu, T. / Kato, H.
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2021
タイトル: The crystal structure of the CmABCB1 G132V mutant, which favors the outward-facing state, reveals the mechanism of the pivotal joint between TM1 and TM3.
著者: Matsuoka, K. / Nakatsu, T. / Kato, H.
履歴
登録2020年12月24日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年3月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年4月21日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Probable ATP-dependent transporter ycf16
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,8356
ポリマ－67,2771
非ポリマー1,5585
水6,377354
1
A: Probable ATP-dependent transporter ycf16
ヘテロ分子

A: Probable ATP-dependent transporter ycf16
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)137,66912
ポリマ－134,5542
非ポリマー3,11510
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation22_564z+1/4,-y+5/4,x-1/41
Buried area21030 Å2
ΔGint-132 kcal/mol
Surface area47850 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)175.667, 175.667, 175.667
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number213
Space group name H-MP4132
Space group name HallP4bd2ab3
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1153-

HOH

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要素

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タンパク質 / 糖 , 2種, 3分子 A

#1: タンパク質 Probable ATP-dependent transporter ycf16 / ATP-binding cassette / sub-family B / member 1


分子量: 67276.891 Da / 分子数: 1 / 変異: G132V / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Cyanidioschyzon merolae (strain 10D) (真核生物)
遺伝子: CYME_CMD148C / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: M1VAN7
#3: 糖 ChemComp-DMU / DECYL-BETA-D-MALTOPYRANOSIDE / DECYLMALTOSIDE / デシルβ-マルトシド


タイプ: D-saccharide / 分子量: 482.562 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H42O11 / コメント: 可溶化剤*YM

-
非ポリマー , 4種, 357分子

#2: 化合物 ChemComp-ANP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / AMP-PNP


分子量: 506.196 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N6O12P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
コメント: AMP-PNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#4: 化合物 ChemComp-NO3 / NITRATE ION


分子量: 62.005 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: NO3
#5: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 354 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.36 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 19% (w/v) PEG 2000 MME, 100mM magnesium nitrate, 100mM potassium chloride

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年10月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.15→48.72 Å / Num. obs: 95087 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 17.7 % / Biso Wilson estimate: 42.41 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Rrim(I) all: 0.072 / Net I/σ(I): 27.4
反射 シェル解像度: 2.15→2.28 Å / 冗長度: 8.46 % / Rmerge(I) obs: 0.968 / Mean I/σ(I) obs: 2.25 / Num. unique obs: 15216 / CC1/2: 0.789 / Rrim(I) all: 0.816 / % possible all: 98.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19_4092精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6a6m

6a6m


解像度: 2.15→48.7 Å / SU ML: 0.241 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 20.3055
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2099 4762 5.01 %RANDOM
Rwork0.185 90317 --
obs0.1862 95079 99.73 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 74.32 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.15→48.7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4497 0 102 354 4953
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00744684
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.83756350
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0496742
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0081799
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.64251670
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.15-2.170.34761490.29362918X-RAY DIFFRACTION94.63
2.17-2.20.32051550.26942929X-RAY DIFFRACTION99.36
2.2-2.230.28211590.23862995X-RAY DIFFRACTION99.65
2.23-2.250.23481570.22213019X-RAY DIFFRACTION100
2.25-2.280.21381620.21063039X-RAY DIFFRACTION100
2.28-2.320.24581590.20522967X-RAY DIFFRACTION100
2.32-2.350.23221560.19023019X-RAY DIFFRACTION100
2.35-2.380.20761610.1883022X-RAY DIFFRACTION100
2.38-2.420.21031610.17013046X-RAY DIFFRACTION100
2.42-2.460.21971580.16783020X-RAY DIFFRACTION100
2.46-2.50.22541540.17943013X-RAY DIFFRACTION100
2.5-2.550.21051570.17593014X-RAY DIFFRACTION100
2.55-2.60.20641590.18173031X-RAY DIFFRACTION100
2.6-2.650.21351620.17613009X-RAY DIFFRACTION100
2.65-2.710.21831580.18033013X-RAY DIFFRACTION100
2.71-2.770.26131620.20073000X-RAY DIFFRACTION100
2.77-2.840.23551620.18853040X-RAY DIFFRACTION100
2.84-2.920.24521560.18723020X-RAY DIFFRACTION100
2.92-30.19481620.17943000X-RAY DIFFRACTION100
3-3.10.2051560.17283020X-RAY DIFFRACTION100
3.1-3.210.22621580.16983017X-RAY DIFFRACTION100
3.21-3.340.21551580.17813019X-RAY DIFFRACTION100
3.34-3.490.2131570.17463014X-RAY DIFFRACTION100
3.49-3.670.20121630.16523034X-RAY DIFFRACTION100
3.68-3.90.17661550.16853012X-RAY DIFFRACTION100
3.91-4.210.22191560.16013024X-RAY DIFFRACTION100
4.21-4.630.16631590.16653023X-RAY DIFFRACTION99.97
4.63-5.30.2021630.19063003X-RAY DIFFRACTION100
5.3-6.670.2251640.21433015X-RAY DIFFRACTION100
6.68-48.720.18421640.20673022X-RAY DIFFRACTION99.78

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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