PDB-7dqt: Crystal structure of O6-methylguanine methyltransferase Y91F variant

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7dqt

タイトル

Crystal structure of O6-methylguanine methyltransferase Y91F variant

要素

Methylated-DNA--protein-cysteine methyltransferase

キーワード

TRANSFERASE / methyltransferase

機能・相同性

機能・相同性情報

methylated-DNA-[protein]-cysteine S-methyltransferase / methylated-DNA-[protein]-cysteine S-methyltransferase activity / DNA alkylation repair / methylation / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Sulfurisphaera tokodaii (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.13 Å

データ登録者

Kikuchi, M. / Iizuka, Y. / Yamauchi, T. / Tsunoda, M.

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2021
タイトル: Roles of the hydroxy group of tyrosine in crystal structures of Sulfurisphaera tokodaii O6-methylguanine-DNA methyltransferase.
著者: Kikuchi, M. / Yamauchi, T. / Iizuka, Y. / Tsunoda, M.

履歴

登録	2020年12月24日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2021年12月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月29日	Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7dqt.cif.gz	55.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7dqt.ent.gz	36.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7dqt.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7dqt_validation.pdf.gz	441.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7dqt_full_validation.pdf.gz	442.7 KB	表示
XML形式データ	7dqt_validation.xml.gz	11 KB	表示
CIF形式データ	7dqt_validation.cif.gz	16 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dq/7dqt ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dq/7dqt	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7csmC 7d4vC 7dknC 7dqqC 7dqrC 7e1pC 1wrjS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3kzy-1 3kzy-2 3qfg-2 3zhw-1 1eh7-d 3k6l-3 4jo5-d 6hm8-d 6rpp-d 3qfg-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Methylated-DNA--protein-cysteine methyltransferase

ヘテロ分子

18.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	48.102, 52.839, 61.837
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Methylated-DNA--protein-cysteine methyltransferase / 6-O-methylguanine-DNA methyltransferase / MGMT / O-6-methylguanine-DNA-alkyltransferase 分子量: 18008.951 Da / 分子数: 1 / 変異: Y91F / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Sulfurisphaera tokodaii (strain DSM 16993 / JCM 10545 / NBRC 100140 / 7) (古細菌) 株: DSM 16993 / JCM 10545 / NBRC 100140 / 7 / 遺伝子: ogt, STK_09670 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q973C7, methylated-DNA-[protein]-cysteine S-methyltransferase
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 208 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.18 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.62 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.2 M Potassium chloride, 0.05 M HEPES pH 7.5, 35% v/v Pentaerythritol propoxylate (5/4 PO/OH)

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Photon Factory

/ ビームライン: BL-5A / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年11月19日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.13→40.17 Å / Num. obs: 59665 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 12.7 % / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.066 / R_pim(I) all: 0.019 / R_rim(I) all: 0.069 / Net I/σ(I): 26.1 / Num. measured all: 755764 / Scaling rejects: 2

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. measured all	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Net I/σ(I) obs	% possible all
1.13-1.15	11.7	0.178	33246	2845	0.991	0.053	0.186	11.9	97.7
6.19-40.17	11.1	0.077	4835	435	0.98	0.025	0.082	38.3	99.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Aimless	0.7.4	データスケーリング
REFMAC	5.8.0267	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
XDS		データ削減
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1wrj

1wrj

解像度: 1.13→30.938 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.967 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.958 / SU B: 0.429 / SU ML: 0.021 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.035 / ESU R Free: 0.038 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1966	2959	4.965 %
R_work	0.1712	56638	-
all	0.172	-	-
obs	-	59597	99.826 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 11.823 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.002 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.001 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.001 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.13→30.938 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1235	0	5	208	1448

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.018	0.013	1402
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	1366
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.176	1.653	1921
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.57	1.58	3158
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.587	5	190
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	27.411	20.556	72
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.54	15	256
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.31	15	11
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.121	0.2	179
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.012	0.02	1583
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	347
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.225	0.2	262
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.182	0.2	1311
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.192	0.2	675
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.09	0.2	678
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.168	0.2	102
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.312	0.2	25
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.229	0.2	68
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.156	0.2	26
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.179	1.026	666
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.178	1.025	665
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.664	1.549	843
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.663	1.551	844
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.921	1.221	736
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.922	1.22	733
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.779	1.754	1062
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.782	1.75	1056
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	3.692	13.018	1623
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	3.479	12.258	1568

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.13-1.159	0.218	221	0.19	4032	X-RAY DIFFRACTION	98.1764
1.159-1.191	0.185	201	0.192	4048	X-RAY DIFFRACTION	99.6015
1.191-1.226	0.204	215	0.18	3925	X-RAY DIFFRACTION	99.9276
1.226-1.263	0.231	179	0.183	3846	X-RAY DIFFRACTION	100
1.263-1.305	0.189	201	0.184	3680	X-RAY DIFFRACTION	100
1.305-1.35	0.192	196	0.172	3598	X-RAY DIFFRACTION	100
1.35-1.401	0.186	187	0.168	3454	X-RAY DIFFRACTION	100
1.401-1.458	0.162	171	0.165	3333	X-RAY DIFFRACTION	100
1.458-1.523	0.201	160	0.163	3198	X-RAY DIFFRACTION	100
1.523-1.597	0.192	161	0.162	3083	X-RAY DIFFRACTION	100
1.597-1.684	0.174	144	0.15	2937	X-RAY DIFFRACTION	100
1.684-1.786	0.182	126	0.161	2806	X-RAY DIFFRACTION	100
1.786-1.909	0.199	146	0.167	2591	X-RAY DIFFRACTION	100
1.909-2.061	0.176	155	0.165	2412	X-RAY DIFFRACTION	100
2.061-2.257	0.198	100	0.157	2278	X-RAY DIFFRACTION	100
2.257-2.523	0.19	125	0.158	2043	X-RAY DIFFRACTION	100
2.523-2.911	0.216	94	0.178	1827	X-RAY DIFFRACTION	100
2.911-3.561	0.212	75	0.173	1574	X-RAY DIFFRACTION	100
3.561-5.016	0.188	65	0.162	1231	X-RAY DIFFRACTION	100
5.016-30.938	0.249	37	0.247	742	X-RAY DIFFRACTION	99.3622

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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