PDB-7d4v: Crystal structure of Sulfurisphaera tokodaii O6-methylguanine met...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7d4v

タイトル

Crystal structure of Sulfurisphaera tokodaii O6-methylguanine methyltransferase Y91F/C120S variant

要素

Methylated-DNA--protein-cysteine methyltransferase

キーワード

TRANSFERASE / methyltransferase

機能・相同性

機能・相同性情報

methylated-DNA-[protein]-cysteine S-methyltransferase / methylated-DNA-[protein]-cysteine S-methyltransferase activity / DNA alkylation repair / methylation / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Sulfurisphaera tokodaii (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.78 Å

データ登録者

Kikuchi, M. / Yamauchi, T. / Iizuka, Y. / Tsunoda, M.

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2021
タイトル: Roles of the hydroxy group of tyrosine in crystal structures of Sulfurisphaera tokodaii O6-methylguanine-DNA methyltransferase.
著者: Kikuchi, M. / Yamauchi, T. / Iizuka, Y. / Tsunoda, M.

履歴

登録	2020年9月24日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2021年9月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年12月15日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2023年11月29日	Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z
改定 1.3	2024年10月30日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7d4v.cif.gz	47.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7d4v.ent.gz	30.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7d4v.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d4/7d4v ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d4/7d4v	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7csmC 7dknC 7dqqC 7dqrC 7dqtC 7e1pC 1wrjS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2pyc-d 6cd4-d 3qkj-2 4hxl-d 1lh2-d 1wrj-d 4hxn-d 5wzm-d 1fb2-2 5ku3-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Methylated-DNA--protein-cysteine methyltransferase

ヘテロ分子

18 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	47.848, 52.056, 62.336
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Methylated-DNA--protein-cysteine methyltransferase / 6-O-methylguanine-DNA methyltransferase / MGMT / O-6-methylguanine-DNA-alkyltransferase 分子量: 17944.887 Da / 分子数: 1 / 変異: Y91F, C120S / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Sulfurisphaera tokodaii (strain DSM 16993 / JCM 10545 / NBRC 100140 / 7) (古細菌) 株: DSM 16993 / JCM 10545 / NBRC 100140 / 7 / 遺伝子: ogt, STK_09670 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q973C7, methylated-DNA-[protein]-cysteine S-methyltransferase
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 55 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.23 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.74 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.2 M Ammonium sulfate, 0.1 M Tris pH 8.5, 25% w/v Polyethylene glycol 3,350

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Photon Factory

/ ビームライン: BL-5A / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年6月3日

放射

モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.78→47.85 Å / Num. obs: 15471 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.4 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.031 / R_pim(I) all: 0.013 / R_rim(I) all: 0.034 / Net I/σ(I): 33.3 / Num. measured all: 98283 / Scaling rejects: 2

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. measured all	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Net I/σ(I) obs	% possible all
1.78-1.82	6.5	0.16	5625	867	0.986	0.067	0.174	9.5	100
9.08-47.85	5.1	0.023	763	150	0.999	0.01	0.025	52.4	99.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
Aimless	0.7.4	データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
XDS	Mar 15,2019	データ削減
MOLREP	11.7.02	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1wrj

1wrj

解像度: 1.78→39.956 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.954 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.933 / WR_factor R_free: 0.264 / WR_factor R_work: 0.221 / SU B: 3.264 / SU ML: 0.103 / Average fsc free: 0.9031 / Average fsc work: 0.9197 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.134 / ESU R Free: 0.129 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2452	656	4.252 %
R_work	0.2064	14771	-
all	0.208	-	-
obs	-	15427	99.754 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 27.674 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.022 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	0.003 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.019 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.78→39.956 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1186	0	5	55	1246

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.013	1225
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	1158
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.748	1.643	1656
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.421	1.578	2674
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.021	5	153
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	27.028	21.864	59
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.424	15	209
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	25.786	15	7
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.086	0.2	154
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	1353
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	272
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.212	0.2	223
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.179	0.2	1083
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.177	0.2	617
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.08	0.2	572
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.161	0.2	39
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.191	0.2	11
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.207	0.2	39
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.408	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.414	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.837	2.78	603
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.778	2.778	602
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.531	4.156	753
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.531	4.159	754
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.317	3.124	622
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.275	3.101	619
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.831	4.542	901
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.77	4.507	896
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.976	32.474	1342
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.98	32.396	1335

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.78-1.826	0.275	61	0.217	1044	0.22	1105	0.926	0.943	100	0.193
1.826-1.876	0.285	44	0.252	1061	0.253	1105	0.891	0.886	100	0.213
1.876-1.931	0.317	41	0.25	1027	0.253	1068	0.856	0.871	100	0.222
1.931-1.99	0.349	44	0.238	977	0.243	1021	0.854	0.895	100	0.214
1.99-2.055	0.306	43	0.228	961	0.232	1004	0.888	0.908	100	0.208
2.055-2.127	0.299	34	0.227	934	0.229	969	0.878	0.914	99.8968	0.211
2.127-2.207	0.269	47	0.227	901	0.229	948	0.883	0.909	100	0.216
2.207-2.297	0.279	47	0.229	859	0.232	906	0.905	0.911	100	0.223
2.297-2.399	0.294	39	0.213	825	0.217	865	0.892	0.928	99.8844	0.214
2.399-2.515	0.234	43	0.216	790	0.217	841	0.931	0.926	99.0488	0.216
2.515-2.651	0.28	31	0.209	759	0.212	792	0.898	0.925	99.7475	0.215
2.651-2.811	0.283	23	0.217	747	0.219	772	0.882	0.922	99.7409	0.228
2.811-3.004	0.226	17	0.229	689	0.229	708	0.906	0.917	99.7175	0.246
3.004-3.243	0.244	36	0.229	623	0.23	665	0.911	0.921	99.0977	0.245
3.243-3.55	0.251	26	0.202	587	0.204	616	0.918	0.941	99.513	0.23
3.55-3.965	0.202	24	0.174	544	0.176	571	0.954	0.96	99.4746	0.203
3.965-4.571	0.213	18	0.159	478	0.161	500	0.967	0.972	99.2	0.195
4.571-5.58	0.211	12	0.174	422	0.175	436	0.97	0.967	99.5413	0.208
5.58-7.816	0.156	13	0.197	338	0.195	354	0.968	0.961	99.1525	0.242
7.816-39.956	0.179	13	0.21	205	0.209	219	0.96	0.961	99.5434	0.263

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