PDB-7dqr: Crystal structure of Sulfurisphaera tokodaii methylated O6-methyl...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7dqr

タイトル

Crystal structure of Sulfurisphaera tokodaii methylated O6-methylguanine methyltransferase

要素

Methylated-DNA--protein-cysteine methyltransferase

キーワード

TRANSFERASE / methyltransferase

機能・相同性

機能・相同性情報

methylated-DNA-[protein]-cysteine S-methyltransferase / methylated-DNA-[protein]-cysteine S-methyltransferase activity / DNA alkylation repair / methylation / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Sulfurisphaera tokodaii (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.74 Å

データ登録者

Kikuchi, M. / Yamauchi, T. / Iizuka, Y. / Tsonoda, M.

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2021
タイトル: Roles of the hydroxy group of tyrosine in crystal structures of Sulfurisphaera tokodaii O6-methylguanine-DNA methyltransferase.
著者: Kikuchi, M. / Yamauchi, T. / Iizuka, Y. / Tsonoda, M.

履歴

登録	2020年12月24日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2021年12月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月29日	Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7dqr.cif.gz	49.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7dqr.ent.gz	31.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7dqr.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7dqr_validation.pdf.gz	436.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7dqr_full_validation.pdf.gz	436.6 KB	表示
XML形式データ	7dqr_validation.xml.gz	8.9 KB	表示
CIF形式データ	7dqr_validation.cif.gz	11.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dq/7dqr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dq/7dqr	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7csmC 7d4vC 7dknC 7dqqC 7dqtC 7e1pC 1wrjS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7dkn-d 1ch1-d 7d4v-d 7ddu-2 7ddr-d 2mgm-d 1cp5-d 1mlh-d 1ch5-d 2spo-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Methylated-DNA--protein-cysteine methyltransferase

ヘテロ分子

18.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	48.206, 52.472, 61.775
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Methylated-DNA--protein-cysteine methyltransferase / 6-O-methylguanine-DNA methyltransferase / MGMT / O-6-methylguanine-DNA-alkyltransferase 分子量: 17990.979 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Sulfurisphaera tokodaii (strain DSM 16993 / JCM 10545 / NBRC 100140 / 7) (古細菌) 株: DSM 16993 / JCM 10545 / NBRC 100140 / 7 / 遺伝子: ogt, STK_09670 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q973C7, methylated-DNA-[protein]-cysteine S-methyltransferase
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 100 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.16 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.03 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.2 M Ammonium sulfate, 0.1 M Tris pH 8.5, 25% w/v Polyethylene glycol 3,350

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Photon Factory

/ ビームライン: BL-1A / 波長: 1.1 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER X 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年6月16日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.74→48.21 Å / Num. obs: 16659 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.5 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.031 / R_pim(I) all: 0.013 / R_rim(I) all: 0.034 / Net I/σ(I): 34.8 / Num. measured all: 107753 / Scaling rejects: 4

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. measured all	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Net I/σ(I) obs	% possible all
1.74-1.77	6.9	0.142	6393	926	0.992	0.058	0.154	11.3	100
8.87-48.21	4.5	0.028	714	157	0.999	0.013	0.031	53.6	98

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
Aimless	0.7.4	データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
XDS		データ削減
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1wrj

1wrj

解像度: 1.74→39.992 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.955 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.934 / WR_factor R_free: 0.235 / WR_factor R_work: 0.196 / SU B: 2.022 / SU ML: 0.068 / Average fsc free: 0.9358 / Average fsc work: 0.9488 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.119 / ESU R Free: 0.116 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2256	893	5.375 %
R_work	0.1887	15720	-
all	0.191	-	-
obs	-	16613	99.862 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 22.152 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.002 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.002 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.004 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.74→39.992 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1215	0	5	100	1320

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.013	1255
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	1223
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.866	1.648	1693
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.475	1.588	2823
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.363	5	153
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	27.776	21.385	65
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.112	15	231
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.255	15	9
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.089	0.2	155
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.011	0.02	1377
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	293
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.215	0.2	228
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.175	0.2	1198
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.184	0.2	639
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.081	0.2	621
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.119	0.2	58
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.211	0.2	16
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.242	0.2	46
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.178	0.2	15
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.979	2.033	603
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.975	2.028	602
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.64	3.041	753
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.638	3.045	754
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.26	2.442	652
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.237	2.435	649
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.925	3.499	938
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.894	3.487	933
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.626	24.309	1406
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.633	24.141	1393

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.74-1.785	0.24	61	0.19	1136	0.193	1197	0.927	0.944	100	0.171
1.785-1.834	0.202	59	0.191	1107	0.191	1167	0.932	0.94	99.9143	0.17
1.834-1.887	0.288	65	0.19	1087	0.195	1153	0.922	0.944	99.9133	0.173
1.887-1.945	0.182	54	0.177	1060	0.178	1116	0.952	0.954	99.8208	0.161
1.945-2.009	0.204	61	0.181	1026	0.182	1087	0.945	0.955	100	0.172
2.009-2.079	0.234	49	0.198	977	0.199	1028	0.938	0.944	99.8055	0.187
2.079-2.157	0.187	56	0.196	958	0.195	1014	0.95	0.944	100	0.189
2.157-2.245	0.268	60	0.187	918	0.192	979	0.906	0.947	99.8979	0.183
2.245-2.344	0.231	52	0.182	875	0.184	928	0.921	0.949	99.8922	0.182
2.344-2.458	0.28	48	0.173	864	0.178	914	0.928	0.955	99.7812	0.176
2.458-2.591	0.17	32	0.188	817	0.187	849	0.963	0.954	100	0.19
2.591-2.747	0.218	43	0.199	779	0.2	823	0.942	0.943	99.8785	0.205
2.747-2.936	0.279	49	0.216	707	0.221	760	0.905	0.924	99.4737	0.232
2.936-3.17	0.237	40	0.209	681	0.21	721	0.929	0.941	100	0.227
3.17-3.47	0.165	37	0.196	630	0.194	667	0.967	0.955	100	0.216
3.47-3.876	0.198	43	0.167	561	0.169	605	0.958	0.964	99.8347	0.189
3.876-4.469	0.166	30	0.154	520	0.155	551	0.969	0.971	99.8185	0.176
4.469-5.456	0.288	23	0.184	443	0.187	467	0.916	0.97	99.7859	0.215
5.456-7.645	0.316	18	0.22	354	0.224	373	0.945	0.955	99.7319	0.246
7.645-39.992	0.313	13	0.211	220	0.216	237	0.936	0.949	98.3122	0.243

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