PDB-7dqq: Crystal structure of Sulfurisphaera tokodaii O6-methylguanine met...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7dqq

タイトル

Crystal structure of Sulfurisphaera tokodaii O6-methylguanine methyltransferase Y91F/C120S variant in complex with O6-methyldeoxyguanosine

要素

Methylated-DNA--protein-cysteine methyltransferase

キーワード

TRANSFERASE / methyltramsferase

機能・相同性

機能・相同性情報

methylated-DNA-[protein]-cysteine S-methyltransferase / methylated-DNA-[protein]-cysteine S-methyltransferase activity / DNA alkylation repair / methylation / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Sulfurisphaera tokodaii (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.6 Å

データ登録者

Kikuchi, M. / Yamauchi, T. / Iizuka, Y. / Tsunoda, M.

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2021
タイトル: Roles of the hydroxy group of tyrosine in crystal structures of Sulfurisphaera tokodaii O6-methylguanine-DNA methyltransferase.
著者: Kikuchi, M. / Yamauchi, T. / Iizuka, Y. / Tsunoda, M.

履歴

登録	2020年12月24日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2021年12月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月29日	Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z
改定 1.2	2024年10月23日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7dqq.cif.gz	48.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7dqq.ent.gz	30.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7dqq.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dq/7dqq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dq/7dqq	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7csmC 7d4vC 7dknC 7dqrC 7dqtC 7e1pC 1wrjS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3qin-d 2c0k-1 6x7y-d 1wrj-d 3hyf-d 2c0k-2 6dx1-1 7d4v-d 6dwx-3 3h1x-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Methylated-DNA--protein-cysteine methyltransferase

ヘテロ分子

18.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	48.473, 53.166, 62.085
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Methylated-DNA--protein-cysteine methyltransferase / 6-O-methylguanine-DNA methyltransferase / MGMT / O-6-methylguanine-DNA-alkyltransferase 分子量: 17944.887 Da / 分子数: 1 / 変異: Y91F, C120S / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Sulfurisphaera tokodaii (strain DSM 16993 / JCM 10545 / NBRC 100140 / 7) (古細菌) 株: DSM 16993 / JCM 10545 / NBRC 100140 / 7 / 遺伝子: ogt, STK_09670 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q973C7, methylated-DNA-[protein]-cysteine S-methyltransferase
#2: 化合物	ChemComp-J03 / (2~{R},3~{S},5~{R})-5-(2-azanyl-6-methoxy-purin-9-yl)-2-(hydroxymethyl)oxolan-3-ol / O⁶-メチル-2′-デオキシグアノシン分子量: 281.268 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₁H₁₅N₅O₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 41 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.23 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.82 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 5% v/v TacsimateTM pH 7.0, 0.1 M HEPES pH 7.0, 10% w/v Polyethylene glycol monomethyl ether 5,000

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Photon Factory

/ ビームライン: BL-5A / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年6月3日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.6→48.47 Å / Num. obs: 5304 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.3 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.04 / R_pim(I) all: 0.017 / R_rim(I) all: 0.044 / Net I/σ(I): 32.3 / Num. measured all: 33206

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. measured all	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Net I/σ(I) obs	% possible all
2.6-2.72	6.6	0.139	4225	642	0.99	0.059	0.151	12.9	100
9.01-48.47	5.2	0.019	808	155	1	0.009	0.021	53.9	99.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
Aimless	0.7.4	データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
XDS		データ削減
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1wrj

1wrj

解像度: 2.6→38.236 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.935 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.836 / WR_factor R_free: 0.263 / WR_factor R_work: 0.179 / SU B: 11.548 / SU ML: 0.247 / Average fsc free: 0.9099 / Average fsc work: 0.9365 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R Free: 0.379 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2841	265	5.025 %
R_work	0.1911	5009	-
all	0.196	-	-
obs	-	5274	99.943 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 27.542 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.003 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.042 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.039 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.6→38.236 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1195	0	20	41	1256

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.013	1270
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	1214
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.571	1.671	1722
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.213	1.601	2803
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.684	5	158
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	29.008	21.515	66
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.216	15	226
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.534	15	9
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.071	0.2	160
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	1408
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	301
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.201	0.2	247
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.189	0.2	1088
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.17	0.2	611
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.08	0.2	573
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.141	0.2	40
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.159	0.2	12
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.211	0.2	62
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.172	0.2	13
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.007	2.734	605
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.003	2.729	604
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.354	4.087	757
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.353	4.094	758
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.262	3.089	665
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.26	3.093	666
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.779	4.512	960
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.777	4.517	961
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.339	31.646	1417
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	6.333	31.693	1417

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.6-2.667	0.389	10	0.24	382	X-RAY DIFFRACTION	100
2.667-2.74	0.363	14	0.235	344	X-RAY DIFFRACTION	100
2.74-2.819	0.415	15	0.214	356	X-RAY DIFFRACTION	100
2.819-2.906	0.287	17	0.202	318	X-RAY DIFFRACTION	100
2.906-3	0.311	12	0.224	332	X-RAY DIFFRACTION	100
3-3.105	0.353	18	0.2	309	X-RAY DIFFRACTION	100
3.105-3.222	0.295	17	0.193	304	X-RAY DIFFRACTION	100
3.222-3.352	0.332	23	0.191	278	X-RAY DIFFRACTION	100
3.352-3.5	0.355	16	0.183	284	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5-3.67	0.214	6	0.2	276	X-RAY DIFFRACTION	100
3.67-3.866	0.218	16	0.183	253	X-RAY DIFFRACTION	99.6296
3.866-4.099	0.253	13	0.178	251	X-RAY DIFFRACTION	100
4.099-4.378	0.217	13	0.153	232	X-RAY DIFFRACTION	100
4.378-4.724	0.138	14	0.134	209	X-RAY DIFFRACTION	100
4.724-5.168	0.294	14	0.18	200	X-RAY DIFFRACTION	100
5.168-5.767	0.231	9	0.194	186	X-RAY DIFFRACTION	100
5.767-6.636	0.299	7	0.166	169	X-RAY DIFFRACTION	100
6.636-8.073	0.269	13	0.183	140	X-RAY DIFFRACTION	100
8.073-11.196	0.193	10	0.163	112	X-RAY DIFFRACTION	99.187
11.196-38.236	0.558	8	0.334	74	X-RAY DIFFRACTION	98.7952

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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