PDB-7dqd: Crystal structure of the AMP-PNP-bound mutant A(S23C)3B(N64C)3 co...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7dqd

タイトル

Crystal structure of the AMP-PNP-bound mutant A(S23C)3B(N64C)3 complex from enterococcus hirae V-ATPase

要素

(V-type sodium ATPase ...) x 2

キーワード

HYDROLASE / V-ATPase / A3B3 / asymmetric structure

機能・相同性

機能・相同性情報

Na+-transporting two-sector ATPase / sodium-transporting ATP synthase activity, rotational mechanism / sodium-transporting ATPase activity, rotational mechanism / proton-transporting ATP synthase complex / plant-type vacuole / vacuolar acidification / proton motive force-driven plasma membrane ATP synthesis / fungal-type vacuole membrane / sodium ion transport / phagocytic vesicle ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Enterococcus hirae (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.383 Å

データ登録者

Maruyama, S. / Suzuki, K. / Mizutani, K. / Imai, F.L. / Ishizuka-Katsura, Y. / Shirouzu, M. / Murata, T.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: The combination of high-speed AFM and X-ray crystallography reveals rotary catalysis
著者: Imamura, M. / Maruyama, S. / Nakamoto, K. / Kawai, F. / Akiyama, T. / Mizutani, K. / Suzuki, K. / Shirouzu, M. / Iino, R. / Uchihashi, T. / Ando, T. / Murata, T.

履歴

登録	2020年12月23日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2021年12月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月29日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7dqd.cif.gz	2.3 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7dqd.ent.gz	1.9 MB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7dqd.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dq/7dqd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dq/7dqd	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3vr3S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3vr3-d 7dqe-d 3w3a-5 7cos-1 7cor-d 7dqd-2 3w3a-3 3vr2-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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#219 - 2018年3月
液胞型ATPアーゼ (Vacuolar ATPase)
類似性 (13)
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インテイン (Inteins)
類似性 (12)
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ATP合成酵素 (ATP Synthase)
類似性 (9)
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類似性 (1)
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キメラ抗原受容体 (Chimeric Antigen Receptors)
類似性 (1)
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類似性 (1)
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Srcチロシンキナーゼ (Src Tyrosine Kinase)
類似性 (1)
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解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes)
類似性 (1)
#60 - 2004年12月
ユビキチン (Ubiquitin)
類似性 (1)
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トポイソメラーゼ (Topoisomerase)
類似性 (1)
#80 - 2006年8月
AAA+プロテアーゼ (AAA+ Proteases)
類似性 (1)
#95 - 2007年11月
多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters)
類似性 (1)

登録構造単位

A: V-type sodium ATPase catalytic subunit A

B: V-type sodium ATPase catalytic subunit A

C: V-type sodium ATPase catalytic subunit A

D: V-type sodium ATPase subunit B

E: V-type sodium ATPase subunit B

F: V-type sodium ATPase subunit B

I: V-type sodium ATPase catalytic subunit A

J: V-type sodium ATPase catalytic subunit A

K: V-type sodium ATPase catalytic subunit A

L: V-type sodium ATPase subunit B

M: V-type sodium ATPase subunit B

N: V-type sodium ATPase subunit B

ヘテロ分子

711 kDa, 12 ポリマー
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1

A: V-type sodium ATPase catalytic subunit A

B: V-type sodium ATPase catalytic subunit A

C: V-type sodium ATPase catalytic subunit A

D: V-type sodium ATPase subunit B

E: V-type sodium ATPase subunit B

F: V-type sodium ATPase subunit B

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
355 kDa, 6 ポリマー
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2

I: V-type sodium ATPase catalytic subunit A

J: V-type sodium ATPase catalytic subunit A

K: V-type sodium ATPase catalytic subunit A

L: V-type sodium ATPase subunit B

M: V-type sodium ATPase subunit B

N: V-type sodium ATPase subunit B

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
355 kDa, 6 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	117.570, 123.380, 230.280
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.070, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

-
V-type sodium ATPase ... , 2種, 12分子 ABCIJKDEFLMN

#1: タンパク質	V-type sodium ATPase catalytic subunit A / Na(+)-translocating ATPase subunit A / V-type sodium pump catalytic subunit A 分子量: 66363.867 Da / 分子数: 6 / 変異: S23C / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Enterococcus hirae (strain ATCC 9790 / DSM 20160 / JCM 8729 / LMG 6399 / NBRC 3181 / NCIMB 6459 / NCDO 1258) (バクテリア) 遺伝子: ntpA, EHR_08260 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q08636, Na+-transporting two-sector ATPase
#2: タンパク質	V-type sodium ATPase subunit B / Na(+)-translocating ATPase subunit B / V-type sodium pump subunit B 分子量: 51709.938 Da / 分子数: 6 / 変異: N64C / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Enterococcus hirae (strain ATCC 9790 / DSM 20160 / JCM 8729 / LMG 6399 / NBRC 3181 / NCIMB 6459 / NCDO 1258) (バクテリア) 遺伝子: ntpB, EHR_08265 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q08637

#1: タンパク質

V-type sodium ATPase catalytic subunit A / Na(+)-translocating ATPase subunit A / V-type sodium pump catalytic subunit A

分子量: 66363.867 Da / 分子数: 6 / 変異: S23C / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Enterococcus hirae (strain ATCC 9790 / DSM 20160 / JCM 8729 / LMG 6399 / NBRC 3181 / NCIMB 6459 / NCDO 1258) (バクテリア)
遺伝子: ntpA, EHR_08260 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q08636, Na+-transporting two-sector ATPase

#2: タンパク質

V-type sodium ATPase subunit B / Na(+)-translocating ATPase subunit B / V-type sodium pump subunit B

分子量: 51709.938 Da / 分子数: 6 / 変異: N64C / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Enterococcus hirae (strain ATCC 9790 / DSM 20160 / JCM 8729 / LMG 6399 / NBRC 3181 / NCIMB 6459 / NCDO 1258) (バクテリア)
遺伝子: ntpB, EHR_08265 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q08637

-
非ポリマー , 4種, 21分子

#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 化合物	ChemComp-ANP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / AMP-PNP 分子量: 506.196 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₇N₆O₁₂P₃ コメント: AMP-PNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#5: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.36 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.83 %
結晶化	温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5 詳細: 27% PEG 3350, 100mM Tris pH 7.5, 100mM NaCl, 100mM NH4OAc

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Photon Factory

/ ビームライン: BL-1A / 波長: 1.1 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER X 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年12月5日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.1 Å / 相対比: 1

Reflection twin

Operator: -h,-k,l / Fraction: 0.35

反射

解像度: 3.38→49.365 Å / Num. obs: 91942 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 4.152 % / CC_1/2: 0.982 / R_merge(I) obs: 0.185 / R_rim(I) all: 0.213 / Χ²: 1.017 / Net I/σ(I): 7.84 / Num. measured all: 381727

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
3.38-3.59	4.28	0.679	2.04	62646	14819	14638	0.623	0.776	98.8
3.59-3.83	4.252	0.473	3.17	58824	13843	13834	0.758	0.541	99.9
3.83-4.14	4.213	0.331	4.78	54582	12966	12955	0.981	0.38	99.9
4.14-4.53	4.141	0.187	7.65	49554	11968	11967	0.952	0.215	100
4.53-5.06	3.859	0.141	9.46	41605	10793	10782	0.964	0.163	99.9
5.06-5.83	3.842	0.143	8.84	36780	9593	9574	0.959	0.166	99.8
5.83-7.12	4.33	0.118	11.19	35113	8117	8109	0.981	0.135	99.9
7.12-9.96	4.328	0.066	19.49	27654	6391	6390	0.996	0.075	100
9.96-49.365	4.053	0.049	24.81	14969	3747	3693	0.997	0.056	98.6

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

R rigid body: 0.516

	最高解像度	最低解像度
Rotation	49.37 Å	3.63 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
MOLREP		位相決定
PHENIX	1.9_1692	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3VR3

3vr3

解像度: 3.383→49.365 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 41.39 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2856	4731	5.15 %
R_work	0.2609	87158	-
obs	0.2622	91940	99.71 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 183.93 Å² / B_iso mean: 80.181 Å² / B_iso min: 0.37 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 3.383→49.365 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	46338	0	142	12	46492
B_iso mean	-	-	39.42	19.86	-
残基数	-	-	-	-	6177

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.002	47275
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.558	64124
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.022	7282
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	8441
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.847	17269

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
3.3841-3.4425	0.3456	200	0.3118	4306	4506	93
3.4425-3.505	0.3185	225	0.3073	4331	4556	95
3.505-3.5724	0.3806	241	0.3006	4349	4590	95
3.5724-3.6452	0.3344	242	0.3069	4330	4572	95
3.6452-3.7244	0.3314	283	0.3022	4280	4563	94
3.7244-3.811	0.3152	242	0.2962	4337	4579	95
3.811-3.9062	0.3052	252	0.2855	4328	4580	94
3.9062-4.0116	0.3128	246	0.2881	4303	4549	95
4.0116-4.1295	0.3299	222	0.2709	4382	4604	95
4.1295-4.2626	0.2624	179	0.2641	4434	4613	96
4.2626-4.4147	0.2804	237	0.2492	4325	4562	95
4.4147-4.5912	0.2727	240	0.2506	4345	4585	95
4.5912-4.7997	0.2456	227	0.2414	4343	4570	95
4.7997-5.0521	0.2814	250	0.2459	4350	4600	94
5.0521-5.3678	0.2812	249	0.2669	4372	4621	94
5.3678-5.7807	0.3177	228	0.2727	4363	4591	95
5.7807-6.3598	0.3339	180	0.2826	4441	4621	96
6.3598-7.2738	0.2887	265	0.2592	4361	4626	94
7.2738-9.1406	0.2281	242	0.2113	4425	4667	95
9.1406-36.6499	0.2229	275	0.2098	4453	4728	94

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	6.2977	0.0014	-2.0224	7.8746	1.9837	2.979	0.9861	0.6199	1.0246	-0.9795	-0.3679	-1.4987	-0.5429	0.4247	-0.3665	0.6481	-0.0426	0.2454	0.6596	0.1263	0.8123	18.7759	20.55	61.6897
2	4.9953	0.8351	-1.1698	4.7982	-2.6903	6.2408	0.1136	-0.6729	0.1213	0.2127	0.0473	0.1443	-1.051	0.1642	-0.1162	0.6427	-0.0859	-0.0503	0.5011	-0.025	0.4726	35.1175	43.1359	58.5239
3	7.1017	-2.5052	-3.7294	0.7508	1.3137	4.0876	0.0332	0.9495	-0.4737	0.0343	-0.0713	0.1166	-0.0422	-0.172	0.0453	0.4807	-0.1608	-0.1031	0.5508	0.0731	0.5741	43.3029	34.1133	39.9339
4	4.6407	0.8647	1.9337	3.978	0.2677	1.8867	-0.569	-0.1375	0.0285	0.0793	0.5747	0.1714	-0.3719	-0.0243	0.0475	0.4282	-0.0109	0.1316	0.4692	-0.0807	0.5895	38.4479	27.9244	45.2842
5	8.3485	1.592	-2.6443	2.1922	2.1105	4.9557	-0.2101	0.2151	-0.1358	-0.8827	0.3528	0.1589	-0.0933	-0.0641	-0.1154	0.6255	0.0105	-0.0212	0.5004	0.0819	0.3962	48.3095	26.4685	27.154
6	5.9343	1.2932	-0.4847	6.8931	1.389	0.3201	-0.0931	0.2488	0.0224	-0.2063	-0.0768	-0.6821	-0.1396	0.5506	0.1909	0.6212	-0.1362	-0.0608	0.851	0.1923	0.4759	68.485	27.4581	17.8421
7	0.3521	-0.8474	0.9673	1.4883	0.706	1.5349	0.0557	0.2911	0.2227	0.0687	-0.2055	-0.2222	0.1184	0.0753	0.1125	0.4613	-0.0997	0.0308	0.7167	0.1047	0.5466	-14.3917	12.0127	19.4718
8	4.2198	-0.0306	-0.3843	2.0555	-0.1221	2.0852	0.179	0.8577	0.4062	-0.8495	-0.2382	0.3996	0.0612	-0.3801	0.0264	0.6882	0.0886	-0.0084	0.6111	0.019	0.4497	-7.9455	2.1122	3.886
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11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'C' and (resid 1 through 141 )	C	1 - 141
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'C' and (resid 142 through 341 )	C	142 - 341
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'C' and (resid 342 through 584 )	C	342 - 584
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'D' and (resid 5 through 68 )	D	5 - 68
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'D' and (resid 69 through 227 )	D	69 - 227
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'D' and (resid 228 through 307 )	D	228 - 307
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'D' and (resid 308 through 407 )	D	308 - 407
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'D' and (resid 408 through 452 )	D	408 - 452
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'E' and (resid 2 through 68 )	E	2 - 68
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'E' and (resid 69 through 107 )	E	69 - 107
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'E' and (resid 108 through 147 )	E	108 - 147
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'E' and (resid 148 through 267 )	E	148 - 267
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'E' and (resid 268 through 307 )	E	268 - 307
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'E' and (resid 308 through 387 )	E	308 - 387
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'E' and (resid 388 through 454 )	E	388 - 454
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'F' and (resid 7 through 76 )	F	7 - 76
27	X-RAY DIFFRACTION	27	chain 'F' and (resid 77 through 116 )	F	77 - 116
28	X-RAY DIFFRACTION	28	chain 'F' and (resid 117 through 196 )	F	117 - 196
29	X-RAY DIFFRACTION	29	chain 'F' and (resid 197 through 236 )	F	197 - 236
30	X-RAY DIFFRACTION	30	chain 'F' and (resid 237 through 316 )	F	237 - 316
31	X-RAY DIFFRACTION	31	chain 'F' and (resid 317 through 356 )	F	317 - 356
32	X-RAY DIFFRACTION	32	chain 'F' and (resid 357 through 416 )	F	357 - 416
33	X-RAY DIFFRACTION	33	chain 'F' and (resid 417 through 451 )	F	417 - 451
34	X-RAY DIFFRACTION	34	chain 'I' and (resid 1 through 63 )	I	1 - 63
35	X-RAY DIFFRACTION	35	chain 'I' and (resid 64 through 142 )	I	64 - 142
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37	X-RAY DIFFRACTION	37	chain 'I' and (resid 223 through 262 )	I	223 - 262
38	X-RAY DIFFRACTION	38	chain 'I' and (resid 263 through 382 )	I	263 - 382
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69	X-RAY DIFFRACTION	69	chain 'L' and (resid 93 through 132 )	L	93 - 132
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73	X-RAY DIFFRACTION	73	chain 'L' and (resid 253 through 292 )	L	253 - 292
74	X-RAY DIFFRACTION	74	chain 'L' and (resid 293 through 372 )	L	293 - 372
75	X-RAY DIFFRACTION	75	chain 'L' and (resid 373 through 452 )	L	373 - 452
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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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