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Yorodumi- PDB-7dqd: Crystal structure of the AMP-PNP-bound mutant A(S23C)3B(N64C)3 co... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7dqd | ||||||
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Title | Crystal structure of the AMP-PNP-bound mutant A(S23C)3B(N64C)3 complex from enterococcus hirae V-ATPase | ||||||
Components | (V-type sodium ATPase ...) x 2 | ||||||
Keywords | HYDROLASE / V-ATPase / A3B3 / asymmetric structure | ||||||
Function / homology | Function and homology information Na+-transporting two-sector ATPase / sodium-transporting ATP synthase activity, rotational mechanism / sodium-transporting ATPase activity, rotational mechanism / proton-transporting ATP synthase complex / proton motive force-driven plasma membrane ATP synthesis / sodium ion transport / proton-transporting ATPase activity, rotational mechanism / proton-transporting ATP synthase activity, rotational mechanism / ATP binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Enterococcus hirae (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / molecular replacement / Resolution: 3.383 Å | ||||||
Authors | Maruyama, S. / Suzuki, K. / Mizutani, K. / Imai, F.L. / Ishizuka-Katsura, Y. / Shirouzu, M. / Murata, T. | ||||||
Citation | Journal: To Be Published Title: The combination of high-speed AFM and X-ray crystallography reveals rotary catalysis Authors: Imamura, M. / Maruyama, S. / Nakamoto, K. / Kawai, F. / Akiyama, T. / Mizutani, K. / Suzuki, K. / Shirouzu, M. / Iino, R. / Uchihashi, T. / Ando, T. / Murata, T. | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7dqd.cif.gz | 2.3 MB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb7dqd.ent.gz | 1.9 MB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7dqd.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 7dqd_validation.pdf.gz | 1.6 MB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 7dqd_full_validation.pdf.gz | 2 MB | Display | |
Data in XML | 7dqd_validation.xml.gz | 242.5 KB | Display | |
Data in CIF | 7dqd_validation.cif.gz | 319.2 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dq/7dqd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dq/7dqd | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 3vr3S S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
-V-type sodium ATPase ... , 2 types, 12 molecules ABCIJKDEFLMN
#1: Protein | Mass: 66363.867 Da / Num. of mol.: 6 / Mutation: S23C Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Enterococcus hirae (strain ATCC 9790 / DSM 20160 / JCM 8729 / LMG 6399 / NBRC 3181 / NCIMB 6459 / NCDO 1258) (bacteria) Gene: ntpA, EHR_08260 / Production host: Escherichia coli (E. coli) References: UniProt: Q08636, Na+-transporting two-sector ATPase #2: Protein | Mass: 51709.938 Da / Num. of mol.: 6 / Mutation: N64C Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Enterococcus hirae (strain ATCC 9790 / DSM 20160 / JCM 8729 / LMG 6399 / NBRC 3181 / NCIMB 6459 / NCDO 1258) (bacteria) Gene: ntpB, EHR_08265 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: Q08637 |
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-Non-polymers , 4 types, 21 molecules
#3: Chemical | ChemComp-GOL / | ||||
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#4: Chemical | ChemComp-ANP / #5: Chemical | ChemComp-MG / #6: Water | ChemComp-HOH / | |
-Details
Has ligand of interest | N |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.36 Å3/Da / Density % sol: 47.83 % |
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Crystal grow | Temperature: 296 K / Method: vapor diffusion / pH: 7.5 Details: 27% PEG 3350, 100mM Tris pH 7.5, 100mM NaCl, 100mM NH4OAc |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Photon Factory / Beamline: BL-1A / Wavelength: 1.1 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 4M / Detector: PIXEL / Date: Dec 5, 2016 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1.1 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection twin | Operator: -h,-k,l / Fraction: 0.35 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 3.38→49.365 Å / Num. obs: 91942 / % possible obs: 99.7 % / Redundancy: 4.152 % / CC1/2: 0.982 / Rmerge(I) obs: 0.185 / Rrim(I) all: 0.213 / Χ2: 1.017 / Net I/σ(I): 7.84 / Num. measured all: 381727 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Phasing
Phasing | Method: molecular replacement | ||||||
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Phasing MR | R rigid body: 0.516
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 3VR3 Resolution: 3.383→49.365 Å / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.37 / Phase error: 41.39 / Stereochemistry target values: TWIN_LSQ_F
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 183.93 Å2 / Biso mean: 80.181 Å2 / Biso min: 0.37 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 3.383→49.365 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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