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- PDB-7dpi: Plasmodium falciparum cytoplasmic Phenylalanyl-tRNA synthetase in... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7dpi
タイトルPlasmodium falciparum cytoplasmic Phenylalanyl-tRNA synthetase in complex with BRD7929
要素
  • Phenylalanine--tRNA ligase
  • Phenylalanyl-tRNA synthetase beta subunit
キーワードLIGASE / AMINOACYLATION / AMINOACYL-TRNA SYNTHETASE / TRNA-BINDING / ATP-BINDING / AUXILIARY POCKET / HETEROTETRAMERIC
機能・相同性
機能・相同性情報


phenylalanine-tRNA ligase complex / phenylalanine-tRNA ligase / phenylalanine-tRNA ligase activity / phenylalanyl-tRNA aminoacylation / tRNA binding / magnesium ion binding / RNA binding / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Phenylalanine--tRNA ligase beta subunit, B1 domain / Phe-tRNA synthetase beta subunit B1 domain / Phenylalanyl-tRNA synthetase, class IIc, beta subunit, archaeal/eukaryotic type / Phenylalanyl-tRNA synthetase, class IIc, alpha subunit / tRNA synthetase, B5-domain / tRNA synthetase B5 domain / B5 domain profile. / tRNA synthetase B5 domain / B3/4 domain / Phenylalanine-tRNA ligase, class IIc, beta subunit ...Phenylalanine--tRNA ligase beta subunit, B1 domain / Phe-tRNA synthetase beta subunit B1 domain / Phenylalanyl-tRNA synthetase, class IIc, beta subunit, archaeal/eukaryotic type / Phenylalanyl-tRNA synthetase, class IIc, alpha subunit / tRNA synthetase, B5-domain / tRNA synthetase B5 domain / B5 domain profile. / tRNA synthetase B5 domain / B3/4 domain / Phenylalanine-tRNA ligase, class IIc, beta subunit / B3/B4 tRNA-binding domain / Phenylalanyl-tRNA synthetase-like, B3/B4 / Phenylalanyl tRNA synthetase beta chain, core domain / Phenylalanyl tRNA synthetase beta chain CLM domain / B3/4 domain / Phenylalanyl-tRNA synthetase / tRNA synthetases class II core domain (F) / Putative DNA-binding domain superfamily / Aminoacyl-tRNA synthetase, class II / Aminoacyl-transfer RNA synthetases class-II family profile. / Class II Aminoacyl-tRNA synthetase/Biotinyl protein ligase (BPL) and lipoyl protein ligase (LPL)
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-B79 / Phenylalanine--tRNA ligase / Phenylalanyl-tRNA synthetase beta subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 3.597 Å
データ登録者Manmohan, S. / Malhotra, N. / Harlos, K. / Manickam, Y. / Sharma, A.
資金援助 インド, 1件
組織認可番号国
Department of Biotechnology (DBT, India)PR32713 インド
引用ジャーナル: Structure / 年: 2022
タイトル: Inhibition of Plasmodium falciparum phenylalanine tRNA synthetase provides opportunity for antimalarial drug development.
著者: Sharma, M. / Mutharasappan, N. / Manickam, Y. / Harlos, K. / Melillo, B. / Comer, E. / Tabassum, H. / Parvez, S. / Schreiber, S.L. / Sharma, A.
履歴
登録2020年12月19日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年3月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年4月12日Group: Database references / Refinement description
カテゴリ: citation / citation_author / struct_ncs_dom_lim
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phenylalanine--tRNA ligase
C: Phenylalanine--tRNA ligase
B: Phenylalanyl-tRNA synthetase beta subunit
D: Phenylalanyl-tRNA synthetase beta subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)219,1817
ポリマ－218,1114
非ポリマー1,0703
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area14200 Å2
ΔGint-89 kcal/mol
Surface area89520 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)86.648, 108.034, 140.532
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 105.110, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 278 through 295 or (resid 297...
21(chain C and (resid 278 through 279 or (resid 280...
12(chain B and ((resid 4 through 8 and (name N...
22(chain D and ((resid 4 through 8 and (name N...

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection details
111(chain A and (resid 278 through 295 or (resid 297...
211(chain C and (resid 278 through 279 or (resid 280...
112(chain B and ((resid 4 through 8 and (name N...
212(chain D and ((resid 4 through 8 and (name N...

NCSアンサンブル:
ID
1
2

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要素

#1: タンパク質 Phenylalanine--tRNA ligase


分子量: 36464.844 Da / 分子数: 2 / 断片: ALPHA CHAIN / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
プラスミド: pETM11 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8I246, phenylalanine-tRNA ligase
#2: タンパク質 Phenylalanyl-tRNA synthetase beta subunit


分子量: 72590.664 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
プラスミド: pETM20 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: W7JTS1, phenylalanine-tRNA ligase
#3: 化合物 ChemComp-B79 / (8R,9S,10S)-10-[(dimethylamino)methyl]-N-(4-methoxyphenyl)-9-[4-(2-phenylethynyl)phenyl]-1,6-diazabicyclo[6.2.0]decane-6-carboxamide / BRD-7929


分子量: 522.680 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C33H38N4O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.75 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5
詳細: 0.1 M sodium malonate, 12% w/v PEG 3350, 5% v/v Ethyl acetate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.97624 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年7月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97624 Å / 相対比: 1
Reflection twinOperator: h,-k,-h-l / Fraction: 0.18
反射解像度: 3.597→66.142 Å / Num. obs: 29013 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 6.9 % / Biso Wilson estimate: 75.926 Å2 / Rpim(I) all: 0.146 / Rrim(I) all: 0.387 / Net I/σ(I): 3.1
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Mean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique obsRpim(I) allRrim(I) all% possible all
3.6-3.666.90.8950413831.0232.6995.8
9.76-66.156.66.8991414950.0350.09198.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
xia2データスケーリング
PHENIX1.15RC1_3423精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
DIALSデータ削減
PHASER位相決定
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 3.597→66.142 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2.75 / 位相誤差: 41.3 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3302 2082 7.19 %
Rwork0.2936 26932 -
obs0.2988 28944 98.84 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 234.38 Å2 / Biso mean: 87.5581 Å2 / Biso min: 45.71 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.597→66.142 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11765 0 79 0 11844
Biso mean--68.99 --
残基数----1650
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A1798X-RAY DIFFRACTION20.779TORSIONAL
12C1798X-RAY DIFFRACTION20.779TORSIONAL
21B3000X-RAY DIFFRACTION20.779TORSIONAL
22D3000X-RAY DIFFRACTION20.779TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
3.5988-3.68880.37131410.3116187991
3.6888-3.78850.34251430.3017191192
3.7885-3.90.33521360.3126193093
3.9-4.02580.34041480.2957191092
4.0258-4.16970.30251440.3036192492
4.1697-4.33660.39771420.2881189391
4.3366-4.53390.32511480.2843190992
4.5339-4.77290.30221310.2827194494
4.7729-5.07180.33771480.2816192193
5.0718-5.46320.34151500.3074193293
5.4632-6.01270.40821430.3228193792
6.0127-6.88180.3491360.335190191
6.8818-8.6670.30731470.2926197293
8.667-64.13760.2871450.2742196992
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -20.5009 Å / Origin y: -25.3999 Å / Origin z: -27.07 Å
111213212223313233
T0.5968 Å20.0269 Å2-0.165 Å2-0.5878 Å2-0.0098 Å2--0.544 Å2
L0.1072 °2-0.0928 °2-0.0279 °2-0.5531 °20.0789 °2--0.4906 °2
S-0.0302 Å °-0.1067 Å °0.0013 Å °-0.0599 Å °-0.0691 Å °-0.0148 Å °0.0163 Å °0.0141 Å °0 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA277 - 701
2X-RAY DIFFRACTION1allC278 - 701
3X-RAY DIFFRACTION1allB4 - 701
4X-RAY DIFFRACTION1allD2 - 618

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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