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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7doi | ||||||
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タイトル | Structure of COVID-19 RNA-dependent RNA polymerase bound to penciclovir. | ||||||
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![]() | VIRAL PROTEIN / COVID-19 / RNA polymerase / penciclovir binding | ||||||
機能・相同性 | ![]() protein guanylyltransferase activity / RNA endonuclease activity, producing 3'-phosphomonoesters / mRNA guanylyltransferase activity / 5'-3' RNA helicase activity / 付加脱離酵素(リアーゼ); P-Oリアーゼ類; - / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of TBK1 activity / Assembly of the SARS-CoV-2 Replication-Transcription Complex (RTC) / Maturation of replicase proteins / ISG15-specific peptidase activity / Transcription of SARS-CoV-2 sgRNAs ...protein guanylyltransferase activity / RNA endonuclease activity, producing 3'-phosphomonoesters / mRNA guanylyltransferase activity / 5'-3' RNA helicase activity / 付加脱離酵素(リアーゼ); P-Oリアーゼ類; - / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of TBK1 activity / Assembly of the SARS-CoV-2 Replication-Transcription Complex (RTC) / Maturation of replicase proteins / ISG15-specific peptidase activity / Transcription of SARS-CoV-2 sgRNAs / Translation of Replicase and Assembly of the Replication Transcription Complex / TRAF3-dependent IRF activation pathway / Replication of the SARS-CoV-2 genome / snRNP Assembly / double membrane vesicle viral factory outer membrane / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エキソリボヌクレアーゼ / 5'-3' DNA helicase activity / SARS coronavirus main proteinase / host cell endosome / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / 3'-5'-RNA exonuclease activity / symbiont-mediated suppression of host toll-like receptor signaling pathway / symbiont-mediated degradation of host mRNA / mRNA guanylyltransferase / symbiont-mediated suppression of host ISG15-protein conjugation / G-quadruplex RNA binding / SARS-CoV-2 modulates host translation machinery / omega peptidase activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of IRF3 activity / mRNA (guanine-N7)-methyltransferase / host cell Golgi apparatus / methyltransferase cap1 / symbiont-mediated perturbation of host ubiquitin-like protein modification / mRNA (nucleoside-2'-O-)-methyltransferase activity / DNA helicase / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / ubiquitinyl hydrolase 1 / cysteine-type deubiquitinase activity / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ / single-stranded RNA binding / host cell endoplasmic reticulum membrane / host cell perinuclear region of cytoplasm / viral protein processing / lyase activity / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / RNA helicase / induction by virus of host autophagy / copper ion binding / RNA-directed RNA polymerase / viral RNA genome replication / cysteine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / virus-mediated perturbation of host defense response / DNA-templated transcription / lipid binding / host cell nucleus / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / ATP hydrolysis activity / proteolysis / RNA binding / zinc ion binding / ATP binding / membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.6 Å | ||||||
![]() | Li, Z. / Yu, X. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural basis for repurpose and design of nucleotide drugs for treating COVID-19 著者: Yin, W. / Luan, X. / Li, Z. / Xie, Y. / Zhou, Z. / Liu, J. / Gao, M. / Wang, X. / Zhou, F. / Wang, Q. / Wang, Q. / Shen, D. / Zhang, Y. / Tian, G. / Aisa, H. / Wei, D. / Jiang, Y. / Xiao, G. ...著者: Yin, W. / Luan, X. / Li, Z. / Xie, Y. / Zhou, Z. / Liu, J. / Gao, M. / Wang, X. / Zhou, F. / Wang, Q. / Wang, Q. / Shen, D. / Zhang, Y. / Tian, G. / Aisa, H. / Wei, D. / Jiang, Y. / Xiao, G. / Jiang, H. / Zhang, L. / Yu, X. / Shen, J. / Zhang, S. / Xu, H. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 242.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 186.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 37.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 58 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 107965.250 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: rep, 1a-1b 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: P0DTD1, RNA-directed RNA polymerase |
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-Non-structural protein ... , 2種, 3分子 BGC
#2: タンパク質 | 分子量: 22034.242 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: rep, 1a-1b 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: P0DTD1 #3: タンパク質 | | 分子量: 9380.000 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: rep, 1a-1b 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: P0DTD1 |
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-RNA鎖 , 2種, 2分子 PT
#4: RNA鎖 | 分子量: 3822.312 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 由来: (合成) ![]() ![]() |
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#5: RNA鎖 | 分子量: 4658.793 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 由来: (合成) ![]() ![]() |
-非ポリマー , 5種, 12分子 ![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/POP.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/HCU.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/POP.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/HCU.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#6: 化合物 | #7: 化合物 | #8: 化合物 | ChemComp-MG / #9: 化合物 | ChemComp-HCU / [( | #10: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: COVID-19 RdRp complex bound to penciclovir / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#3, #5 / 由来: RECOMBINANT |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
由来(組換発現) | 生物種: ![]() ![]() |
緩衝液 | pH: 7.4 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 68 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
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解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.14_3260: / 分類: 精密化 |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION |
3次元再構成 | 解像度: 2.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 142242 / 対称性のタイプ: POINT |