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- PDB-7do6: Crystal structure of Azotobacter vinelandii L-rhamnose 1-dehydrog... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7do6
タイトルCrystal structure of Azotobacter vinelandii L-rhamnose 1-dehydrogenase(NADP bound-form)
要素Short-chain dehydrogenase/reductase SDR
キーワードOXIDOREDUCTASE / L-Rhamnose metabolism / NADP-dependent dehydrogenase / SDR protein family
機能・相同性
機能・相同性情報


L-rhamnose 1-dehydrogenase [NAD(P)+] / rhamnose metabolic process / oxidoreductase activity, acting on the CH-OH group of donors, NAD or NADP as acceptor / quinone binding / fatty acid biosynthetic process / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能
PKS_KR / Enoyl-(Acyl carrier protein) reductase / Short-chain dehydrogenase/reductase SDR / NAD(P)-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / L-rhamnose 1-dehydrogenase (NAD(P)(+))
類似検索 - 構成要素
生物種Azotobacter vinelandii (窒素固定)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.37 Å
データ登録者Yoshiwara, K. / Watanabe, Y. / Watanabe, S.
引用ジャーナル: Febs Lett. / 年: 2021
タイトル: Crystal structure of l-rhamnose 1-dehydrogenase involved in the nonphosphorylative pathway of l-rhamnose metabolism in bacteria.
著者: Yoshiwara, K. / Watanabe, S. / Watanabe, Y.
履歴
登録2020年12月12日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年2月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年2月17日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22021年3月24日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32024年3月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Short-chain dehydrogenase/reductase SDR
B: Short-chain dehydrogenase/reductase SDR
C: Short-chain dehydrogenase/reductase SDR
D: Short-chain dehydrogenase/reductase SDR
E: Short-chain dehydrogenase/reductase SDR
F: Short-chain dehydrogenase/reductase SDR
G: Short-chain dehydrogenase/reductase SDR
H: Short-chain dehydrogenase/reductase SDR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)227,71216
ポリマ－221,7658
非ポリマー5,9478
水6,918384
1
A: Short-chain dehydrogenase/reductase SDR
B: Short-chain dehydrogenase/reductase SDR
C: Short-chain dehydrogenase/reductase SDR
D: Short-chain dehydrogenase/reductase SDR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)113,8568
ポリマ－110,8834
非ポリマー2,9744
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area19390 Å2
ΔGint-125 kcal/mol
Surface area31280 Å2
手法PISA
2
E: Short-chain dehydrogenase/reductase SDR
F: Short-chain dehydrogenase/reductase SDR
G: Short-chain dehydrogenase/reductase SDR
H: Short-chain dehydrogenase/reductase SDR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)113,8568
ポリマ－110,8834
非ポリマー2,9744
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area19260 Å2
ΔGint-120 kcal/mol
Surface area30990 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)78.633, 81.571, 86.389
Angle α, β, γ (deg.)87.680, 75.530, 89.350
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質
Short-chain dehydrogenase/reductase SDR / L-Rhamnose 1-dehydrogenase


分子量: 27720.629 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Azotobacter vinelandii (strain DJ / ATCC BAA-1303) (窒素固定)
株: DJ / ATCC BAA-1303 / 遺伝子: Avin_09160 / 発現宿主: Escherichia coli DH5[alpha] (大腸菌) / 参照: UniProt: C1DMX5
#2: 化合物
ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / L-Rhamnose 1-dehydrogenase / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE


分子量: 743.405 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H28N7O17P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 384 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.12 %
解説: The entry contains friedel pairs in F_plus/minus columns and I_plus/minus columns
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: 0.1 M Tris-HCl (pH 8.0), 0.2 M NaCl, 24.5% (w/v) PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL45XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年4月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.37→50.03 Å / Num. obs: 82779 / % possible obs: 96.1 % / 冗長度: 2.185 % / Biso Wilson estimate: 40.602 Å2 / CC1/2: 0.965 / Rmerge(I) obs: 0.205 / Rrim(I) all: 0.268 / Χ2: 0.729 / Net I/σ(I): 3.68 / Num. measured all: 354663
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
2.37-2.512.1491.0030.925443927248253330.4331.31193
2.51-2.692.10.691.35171525640246240.6060.90596
2.69-2.92.1580.5041.825034823938233300.7390.66197.5
2.9-3.182.2890.3632.74903921926214270.8260.47697.7
3.18-3.552.2390.2274.174324319920193110.9130.29996.9
3.55-4.12.1140.1525.633570017488168840.9540.296.5
4.1-5.012.2430.1037.953187714808142090.9740.13596
5.01-7.052.1970.117.492434211482110790.970.14496.5
7.05-50.032.2830.07111.513960644461160.9820.09294.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14_3260精密化
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.37→50.03 Å / SU ML: 0.35 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 29.37 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: The entry contains friedel pairs in F_plus/minus columns and I_plus/minus columns
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2573 4170 5.04 %
Rwork0.2049 78609 -
obs0.2076 82779 98.12 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 87.34 Å2 / Biso mean: 33.795 Å2 / Biso min: 13.41 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.37→50.03 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13988 0 384 384 14756
Biso mean--48.6 33.66 -
残基数----1994
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.37-2.39660.35991280.3142223384
2.3966-2.42480.41541490.3006256998
2.4248-2.45440.35171350.3007266198
2.4544-2.48540.35691310.3027258598
2.4854-2.51810.34711190.2913264398
2.5181-2.55260.3411310.2733266698
2.5526-2.58910.33561290.2719261898
2.5891-2.62780.3581400.2729265498
2.6278-2.66880.32631560.2603257698
2.6688-2.71260.33081270.2586268099
2.7126-2.75930.32481300.2422258698
2.7593-2.80950.32061270.2453270999
2.8095-2.86350.25491310.2278257899
2.8635-2.9220.29941420.2232266499
2.922-2.98550.29521320.2224265199
2.9855-3.05490.27891380.2112262699
3.0549-3.13130.27231390.2104267399
3.1313-3.2160.25961530.208259399
3.216-3.31060.2491630.1944262099
3.3106-3.41740.27541510.1944265899
3.4174-3.53950.23031300.1838264999
3.5395-3.68120.22791460.1811259999
3.6812-3.84870.23561420.1758265099
3.8487-4.05150.20071290.1702267099
4.0515-4.30520.19451540.1576264099
4.3052-4.63740.19771510.146259899
4.6374-5.10370.19391250.1605267699
5.1037-5.84120.24581330.1948265399
5.8412-7.35560.24891500.2018263099
7.3556-50.030.20641590.1783260198

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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