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- PDB-7dnp: Structure of Brucella abortus SagA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7dnp
タイトルStructure of Brucella abortus SagA
要素Secretion activator protein, hypothetical
キーワードHYDROLASE / SagA / muramidase / brucella abortus / T4SS
機能・相同性TtsA-like, Glycoside hydrolase family 108 domain / Peptidoglycan binding domain / Glycosyl hydrolase 108 / Predicted Peptidoglycan domain / Lysozyme-like domain superfamily / membrane / Chem-H9U / Secretion activator protein, hypothetical
機能・相同性情報
生物種Brucella abortus bv. 1 str. 9-941 (ウシ流産菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2 Å
データ登録者Hyun, Y. / Ha, N.-C.
引用ジャーナル: Mol.Cells / 年: 2021
タイトル: Structure and Function of the Autolysin SagA in the Type IV Secretion System of Brucella abortus .
著者: Hyun, Y. / Baek, Y. / Lee, C. / Ki, N. / Ahn, J. / Ryu, S. / Ha, N.C.
履歴
登録2020年12月10日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年6月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年8月11日Group: Database references / カテゴリ: citation / database_2
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22021年10月13日Group: Database references / カテゴリ: citation_author / Item: _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Secretion activator protein, hypothetical
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,4772
ポリマ－19,7811
非ポリマー6971
水1,26170
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area8660 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)79.040, 79.040, 79.040
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number198
Space group name H-MP213
Space group name HallP2ac2ab3
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: z,x,y
#3: y,z,x
#4: -y+1/2,-z,x+1/2
#5: z+1/2,-x+1/2,-y
#6: -y,z+1/2,-x+1/2
#7: -z+1/2,-x,y+1/2
#8: -z,x+1/2,-y+1/2
#9: y+1/2,-z+1/2,-x
#10: x+1/2,-y+1/2,-z
#11: -x,y+1/2,-z+1/2
#12: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 Secretion activator protein, hypothetical


分子量: 19780.594 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Brucella abortus bv. 1 str. 9-941 (ウシ流産菌)
株: 9-941 / 遺伝子: BruAb1_0990 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q57DE3
#2: 化合物 ChemComp-H9U / (2R)-2-[[(2S)-2-[[(2R)-2-[(2R,3S,4R,5R,6S)-5-acetamido-3-[(2S,3R,4R,5S,6R)-3-acetamido-6-(hydroxymethyl)-4,5-bis(oxidanyl)oxan-2-yl]oxy-2-(hydroxymethyl)-6-oxidanyl-oxan-4-yl]oxypropanoyl]amino]propanoyl]amino]pentanedioic acid


分子量: 696.655 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H44N4O17 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 70 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.87 %
結晶化温度: 287.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.2 M ammonium acetate, 0.1 M sodium acetate trihydrate (pH 4.1), 21% (w/v) polyethylene glycol 4,000, 2 mM Tris(2-chloroethyl) phosphate (TCEP)

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データ収集

回折平均測定温度: 100.15 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 5C (4A) / 波長: 1.00003 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年3月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.00003 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. obs: 11424 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 30.7 % / Biso Wilson estimate: 23.35 Å2 / CC1/2: 0.999 / CC star: 1 / Rmerge(I) obs: 0.049 / Rpim(I) all: 0.009 / Rrim(I) all: 0.056 / Net I/σ(I): 67.5
反射 シェル解像度: 2→2.03 Å / Rmerge(I) obs: 0.239 / Mean I/σ(I) obs: 15.6 / Num. unique obs: 570 / CC1/2: 0.989 / CC star: 0.997 / Rpim(I) all: 0.043 / Rrim(I) all: 0.219

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
AutoSol位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2→45.63 Å / SU ML: 0.1396 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.65 / 位相誤差: 20.8872
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2243 598 5.24 %
Rwork0.186 10807 -
obs0.188 11405 99.97 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 22.44 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→45.63 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1313 0 48 70 1431
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00311387
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.61181875
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.039215
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0028236
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.9644189
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2-2.20.25061560.18022650X-RAY DIFFRACTION100
2.2-2.520.2441270.19232701X-RAY DIFFRACTION99.93
2.52-3.170.24331530.21252683X-RAY DIFFRACTION100
3.17-45.630.20191620.17162773X-RAY DIFFRACTION99.97

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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