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万見
- PDB-7dnc: Crystal structure of EV71 3C proteinase in complex with a novel i... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7dnc
タイトルCrystal structure of EV71 3C proteinase in complex with a novel inhibitor
要素3C protease
キーワードHYDROLASE / 3Cpro / inhibitor / complex
機能・相同性
機能・相同性情報


T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasm / cysteine-type endopeptidase activity / symbiont entry into host cell / virion attachment to host cell / proteolysis
類似検索 - 分子機能
Peptidase C3A/C3B, picornaviral / 3C cysteine protease (picornain 3C) / Picornavirales 3C/3C-like protease domain / Picornavirales 3C/3C-like protease domain profile. / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Genome polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Human enterovirus 71 (エンテロウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.17 Å
データ登録者Xie, H. / Su, H.X. / Li, M.J. / Xu, Y.C.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2022
タイトル: Design, Synthesis, and Biological Evaluation of Peptidomimetic Aldehydes as Broad-Spectrum Inhibitors against Enterovirus and SARS-CoV-2.
著者: Dai, W. / Jochmans, D. / Xie, H. / Yang, H. / Li, J. / Su, H. / Chang, D. / Wang, J. / Peng, J. / Zhu, L. / Nian, Y. / Hilgenfeld, R. / Jiang, H. / Chen, K. / Zhang, L. / Xu, Y. / Neyts, J. / Liu, H.
履歴
登録2020年12月9日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年5月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年3月9日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.32024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification
改定 2.02024年12月18日Group: Atomic model / Author supporting evidence ...Atomic model / Author supporting evidence / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Other / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / entity / pdbx_database_status / pdbx_entity_instance_feature / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_modification_feature / pdbx_nonpoly_scheme / struct_conn
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_entity_instance_feature.auth_comp_id / _pdbx_entity_instance_feature.comp_id / _pdbx_entity_nonpoly.comp_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_modification_feature.auth_comp_id / _pdbx_modification_feature.label_comp_id / _pdbx_modification_feature.ref_comp_id / _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 3C protease
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,5812
ポリマ－20,1341
非ポリマー4461
水2,486138
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area8440 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)95.034, 95.034, 34.067
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number171
Space group name H-MP62
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-391-

HOH

21A-405-

HOH

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要素

#1: タンパク質 3C protease / Protein 3B / Viral protein genome-linked


分子量: 20134.053 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human enterovirus 71 (エンテロウイルス)
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: B8YLW0
#2: 化合物 ChemComp-A1L6N / ~{N}-[(2~{S})-1-oxidanylidene-1-[[(2~{S})-1-oxidanylidene-3-[(3~{S})-2-oxidanylidenepyrrolidin-3-yl]propan-2-yl]amino]-3-phenyl-propan-2-yl]-1~{H}-indole-2-carboxamide


タイプ: peptide-like / 分子量: 446.498 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C25H26N4O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 138 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.23 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6
詳細: 0.1M MES monohydrate (pH 6.0), 20% 2-propanol, 20% polyethylene glycol monomethyl ether 2000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年10月31日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.17→31.48 Å / Num. obs: 59502 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 19 % / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.039 / Rpim(I) all: 0.009 / Rrim(I) all: 0.04 / Net I/σ(I): 32.8 / Num. measured all: 1128639 / Scaling rejects: 72
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
1.17-1.2314.50.87412207384280.860.2340.9062.796.9
3.69-31.4817.80.02235640200210.0050.023118.199.8

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation4.45 Å31.48 Å
Translation4.45 Å31.48 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1-3660精密化
Aimless0.7.4データスケーリング
PHASER2.8.3位相決定
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4GHT

4ght


解像度: 1.17→20.58 Å / SU ML: 0.1 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 19.19 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1866 3041 5.11 %
Rwork0.1799 56429 -
obs0.1802 59470 99.26 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 50.54 Å2 / Biso mean: 20.0193 Å2 / Biso min: 10.75 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.17→20.58 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1372 0 33 138 1543
Biso mean--13.61 29.32 -
残基数----179
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 22

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.17-1.190.29721450.24692438258396
1.19-1.210.24181540.23922461261597
1.21-1.230.27391380.23082504264298
1.23-1.250.21011330.222125482681100
1.25-1.270.21151180.22342532265098
1.27-1.30.22291410.217125772718100
1.3-1.330.24951220.20682535265798
1.33-1.360.19661170.196925882705100
1.36-1.390.19721400.19452546268699
1.39-1.430.21461380.19422552269099
1.43-1.470.17441300.18825852715100
1.47-1.520.18341470.182825592706100
1.52-1.570.20181660.183625282694100
1.57-1.640.18871180.176226172735100
1.64-1.710.20281220.179225992721100
1.71-1.80.20611370.179825882725100
1.8-1.910.17681540.17525742728100
1.91-2.060.16291400.172525842724100
2.06-2.270.16631380.169226052743100
2.27-2.590.19431400.17726102750100
2.6-3.270.18781590.183826052764100
3.27-20.580.17051440.166726942838100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
17.41261.03234.57916.07910.38958.66450.151-0.3126-0.12570.5490.17110.29770.4764-0.1308-0.26110.29020.02940.05620.13990.04050.1443-27.119415.48379.8608
22.377-0.3484-0.3753.76150.49123.8735-0.02610.1622-0.0262-0.10970.01990.1780.2842-0.15690.01840.1137-0.0121-0.00770.12010.01020.1258-28.999118.5765-5.9361
33.50930.6257-0.10693.8020.29923.88130.07490.1517-0.1393-0.3116-0.05680.31910.0276-0.1983-0.01330.12850.0197-0.02250.12630.00780.1536-31.749121.7063-9.5466
46.44090.95090.7267.62030.88061.54670.05260.19940.2043-0.05290.03980.6947-0.0196-0.181-0.08160.15330.0163-0.01740.17180.01390.1251-36.413725.3504-10.8581
52.91710.17730.24142.7762-0.20861.89170.0087-0.09540.33120.0072-0.0453-0.0751-0.11110.03160.03580.11570.0230.00820.09390.00040.1417-24.579733.682-8.3118
66.08752.64438.0582.47853.17462.04620.3983-0.8714-0.11140.3533-0.25340.33040.2238-0.8981-0.14860.2199-0.0840.05080.36210.00910.2014-36.382824.39953.8969
78.00691.15650.23744.6343-1.15714.56020.2053-0.55880.85070.4587-0.1121-0.1274-0.06190.0974-0.08780.2283-0.05880.02730.1627-0.06420.1239-17.558530.85037.4099
85.24261.66090.10484.93520.66563.5157-0.17580.2595-0.293-0.08720.08250.00140.2670.00590.09560.1323-0.00850.01080.09740.010.1222-22.108512.3297-1.5179
93.29064.0815-1.75146.7792-2.23181.18660.1909-0.251-0.33140.2205-0.3116-0.42940.04670.19990.11550.1495-0.0038-0.03260.1540.0130.1459-12.377321.23722.4875
102.7522-0.2436-2.13353.90721.29993.42970.1470.25980.1851-0.2954-0.06620.0133-0.3647-0.1167-0.09620.1205-0.0073-0.00160.13370.01960.1571-12.40130.8969-8.2007
112.01830.47182.86031.1016-0.23732.872-0.00740.1429-0.32560.05740.027-0.1420.20980.21040.00610.16310.01470.01470.13380.00540.1735-13.862116.423-4.5032
123.3496-0.2551-1.16781.87060.4172.67180.1284-0.19510.18680.1315-0.0463-0.0535-0.11380.0103-0.0650.1219-0.0222-0.00010.0934-0.00380.1129-18.75726.52180.0587
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 3 through 13 )A3 - 13
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 14 through 31 )A14 - 31
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 32 through 51 )A32 - 51
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 52 through 61 )A52 - 61
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 62 through 77 )A62 - 77
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 78 through 89 )A78 - 89
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 90 through 99 )A90 - 99
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 100 through 111 )A100 - 111
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 112 through 123 )A112 - 123
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'A' and (resid 124 through 138 )A124 - 138
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'A' and (resid 139 through 149 )A139 - 149
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'A' and (resid 150 through 181 )A150 - 181

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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