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- PDB-7dna: Photocleavable Fluorescent Protein in green and red form -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7dna
タイトルPhotocleavable Fluorescent Protein in green and red form
要素(Green-to-red photoconvertible GFP-like protein) x 3
キーワードFLUORESCENT PROTEIN / PhoCl / Green form / Photocleavable
機能・相同性AMINO GROUP
機能・相同性情報
生物種Aequorea victoria (オワンクラゲ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Wen, Y. / Lemieux, J.M.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31870132 中国
引用ジャーナル: Chem Sci / 年: 2021
タイトル: Photocleavable proteins that undergo fast and efficient dissociation.
著者: Lu, X. / Wen, Y. / Zhang, S. / Zhang, W. / Chen, Y. / Shen, Y. / Lemieux, M.J. / Campbell, R.E.
履歴
登録2020年12月9日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年1月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年6月16日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.22022年2月23日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / citation ...chem_comp / citation / citation_author / database_2 / entity / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_chiral
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms ..._chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _chem_comp.type / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name
改定 2.02023年4月5日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Polymer sequence / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / cell / database_PDB_caveat / entity / entity_poly / entity_poly_seq / entity_src_gen / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / pdbx_validate_chiral / pdbx_validate_close_contact / pdbx_validate_torsion / struct_asym / struct_conn / struct_ref / struct_ref_seq
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.group_PDB / _atom_site.label_alt_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.label_seq_id / _atom_site.occupancy / _atom_site.type_symbol / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_comp_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_alt_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_comp_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_seq_id / _atom_site_anisotrop.type_symbol / _cell.Z_PDB / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_validate_chiral.auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq.db_align_end / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end / _struct_ref_seq.ref_id / _struct_ref_seq.seq_align_end
改定 3.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_validate_torsion / struct_conn
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id
改定 3.12023年11月29日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model
改定 4.02024年9月25日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Polymer sequence / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_PDB_caveat / entity / entity_poly / entity_poly_seq / entity_src_gen / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_sheet_hbond / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / pdbx_validate_chiral / pdbx_validate_close_contact / pdbx_validate_main_chain_plane / pdbx_validate_rmsd_angle / pdbx_validate_torsion / struct_asym / struct_conf / struct_conn / struct_mon_prot_cis / struct_ref / struct_ref_seq / struct_sheet_range
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.group_PDB / _atom_site.label_alt_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.label_seq_id / _atom_site.occupancy / _atom_site.type_symbol / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_comp_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_alt_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_comp_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_seq_id / _atom_site_anisotrop.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _database_PDB_caveat.text / _pdbx_entity_nonpoly.comp_id / _pdbx_entity_nonpoly.entity_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id / _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num / _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id / _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id / _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id / _pdbx_struct_assembly.details / _pdbx_struct_assembly.method_details / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_asym_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_asym_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_asym_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_asym_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_seq_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_asym_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_seq_id / _pdbx_validate_chiral.auth_asym_id / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_comp_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_comp_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.dist / _pdbx_validate_torsion.auth_asym_id / _struct_conf.beg_label_asym_id / _struct_conf.end_label_asym_id / _struct_mon_prot_cis.label_asym_id / _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_asym_id_2 / _struct_sheet_range.beg_label_asym_id / _struct_sheet_range.end_label_asym_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Green-to-red photoconvertible GFP-like protein
B: Green-to-red photoconvertible GFP-like protein
D: Green-to-red photoconvertible GFP-like protein
F: Green-to-red photoconvertible GFP-like protein
J: Green-to-red photoconvertible GFP-like protein
I: Green-to-red photoconvertible GFP-like protein
L: Green-to-red photoconvertible GFP-like protein
K: Green-to-red photoconvertible GFP-like protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)165,36610
ポリマ－165,3348
非ポリマー322
水6,287349
1
A: Green-to-red photoconvertible GFP-like protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,5051
ポリマ－27,5051
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area9800 Å2
手法PISA
2
B: Green-to-red photoconvertible GFP-like protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,5051
ポリマ－27,5051
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area9800 Å2
手法PISA
3
D: Green-to-red photoconvertible GFP-like protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,5051
ポリマ－27,5051
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area9590 Å2
手法PISA
4
F: Green-to-red photoconvertible GFP-like protein
J: Green-to-red photoconvertible GFP-like protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,6723
ポリマ－27,6562
非ポリマー161
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2290 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area9740 Å2
手法PISA
5
I: Green-to-red photoconvertible GFP-like protein
L: Green-to-red photoconvertible GFP-like protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,6723
ポリマ－27,6562
非ポリマー161
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2270 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area9750 Å2
手法PISA
6
K: Green-to-red photoconvertible GFP-like protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,5051
ポリマ－27,5051
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area9690 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)38.930, 72.490, 126.550
Angle α, β, γ (deg.)92.460, 97.310, 92.500
Int Tables number1
Space group name H-MP1
Space group name HallP1
Symmetry operation#1: x,y,z

-
要素

#1: タンパク質
Green-to-red photoconvertible GFP-like protein


分子量: 27505.221 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: chromophore CR8 included
由来: (組換発現) Aequorea victoria (オワンクラゲ)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: タンパク質 Green-to-red photoconvertible GFP-like protein


分子量: 26150.701 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: chromophore IEY included, When the protein is photo-cleaved CR8 turns into IEY and the N turns into NFA.
由来: (組換発現) Aequorea victoria (オワンクラゲ)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: タンパク質・ペプチド Green-to-red photoconvertible GFP-like protein


分子量: 1505.700 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: chromophore IEY included, When the protein is photo-cleaved CR8 turns into IEY and the N turns into NFA.
由来: (組換発現) Aequorea victoria (オワンクラゲ)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#4: 化合物 ChemComp-NH2 / AMINO GROUP / アンモニア


分子量: 16.023 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: NH2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 349 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.53 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1M MIB buffer pH 6.0, 25% w/v PEG 1500

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年2月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→46.27 Å / Num. obs: 58440 / % possible obs: 95.9 % / 冗長度: 1.8 % / Biso Wilson estimate: 23.2 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.042 / Net I/σ(I): 9.6
反射 シェル解像度: 2.3→2.38 Å / Num. unique obs: 9388 / CC1/2: 0.855

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2HQK

2hqk


解像度: 2.3→46.27 Å / SU ML: 0.3159 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 32.0625
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2707 1991 4.28 %
Rwork0.2211 44577 -
obs0.2232 46568 76.43 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 29.85 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→46.27 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10137 0 172 349 10658
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.004510590
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.863314252
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05171452
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00481829
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.61781398
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3-2.360.368680.2566234X-RAY DIFFRACTION5.63
2.36-2.420.3259330.2451746X-RAY DIFFRACTION17.58
2.42-2.490.3223740.26091473X-RAY DIFFRACTION36.13
2.49-2.570.30681150.29052694X-RAY DIFFRACTION64.35
2.57-2.660.31791810.29873619X-RAY DIFFRACTION87.96
2.66-2.770.30371730.29124072X-RAY DIFFRACTION95.95
2.77-2.90.34441900.27813938X-RAY DIFFRACTION95.69
2.9-3.050.35341720.26133991X-RAY DIFFRACTION95.7
3.05-3.240.2881740.25574034X-RAY DIFFRACTION95.75
3.24-3.490.27591810.22423979X-RAY DIFFRACTION95.41
3.49-3.840.23191660.20363953X-RAY DIFFRACTION94.86
3.84-4.40.2091710.16723903X-RAY DIFFRACTION94.09
4.4-5.540.20521800.15673944X-RAY DIFFRACTION94.33
5.54-46.270.28111730.20453997X-RAY DIFFRACTION96.15
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 15.4797987083 Å / Origin y: 10.3615407394 Å / Origin z: -4.61865482475 Å
111213212223313233
T0.0598996328948 Å20.00141001579209 Å20.0169971038752 Å2-0.117546359564 Å2-0.0127800818147 Å2--0.14164368825 Å2
L0.0903975283298 °2-0.0138482053781 °20.109827775408 °2-0.0983001224101 °20.0781210643239 °2--0.629316649826 °2
S0.00236247085173 Å °0.0156649677313 Å °0.00915331634558 Å °-0.00535014322117 Å °0.0187128951316 Å °-0.0200868401484 Å °-0.00970557739205 Å °0.0253396647905 Å °3.94762280261E-13 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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