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- PDB-7dmx: Photocleavable Fluorescent Protein in green form -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7dmx
タイトルPhotocleavable Fluorescent Protein in green form
要素PhoCl green
キーワードFLUORESCENT PROTEIN / PhoCl / Green form / Photocleavable
生物種Aequorea victoria (オワンクラゲ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Wen, Y. / Lemieux, M.J.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31870132 中国
引用ジャーナル: Chem Sci / 年: 2021
タイトル: Photocleavable proteins that undergo fast and efficient dissociation.
著者: Lu, X. / Wen, Y. / Zhang, S. / Zhang, W. / Chen, Y. / Shen, Y. / Lemieux, M.J. / Campbell, R.E.
履歴
登録2020年12月8日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年1月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年6月16日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name
改定 1.22022年2月23日Group: Advisory / Database references
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume ..._citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / struct_conn / struct_ncs_dom_lim
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 2.12023年11月29日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model
改定 2.22024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: PhoCl green
B: PhoCl green
C: PhoCl green
D: PhoCl green


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)110,0214
ポリマ－110,0214
非ポリマー00
水7,548419
1
A: PhoCl green


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,5051
ポリマ－27,5051
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: PhoCl green


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,5051
ポリマ－27,5051
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: PhoCl green


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,5051
ポリマ－27,5051
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: PhoCl green


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,5051
ポリマ－27,5051
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)60.360, 112.760, 144.850
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 3 through 12 or (resid 13...
21(chain B and (resid 3 through 12 or (resid 13...
31(chain C and (resid 3 through 23 or resid 25...
41(chain D and (resid 3 through 12 or (resid 13...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ILEILEPROPRO(chain A and (resid 3 through 12 or (resid 13...AA3 - 122 - 11
12GLUGLUGLUGLU(chain A and (resid 3 through 12 or (resid 13...AA1312
13ILEILEPROPRO(chain A and (resid 3 through 12 or (resid 13...AA3 - 2422 - 239
14ILEILEPROPRO(chain A and (resid 3 through 12 or (resid 13...AA3 - 2422 - 239
15ILEILEPROPRO(chain A and (resid 3 through 12 or (resid 13...AA3 - 2422 - 239
16ILEILEPROPRO(chain A and (resid 3 through 12 or (resid 13...AA3 - 2422 - 239
21ILEILEPROPRO(chain B and (resid 3 through 12 or (resid 13...BB3 - 122 - 11
22GLUGLUGLUGLU(chain B and (resid 3 through 12 or (resid 13...BB1312
23VALVALPROPRO(chain B and (resid 3 through 12 or (resid 13...BB2 - 2421 - 239
24VALVALPROPRO(chain B and (resid 3 through 12 or (resid 13...BB2 - 2421 - 239
25VALVALPROPRO(chain B and (resid 3 through 12 or (resid 13...BB2 - 2421 - 239
26VALVALPROPRO(chain B and (resid 3 through 12 or (resid 13...BB2 - 2421 - 239
31ILEILETYRTYR(chain C and (resid 3 through 23 or resid 25...CC3 - 232 - 22
32ASPASPASNASN(chain C and (resid 3 through 23 or resid 25...CC25 - 4424 - 43
33LYSLYSLYSLYS(chain C and (resid 3 through 23 or resid 25...CC4544
34ILEILEPROPRO(chain C and (resid 3 through 23 or resid 25...CC3 - 2422 - 239
35ILEILEPROPRO(chain C and (resid 3 through 23 or resid 25...CC3 - 2422 - 239
36ILEILEPROPRO(chain C and (resid 3 through 23 or resid 25...CC3 - 2422 - 239
37ILEILEPROPRO(chain C and (resid 3 through 23 or resid 25...CC3 - 2422 - 239
38ILEILEPROPRO(chain C and (resid 3 through 23 or resid 25...CC3 - 2422 - 239
41ILEILEPROPRO(chain D and (resid 3 through 12 or (resid 13...DD3 - 122 - 11
42GLUGLUGLUGLU(chain D and (resid 3 through 12 or (resid 13...DD1312
43ILEILEARGARG(chain D and (resid 3 through 12 or (resid 13...DD3 - 2432 - 240

-
要素

#1: タンパク質
PhoCl green


分子量: 27505.221 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Aequorea victoria (オワンクラゲ)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 419 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.09 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1M MIB buffer pH 6.0, 25% w/v PEG 1500

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年2月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→44.39 Å / Num. obs: 57043 / % possible obs: 96.8 % / 冗長度: 3.4 % / CC1/2: 0.997 / Net I/σ(I): 9.73
反射 シェル解像度: 2.1→2.18 Å / Rmerge(I) obs: 0.709 / Num. unique obs: 9153 / CC1/2: 0.885

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2HQK

2hqk


解像度: 2.1→44.39 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 28.53 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2488 2000 4.66 %
Rwork0.2054 40918 -
obs0.2075 42918 73.69 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 156.43 Å2 / Biso mean: 33.01 Å2 / Biso min: 10.22 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.1→44.39 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6775 0 0 419 7194
Biso mean---33.67 -
残基数----845
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A2356X-RAY DIFFRACTION7.333TORSIONAL
12B2356X-RAY DIFFRACTION7.333TORSIONAL
13C2356X-RAY DIFFRACTION7.333TORSIONAL
14D2356X-RAY DIFFRACTION7.333TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.1-2.160.5086110.26782132245
2.16-2.210.3531280.224558261015
2.21-2.280.347510.23991040109127
2.28-2.350.3502860.24921779186545
2.35-2.440.31361410.25282877301874
2.44-2.530.29531800.25613676385693
2.54-2.650.26771880.2423862405098
2.65-2.790.27981890.24843847403698
2.79-2.960.28671890.25213878406798
2.96-3.190.28791850.23093783396896
3.19-3.510.26541860.20363820400696
3.52-4.020.23531890.17813853404296
4.02-5.070.18311870.14793828401595
5.07-44.390.19731900.18183880407092

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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