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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7dmo | ||||||
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タイトル | Crystal structures of two pericyclases catalyzing [4+2] cycloadditions | ||||||
要素 | Diels-Alderase | ||||||
キーワード | ISOMERASE / [4+2]-pericyclase / BIOSYNTHETIC PROTEIN | ||||||
機能・相同性 | 異性化酵素; 分子内リアーゼ; - / isomerase activity / Diels-Alderase phm7 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Pyrenochaetopsis sp. (菌類) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2 Å | ||||||
データ登録者 | Wang, Z.D. / Chi, C.B. / Ma, M. | ||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: Acs Omega / 年: 2021 タイトル: Crystal Structures of Fsa2 and Phm7 Catalyzing [4 + 2] Cycloaddition Reactions with Reverse Stereoselectivities in Equisetin and Phomasetin Biosynthesis. 著者: Chi, C. / Wang, Z. / Liu, T. / Zhang, Z. / Zhou, H. / Li, A. / Jin, H. / Jia, H. / Yin, F. / Yang, D. / Ma, M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7dmo.cif.gz | 464.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7dmo.ent.gz | 376.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7dmo.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dm/7dmo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dm/7dmo | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 41752.055 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pyrenochaetopsis sp. (菌類) / 遺伝子: phm7 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: A0A2Z5XAU0 #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.8 % |
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結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 0.1 M Bis-Tris pH 7.0, 1.36 M Sodium malonate pH 7.0 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.540562 Å |
検出器 | タイプ: RIGAKU HyPix-6000HE / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年9月22日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.540562 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→13.43 Å / Num. obs: 179300 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 6.7 % / Rmerge(I) obs: 0.13 / Net I/σ(I): 11.33 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 6.9 % / Rmerge(I) obs: 0.423 / Mean I/σ(I) obs: 3.43 / Num. unique obs: 17930 / % possible all: 99.9 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 7DMN 解像度: 2→13.43 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0.01 / 位相誤差: 21.25 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 97.33 Å2 / Biso mean: 24.8808 Å2 / Biso min: 9.91 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2→13.43 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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