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万見
- PDB-7dmn: Crystal structure of two pericyclases catalyzing [4+2] cycloaddition -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7dmn
タイトルCrystal structure of two pericyclases catalyzing [4+2] cycloaddition
要素Diels-Alderase fsa2
キーワードISOMERASE / [4+2]-pericyclase / BIOSYNTHETIC PROTEIN
機能・相同性: / : / Diels-Alderase, C-terminal domain / Diels-Alderase N-terminal domain / 異性化酵素; 分子内リアーゼ; - / isomerase activity / Diels-Alderase fsa2
機能・相同性情報
生物種Fusarium sp. (菌類)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Chi, C.B. / Wang, Z.D. / Liu, T. / Zhang, Z.Y. / Ma, M.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
Ministry of Science and Technology (MoST, China)2019YFC0312502 中国
引用ジャーナル: Acs Omega / 年: 2021
タイトル: Crystal Structures of Fsa2 and Phm7 Catalyzing [4 + 2] Cycloaddition Reactions with Reverse Stereoselectivities in Equisetin and Phomasetin Biosynthesis.
著者: Chi, C. / Wang, Z. / Liu, T. / Zhang, Z. / Zhou, H. / Li, A. / Jin, H. / Jia, H. / Yin, F. / Yang, D. / Ma, M.
履歴
登録2020年12月4日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年10月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年4月3日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Diels-Alderase fsa2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,3033
ポリマ－41,1191
非ポリマー1842
水5,350297
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, The biological assembly provided by gel filtration is monomer.
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area300 Å2
ΔGint-1 kcal/mol
Surface area16310 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)84.968, 82.429, 48.192
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 Diels-Alderase fsa2 / Fusarisetin A biosynthesis protein 2


分子量: 41118.641 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Fusarium sp. (strain FN080326) (菌類)
株: FN080326 / 遺伝子: fsa2
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: A0A0E4AYE7, 異性化酵素; 分子内リアーゼ; -
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 297 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.06 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 28% PEG 2000mme, 0.1 M BIS-TRIS propane pH 6.3, 20 mM TEAOH pH 7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.540562 Å
検出器タイプ: RIGAKU HyPix-6000HE / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年11月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.540562 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→13.61 Å / Num. obs: 23436 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 12.6 % / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 26.86
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / Rmerge(I) obs: 0.363 / Mean I/σ(I) obs: 7.15 / Num. unique obs: 2349

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
CrysalisProデータ削減
CrysalisProデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Se-Fsa2

解像度: 2→13.61 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.927 / SU B: 3.682 / SU ML: 0.103 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.203 / ESU R Free: 0.167 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2052 1933 8.5 %RANDOM
Rwork0.1567 ---
obs0.1609 20861 96.78 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 108.41 Å2 / Biso mean: 20.263 Å2 / Biso min: 2.78 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.17 Å20 Å2-0 Å2
2---0.92 Å2-0 Å2
3---0.75 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2→13.61 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2839 0 12 297 3148
Biso mean--44.9 29.46 -
残基数----369
LS精密化 シェル解像度: 2→2.052 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.244 124 -
Rwork0.171 1418 -
all-1542 -
obs--91.51 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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