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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7dmn | ||||||
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タイトル | Crystal structure of two pericyclases catalyzing [4+2] cycloaddition | ||||||
要素 | Diels-Alderase fsa2 | ||||||
キーワード | ISOMERASE / [4+2]-pericyclase / BIOSYNTHETIC PROTEIN | ||||||
機能・相同性 | 異性化酵素; 分子内リアーゼ; - / isomerase activity / Diels-Alderase fsa2 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Fusarium sp. (菌類) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2 Å | ||||||
データ登録者 | Chi, C.B. / Wang, Z.D. / Liu, T. / Zhang, Z.Y. / Ma, M. | ||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: Acs Omega / 年: 2021 タイトル: Crystal Structures of Fsa2 and Phm7 Catalyzing [4 + 2] Cycloaddition Reactions with Reverse Stereoselectivities in Equisetin and Phomasetin Biosynthesis. 著者: Chi, C. / Wang, Z. / Liu, T. / Zhang, Z. / Zhou, H. / Li, A. / Jin, H. / Jia, H. / Yin, F. / Yang, D. / Ma, M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7dmn.cif.gz | 91.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7dmn.ent.gz | 67.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7dmn.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7dmn_validation.pdf.gz | 441.5 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7dmn_full_validation.pdf.gz | 444.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | 7dmn_validation.xml.gz | 18.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7dmn_validation.cif.gz | 27.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dm/7dmn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dm/7dmn | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 41118.641 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Fusarium sp. (strain FN080326) (菌類) 株: FN080326 / 遺伝子: fsa2 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: A0A0E4AYE7, 異性化酵素; 分子内リアーゼ; - | ||||
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#2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.06 % |
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結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 28% PEG 2000mme, 0.1 M BIS-TRIS propane pH 6.3, 20 mM TEAOH pH 7.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.540562 Å |
検出器 | タイプ: RIGAKU HyPix-6000HE / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年11月11日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.540562 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→13.61 Å / Num. obs: 23436 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 12.6 % / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 26.86 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.07 Å / Rmerge(I) obs: 0.363 / Mean I/σ(I) obs: 7.15 / Num. unique obs: 2349 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: Se-Fsa2 解像度: 2→13.61 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.927 / SU B: 3.682 / SU ML: 0.103 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.203 / ESU R Free: 0.167 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 108.41 Å2 / Biso mean: 20.263 Å2 / Biso min: 2.78 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2→13.61 Å
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LS精密化 シェル | 解像度: 2→2.052 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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