PDB-7dmm: Structure of a glucose isomerase crystal grown in an aqueous glyc...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7dmm

タイトル

Structure of a glucose isomerase crystal grown in an aqueous glycerol solution without any precipitants

要素

Xylose isomerase

キーワード

ISOMERASE / ISOMERASE(INTRAMOLEC

機能・相同性

機能・相同性情報

xylose isomerase / xylose isomerase activity / D-xylose metabolic process / magnesium ion binding / identical protein binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Streptomyces rubiginosus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 0.99 Å

データ登録者

Suzuki, Y. / Maita, N.

資金援助

日本, 1件

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Extraordinarily fast growth of high-quality glucose isomerase crystals simply by concentration in a precipitant-free solution with a cryoprotectant
著者: Suzuki, Y. / Ikemitsu, N. / Maita, N.

履歴

登録	2020年12月4日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2021年12月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月29日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7dmm.cif.gz	101 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7dmm.ent.gz	74.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7dmm.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7dmm_validation.pdf.gz	442.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7dmm_full_validation.pdf.gz	451.3 KB	表示
XML形式データ	7dmm_validation.xml.gz	19.3 KB	表示
CIF形式データ	7dmm_validation.cif.gz	29.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dm/7dmm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dm/7dmm	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1xibS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1xid-1 4qee-1 4duo-1 4qe5-1 1xya-1 4qe4-1 5xim-d 194 4qe1-1 3n4a-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#74 - 2006年2月 α-アミラーゼ (alpha-Amylase) 類似性 (7)

登録構造単位

A: Xylose isomerase

ヘテロ分子

43.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Xylose isomerase

ヘテロ分子

A: Xylose isomerase

ヘテロ分子

A: Xylose isomerase

ヘテロ分子

A: Xylose isomerase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: native gel electrophoresis
174 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	92.610, 98.460, 102.300
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	23
Space group name H-M	I222

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-752- HOH

#1: タンパク質	Xylose isomerase / Glucose isomerase 分子量: 43065.988 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Streptomyces rubiginosus (バクテリア) / 参照: UniProt: P24300, xylose isomerase
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物	ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION 分子量: 54.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: Mn
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 303 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.71 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.57 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: batch mode 詳細: precipitant-free in 30(v/v)% aqueous glycerol solution

-
データ収集

回折	平均測定温度: 90 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 0.9 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年6月29日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 0.99→70.94 Å / Num. obs: 256074 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.4 % / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.046 / Net I/σ(I): 16.9
反射シェル	解像度: 0.99→1.01 Å / R_merge(I) obs: 0.308 / Num. unique obs: 12629 / CC_1/2: 0.94

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0189	精密化
Aimless		データ削減
Aimless		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1XIB

1xib

解像度: 0.99→51.16 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.973 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.97 / SU B: 0.246 / SU ML: 0.013 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.019 / ESU R Free: 0.02 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.16564	13077	5.1 %	RANDOM
R_work	0.15693	-	-	-
obs	0.15736	242981	99.73 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 9.953 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.19 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.36 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.17 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 0.99→51.16 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3039	0	15	303	3357

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.029	0.019	3242
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	2948
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.29	1.955	4408
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.124	3	6822
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.69	5	418
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.056	23.24	179
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	10.761	15	523
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.98	15	36
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.13	0.2	455
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.014	0.021	3754
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.003	0.02	738
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.953	0.826	1582
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.921	0.825	1581
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.284	1.25	1985
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.292	1.251	1986
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.307	1.047	1660
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.303	1.047	1660
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.193	1.507	2409
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	3.626	10.587	3755
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	3.532	10.34	3699
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 0.991→1.017 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.252	882	-
R_work	0.233	17907	-
obs	-	-	99.31 %

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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