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- PDB-7dlh: Crystallization of Cationic Peroxidase from Proso Millet and Iden... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7dlh
タイトルCrystallization of Cationic Peroxidase from Proso Millet and Identification of Its Phosphatase Active Sites
要素peroxidase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Proso millet peroxidase
機能・相同性alpha-L-fucopyranose / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE
機能・相同性情報
生物種Panicum miliaceum (キビ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.789 Å
データ登録者Cui, x.d. / Wang, t.f. / Wang, k.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystallization of Cationic Peroxidase from Proso Millet and Identification of Its Phosphatase Active Sites
著者: Cui, x.d. / Wang, t.f.
履歴
登録2020年11月27日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年12月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: peroxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,34811
ポリマ－36,2951
非ポリマー2,05310
水6,521362
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)56.298, 112.665, 111.585
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-408-

CL

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 peroxidase


分子量: 36295.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Panicum miliaceum (キビ) / 発現宿主: Panicum miliaceum (キビ)

-
糖 , 3種, 3分子

#2: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(2-3)-[2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)]2-acetamido-2-deoxy- ...alpha-D-mannopyranose-(2-3)-[2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa2-3[DGlcpNAcb1-4]DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(3+2)][D-1-deoxy-Manp]{}[(4+1)][b-D-4-deoxy-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 糖 ChemComp-FUC / alpha-L-fucopyranose / alpha-L-fucose / 6-deoxy-alpha-L-galactopyranose / L-fucose / fucose / α-L-フコピラノ-ス


タイプ: L-saccharide, alpha linking / 分子量: 164.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H12O5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
識別子タイププログラム
LFucpaCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
a-L-fucopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
a-L-FucpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
FucSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 6種, 369分子

#4: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#7: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#8: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#9: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#10: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 362 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.54 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.1 mol/L Tris-HCl, pH 8.0, 0.2 mol/L MgCl2, and 25%(w/v) PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.978 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年4月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.978 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.789→50 Å / Num. obs: 33291 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.138 / Rpim(I) all: 0.078 / Rrim(I) all: 0.16 / Χ2: 0.51 / Net I/σ(I): 3.2
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.8-1.833.70.48616070.8350.2770.5610.44496.3
1.83-1.863.70.44716630.8620.2530.5160.45399.3
1.86-1.93.70.4516200.8510.2540.5190.48198.2
1.9-1.943.70.49516570.7390.2780.570.53799
1.94-1.983.80.37216390.8670.2110.4290.47298.4
1.98-2.033.60.28616470.9290.1650.3320.44298.4
2.03-2.083.40.27916220.8980.1670.3270.5697.5
2.08-2.133.80.24416560.9430.1360.280.48199.2
2.13-2.23.80.21116660.960.1170.2420.46498.9
2.2-2.273.80.28116500.8670.1540.3220.62398.9
2.27-2.353.70.19116780.9660.1080.220.46599.7
2.35-2.443.60.15316710.9680.0880.1770.48399.6
2.44-2.553.50.13416270.9710.080.1570.48297.2
2.55-2.693.80.13116780.9790.0730.1510.50699.3
2.69-2.863.80.11216890.9860.0630.1290.49199.4
2.86-3.083.70.09816840.9880.0560.1140.53699.8
3.08-3.393.60.08116670.990.0470.0940.5797.4
3.39-3.883.80.08316900.9910.0460.0950.64399.4
3.88-4.883.50.06617020.990.0380.0760.56597.5
4.88-503.60.06217780.9930.0350.0720.50597.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
PHENIX1.15.2_3472精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-2000データ削減
AutoSol位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5AOG

5aog


解像度: 1.789→39.641 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 19.02 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2046 2000 6.01 %
Rwork0.171 31253 -
obs0.173 33253 98.03 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 70.1 Å2 / Biso mean: 16.1507 Å2 / Biso min: 5.43 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.789→39.641 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2289 0 129 362 2780
Biso mean--25.34 23.34 -
残基数----302
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.8-1.83330.25261280.2061200790
1.8333-1.88290.24571430.2017222798
1.8829-1.93830.26091410.2152220199
1.9383-2.00080.2241440.1832223999
2.0008-2.07230.20021400.1705219998
2.0723-2.15530.20341430.1611224199
2.1553-2.25340.23591440.1732224299
2.2534-2.37220.20661430.1639224499
2.3722-2.52080.19381430.1624223498
2.5208-2.71540.20541430.16892246100
2.7154-2.98860.20291480.1742291100
2.9886-3.42080.18251420.1717223398
3.4208-4.3090.17981490.1519231599
4.309-39.60.1971490.168233497

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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