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万見
- PDB-7dla: Crystal structure of nucleoside transporter NupG (D323A mutant) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7dla
タイトルCrystal structure of nucleoside transporter NupG (D323A mutant)
要素Nucleoside permease NupG
キーワードTRANSPORT PROTEIN / MFS / Nucleoside / Transporter / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


nucleoside:proton symporter activity / cytidine transmembrane transporter activity / uridine transmembrane transport / adenosine transport / nucleoside transmembrane transport / pyrimidine nucleoside transmembrane transporter activity / pyrimidine nucleoside transport / purine nucleoside transmembrane transport / uridine transmembrane transporter activity / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Nucleoside permease NupG / Nucleoside:H+ symporter / Nucleoside H+ symporter / Major facilitator superfamily domain / Major facilitator superfamily (MFS) profile. / MFS transporter superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Nucleoside permease NupG
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli K-12 (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Wang, C. / Xiao, Q.J. / Deng, D.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2021
タイトル: Molecular basis for substrate recognition by the bacterial nucleoside transporter NupG.
著者: Wang, C. / Xiao, Q. / Duan, H. / Li, J. / Zhang, J. / Wang, Q. / Guo, L. / Hu, J. / Sun, B. / Deng, D.
履歴
登録2020年11月26日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年4月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年7月21日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.22024年3月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nucleoside permease NupG


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,3731
ポリマ－46,3731
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area17060 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)145.332, 47.096, 63.383
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 94.900, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Nucleoside permease NupG / Nucleoside-transport system protein NupG


分子量: 46372.895 Da / 分子数: 1 / 変異: D323A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: nupG, b2964, JW2932 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0AFF4

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.22 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法
詳細: 0.1 M NaCl, 0.1 M MgCl2, 0.1M MES pH6.0, 30% PEG550MME

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.9791 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年6月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→19.77 Å / Num. obs: 8747 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 5.4 % / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.173 / Rpim(I) all: 0.081 / Rrim(I) all: 0.191 / Net I/σ(I): 7.5 / Num. measured all: 47341
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
3-3.185.60.983790814090.8230.4441.0821.799.9
9-19.774.80.06315183180.9940.0320.07123.890.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.7.3データスケーリング
PHENIX1.14_3260精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Predict model from robetta webiste

解像度: 3→19.766 Å / SU ML: 0.43 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 30.59 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2769 869 9.97 %
Rwork0.2339 7848 -
obs0.2382 8717 99.6 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 131.14 Å2 / Biso mean: 64.9623 Å2 / Biso min: 48.13 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3→19.766 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3120 0 0 0 3120
残基数----402
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
3.0001-3.18730.32871410.29081290100
3.1873-3.43220.35171440.33661303100
3.4322-3.77550.31181410.25491293100
3.7755-4.31680.27591460.2292129599
4.3168-5.42010.26371490.22551311100
5.4201-19.7660.23541480.18581356100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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