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- PDB-7dl9: Crystal structure of nucleoside transporter NupG -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7dl9
タイトルCrystal structure of nucleoside transporter NupG
要素Nucleoside permease NupG
キーワードTRANSPORT PROTEIN / MFS / Nucleoside / Transporter / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


cytidine transmembrane transporter activity / nucleoside:proton symporter activity / uridine transmembrane transport / adenosine transport / pyrimidine nucleoside transmembrane transporter activity / uridine transmembrane transporter activity / pyrimidine nucleoside transport / purine nucleoside transmembrane transport / : / plasma membrane => GO:0005886 / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Nucleoside:H+ symporter / Nucleoside permease NupG / Nucleoside H+ symporter / Major facilitator superfamily domain / Major facilitator superfamily (MFS) profile. / MFS transporter superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
(2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / Nucleoside permease NupG
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli K-12 (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Wang, C. / Xiao, Q.J. / Deng, D.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2021
タイトル: Molecular basis for substrate recognition by the bacterial nucleoside transporter NupG.
著者: Wang, C. / Xiao, Q. / Duan, H. / Li, J. / Zhang, J. / Wang, Q. / Guo, L. / Hu, J. / Sun, B. / Deng, D.
履歴
登録2020年11月26日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年4月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年7月21日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.22024年3月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.32024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nucleoside permease NupG
B: Nucleoside permease NupG
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)93,5474
ポリマ－92,8342
非ポリマー7132
水30617
1
A: Nucleoside permease NupG
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,1303
ポリマ－46,4171
非ポリマー7132
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Nucleoside permease NupG


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,4171
ポリマ－46,4171
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)42.874, 68.715, 79.027
Angle α, β, γ (deg.)81.110, 74.270, 84.020
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 1 through 92 or resid 94...
21(chain B and (resid 1 through 62 or (resid 63...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11METMETPROPRO(chain A and (resid 1 through 92 or resid 94...AA1 - 921 - 92
12ALAALAASNASN(chain A and (resid 1 through 92 or resid 94...AA94 - 20794 - 207
13METMETLYSLYS(chain A and (resid 1 through 92 or resid 94...AA1 - 4051 - 405
14METMETLYSLYS(chain A and (resid 1 through 92 or resid 94...AA1 - 4051 - 405
15PHEPHEGLNGLN(chain A and (resid 1 through 92 or resid 94...AA244 - 251244 - 251
16ALAALAALAALA(chain A and (resid 1 through 92 or resid 94...AA253 - 340253 - 340
17ILEILEILEILE(chain A and (resid 1 through 92 or resid 94...AA341341
18METMETLYSLYS(chain A and (resid 1 through 92 or resid 94...AA1 - 4051 - 405
19METMETLYSLYS(chain A and (resid 1 through 92 or resid 94...AA1 - 4051 - 405
110METMETLYSLYS(chain A and (resid 1 through 92 or resid 94...AA1 - 4051 - 405
111METMETLYSLYS(chain A and (resid 1 through 92 or resid 94...AA1 - 4051 - 405
21METMETALAALA(chain B and (resid 1 through 62 or (resid 63...BB1 - 621 - 62
22ASPASPASPASP(chain B and (resid 1 through 62 or (resid 63...BB6363
23METMETLYSLYS(chain B and (resid 1 through 62 or (resid 63...BB1 - 4051 - 405
24METMETLYSLYS(chain B and (resid 1 through 62 or (resid 63...BB1 - 4051 - 405
25METMETLYSLYS(chain B and (resid 1 through 62 or (resid 63...BB1 - 4051 - 405
26METMETLYSLYS(chain B and (resid 1 through 62 or (resid 63...BB1 - 4051 - 405

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要素

#1: タンパク質 Nucleoside permease NupG / Nucleoside-transport system protein NupG


分子量: 46416.902 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: nupG, b2964, JW2932 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0AFF4
#2: 化合物 ChemComp-OLC / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / 1-Oleoyl-R-glycerol / L-グリセロ-ル3-オレア-ト


分子量: 356.540 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H40O4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.32 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法
詳細: 0.1 M Citrate sodium (pH=5), 0.1 M NaCl 0.1 M MgCl2 , 30% PEG 600

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.9791 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年11月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→29.54 Å / Num. obs: 16931 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 3.5 % / CC1/2: 0.986 / Rmerge(I) obs: 0.153 / Net I/σ(I): 6.8 / Num. measured all: 59909
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Net I/σ(I) obs% possible all
3-3.183.60.452991427270.8922.898.5
9-29.543.40.05820776170.99514.195.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.7.3データスケーリング
PHENIX1.14_3260精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: predicted model by the robetta website

解像度: 3→25.566 Å / SU ML: 0.39 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.98 / 位相誤差: 28.89 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2798 1691 10.01 %
Rwork0.2504 15200 -
obs0.2534 16891 98.67 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 89.16 Å2 / Biso mean: 29.3306 Å2 / Biso min: 1.59 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3→25.566 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6295 0 30 17 6342
Biso mean--26.49 24.14 -
残基数----810
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A3469X-RAY DIFFRACTION12.704TORSIONAL
12B3469X-RAY DIFFRACTION12.704TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
3.0001-3.08830.26991410.2208126999
3.0883-3.18780.30641390.2404124898
3.1878-3.30150.28971460.2504130598
3.3015-3.43340.28641400.2412125999
3.4334-3.58920.28291390.2399126199
3.5892-3.77790.29931380.2238123999
3.7779-4.01380.25231420.2518128199
4.0138-4.32230.27861410.2478127999
4.3223-4.75480.27471430.2618127098
4.7548-5.4370.27981390.2729125799
5.437-6.82840.30961410.2828126499
6.8284-25.5660.25641420.2497126899

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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