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- PDB-7dl4: Crystal structure of human serum albumin and nitrosylruthenium co... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7dl4
タイトルCrystal structure of human serum albumin and nitrosylruthenium complex adduct
要素Serum albumin
キーワードTRANSPORT PROTEIN / Ruthenium complexes / NO donors / Photodynamic / human serum albumin
機能・相同性
機能・相同性情報


exogenous protein binding / Ciprofloxacin ADME / enterobactin binding / cellular response to calcium ion starvation / Heme biosynthesis / HDL remodeling / negative regulation of mitochondrial depolarization / Prednisone ADME / Heme degradation / Aspirin ADME ...exogenous protein binding / Ciprofloxacin ADME / enterobactin binding / cellular response to calcium ion starvation / Heme biosynthesis / HDL remodeling / negative regulation of mitochondrial depolarization / Prednisone ADME / Heme degradation / Aspirin ADME / antioxidant activity / toxic substance binding / Scavenging of heme from plasma / Recycling of bile acids and salts / cellular response to starvation / platelet alpha granule lumen / fatty acid binding / Post-translational protein phosphorylation / Cytoprotection by HMOX1 / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / pyridoxal phosphate binding / Platelet degranulation / protein-folding chaperone binding / blood microparticle / copper ion binding / endoplasmic reticulum lumen / Golgi apparatus / endoplasmic reticulum / protein-containing complex / DNA binding / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Serum albumin/Alpha-fetoprotein/Afamin / ALB/AFP/VDB / Serum albumin, N-terminal / Serum albumin, conserved site / Serum albumin-like / Serum albumin family / Albumin domain signature. / Albumin domain profile. / serum albumin
類似検索 - ドメイン・相同性
5-chloranylquinolin-8-ol / NITRIC OXIDE / PALMITIC ACID / RUTHENIUM ION / Albumin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Xie, L.L. / Wang, W.M. / Wang, H.F.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, China)21671125, 62075118 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structural and Photodynamic Studies on Nitrosylruthenium Complexed Serum Albumin
著者: Xie, L.L. / Wang, W.M. / Wang, H.F.
履歴
登録2020年11月26日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年12月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.22024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Serum albumin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,99023
ポリマ－66,5711
非ポリマー2,41922
水2,054114
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area420 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area29890 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)184.983, 38.494, 95.516
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 105.530, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Serum albumin


分子量: 66571.219 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
遺伝子: ALB, GIG20, GIG42, PRO0903, PRO1708, PRO2044, PRO2619, PRO2675, UNQ696/PRO1341
発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P02768

-
非ポリマー , 8種, 136分子

#2: 化合物 ChemComp-RU / RUTHENIUM ION


分子量: 101.070 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ru / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-HZQ / 5-chloranylquinolin-8-ol / 5-クロロ-8-キノリノ-ル


分子量: 179.603 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H6ClNO
#4: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物 ChemComp-NO / NITRIC OXIDE / Nitrogen monoxide / ニトロキシル


分子量: 30.006 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: NO / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#7: 化合物 ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド


分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#8: 化合物
ChemComp-PLM / PALMITIC ACID / パルミチン酸


分子量: 256.424 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H32O2
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 114 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.02 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 32% PEG3350, 50 mM pottasium phosphate buffer

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.9785 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年6月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9785 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→50 Å / Num. obs: 25509 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 4 % / Biso Wilson estimate: 56.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.101 / Rpim(I) all: 0.058 / Rrim(I) all: 0.117 / Χ2: 1.089 / Net I/σ(I): 5 / Num. measured all: 101803
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.4-2.443.30.71912130.8980.4510.8540.44597.4
2.44-2.493.30.72512090.8540.4470.8570.47396.1
2.49-2.533.70.6512620.9010.3860.760.46197.6
2.53-2.594.10.58412930.9140.330.6740.48399.5
2.59-2.644.20.50412520.9490.2810.5790.49899.4
2.64-2.74.10.44612850.9540.2520.5140.50699.6
2.7-2.774.20.39312900.9560.2180.4520.53999.8
2.77-2.854.20.3212500.9690.1810.3690.57499.4
2.85-2.934.20.28813090.9760.1610.3310.62499.5
2.93-3.024.10.24312680.9810.1370.280.64498.8
3.02-3.1340.212670.9770.1160.2320.70499.1
3.13-3.263.70.1712360.9870.1010.1990.88495
3.26-3.414.30.14612820.9860.0810.1671.12298.9
3.41-3.584.30.12612690.9860.070.1441.3899.1
3.58-3.814.30.11213060.9870.0630.1291.78799.3
3.81-4.14.10.09312830.9920.0530.1072.0198.9
4.1-4.5240.07812900.9930.0460.0912.15798.5
4.52-5.173.80.07212790.9920.0430.0842.20997
5.17-6.514.20.06513300.9950.0370.0751.6499.3
6.51-503.70.06113360.9920.0360.0722.29996

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.10.1_2155精密化
HKL-2000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5GIY

5giy


解像度: 2.4→35.539 Å / SU ML: 0.35 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 30.26 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2683 1235 4.84 %
Rwork0.2081 24265 -
obs0.211 25500 98.29 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 105.81 Å2 / Biso mean: 64.6739 Å2 / Biso min: 32.87 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.4→35.539 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4619 0 143 114 4876
Biso mean--65.8 63.58 -
残基数----581
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0094861
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9556512
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.047707
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005833
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.0393056
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.4-2.49610.37481330.3229255395
2.4961-2.60970.32571240.2969269599
2.6097-2.74720.33491460.26282719100
2.7472-2.91930.32231380.2553268999
2.9193-3.14450.31871260.2538270899
3.1445-3.46080.35181420.2349264997
3.4608-3.9610.25081440.1996272699
3.961-4.98820.22391500.175270298
4.9882-35.5390.23441320.1777282498

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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