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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7dl4 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of human serum albumin and nitrosylruthenium complex adduct | ||||||
要素 | Serum albumin | ||||||
キーワード | TRANSPORT PROTEIN (運搬体タンパク質) / Ruthenium complexes / NO donors / Photodynamic / human serum albumin | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 cellular response to calcium ion starvation / exogenous protein binding / Ciprofloxacin ADME / enterobactin binding / ヘム / HDL remodeling / negative regulation of mitochondrial depolarization / Prednisone ADME / Heme degradation / Aspirin ADME ...cellular response to calcium ion starvation / exogenous protein binding / Ciprofloxacin ADME / enterobactin binding / ヘム / HDL remodeling / negative regulation of mitochondrial depolarization / Prednisone ADME / Heme degradation / Aspirin ADME / antioxidant activity / toxic substance binding / Scavenging of heme from plasma / Recycling of bile acids and salts / cellular response to starvation / platelet alpha granule lumen / fatty acid binding / Post-translational protein phosphorylation / Cytoprotection by HMOX1 / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / pyridoxal phosphate binding / Platelet degranulation / protein-folding chaperone binding / blood microparticle / copper ion binding / 小胞体 / ゴルジ体 / 小胞体 / protein-containing complex / DNA binding / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / 細胞核 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å | ||||||
データ登録者 | Xie, L.L. / Wang, W.M. / Wang, H.F. | ||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Structural and Photodynamic Studies on Nitrosylruthenium Complexed Serum Albumin 著者: Xie, L.L. / Wang, W.M. / Wang, H.F. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7dl4.cif.gz | 136.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7dl4.ent.gz | 103.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7dl4.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dl/7dl4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dl/7dl4 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 5giyS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 66571.219 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) 遺伝子: ALB, GIG20, GIG42, PRO0903, PRO1708, PRO2044, PRO2619, PRO2675, UNQ696/PRO1341 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P02768 |
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-非ポリマー , 8種, 136分子
#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-HZQ / | #4: 化合物 | ChemComp-CL / #5: 化合物 | #6: 化合物 | ChemComp-GOL / #7: 化合物 | ChemComp-DMS / | #8: 化合物 | ChemComp-PLM / #9: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.02 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 32% PEG3350, 50 mM pottasium phosphate buffer |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.9785 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年6月25日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.9785 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.4→50 Å / Num. obs: 25509 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 4 % / Biso Wilson estimate: 56.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.101 / Rpim(I) all: 0.058 / Rrim(I) all: 0.117 / Χ2: 1.089 / Net I/σ(I): 5 / Num. measured all: 101803 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 5GIY 解像度: 2.4→35.539 Å / SU ML: 0.35 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 30.26 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 105.81 Å2 / Biso mean: 64.6739 Å2 / Biso min: 32.87 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.4→35.539 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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