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万見
- PDB-7dkr: Crystal structure of native E. coli Grx2 at 2.38 A -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7dkr
タイトルCrystal structure of native E. coli Grx2 at 2.38 A
要素Glutaredoxin
キーワードOXIDOREDUCTASE / E. coli Grx2 / Native
機能・相同性
機能・相同性情報


Glutaredoxin-2 / Glutaredoxin 2, C-terminal / Glutaredoxin 2, C terminal domain / Glutaredoxin active site / Glutaredoxin active site. / Glutathione S-transferase, N-terminal domain / Soluble glutathione S-transferase N-terminal domain profile. / Glutathione S-transferase, N-terminal / Glutathione S-transferase, C-terminal domain superfamily / Thioredoxin-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.378 Å
データ登録者Sreekumar, S.N. / Arockiasamy, A.
資金援助 インド, 2件
組織認可番号国
Department of Biotechnology (DBT, India)BT/PR28766/BRB/10/1701/2018 インド
Department of Biotechnology (DBT, India)BT/PR28080/BID/7/836/2018 インド
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of native E. coli Grx2 at 2.38 A
著者: Sreekumar, S.N. / Arockiasamy, A.
履歴
登録2020年11月25日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年12月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glutaredoxin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,3831
ポリマ－24,3831
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, Monomer
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area10430 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)28.470, 78.950, 89.280
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Glutaredoxin / Glutaredoxin 2 (Grx2) / Glutaredoxin glutaredoxin / Glutaredoxin / GrxB family / Glutaredoxin-2 / ...Glutaredoxin 2 (Grx2) / Glutaredoxin glutaredoxin / Glutaredoxin / GrxB family / Glutaredoxin-2 / Glutaredoxin-2 Grx2


分子量: 24383.229 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: C3TEC2

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.9 % / 解説: 2D Crystals
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: Protein solution: 25mg/ml in 25mM Tris pH 8.0, 150 mM NaCl, Reservoir condition:0.1M HEPES pH:7.5, 20% w/v PEG 10000, Protein/reservoir mixed in 1:1, 1:2 and 2:1 ratio, set up using MRC ...詳細: Protein solution: 25mg/ml in 25mM Tris pH 8.0, 150 mM NaCl, Reservoir condition:0.1M HEPES pH:7.5, 20% w/v PEG 10000, Protein/reservoir mixed in 1:1, 1:2 and 2:1 ratio, set up using MRC Swissci 3 well plates with the drop size of 150 nl

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 11.2C / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年2月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.38→89.28 Å / Num. obs: 8647 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 11 % / Biso Wilson estimate: 19 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.115 / Rpim(I) all: 0.036 / Rrim(I) all: 0.12 / Χ2: 0.92 / Net I/σ(I): 15.2
反射 シェル解像度: 2.38→2.47 Å / 冗長度: 9.5 % / Rmerge(I) obs: 0.314 / Mean I/σ(I) obs: 6.5 / Num. unique obs: 877 / CC1/2: 0.973 / Rpim(I) all: 0.106 / Rrim(I) all: 0.332 / Χ2: 0.89 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALA0.7.4データスケーリング
PHENIX1.16_3549精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
iMOSFLMデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4KX4

4kx4


解像度: 2.378→39.475 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 23.51 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2489 396 4.6 %
Rwork0.1947 8205 -
obs0.1973 8601 99.98 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 73.34 Å2 / Biso mean: 18.5777 Å2 / Biso min: 5.96 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.378→39.475 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1712 0 0 0 1712
残基数----215
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork
2.378-2.72210.29921250.21612660
2.7221-3.42920.27841330.21512699

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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