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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7dkr | |||||||||
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タイトル | Crystal structure of native E. coli Grx2 at 2.38 A | |||||||||
要素 | Glutaredoxin | |||||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE / E. coli Grx2 / Native | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.378 Å | |||||||||
データ登録者 | Sreekumar, S.N. / Arockiasamy, A. | |||||||||
資金援助 | インド, 2件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Crystal structure of native E. coli Grx2 at 2.38 A 著者: Sreekumar, S.N. / Arockiasamy, A. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7dkr.cif.gz | 54.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7dkr.ent.gz | 37.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7dkr.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7dkr_validation.pdf.gz | 422.5 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7dkr_full_validation.pdf.gz | 423.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | 7dkr_validation.xml.gz | 9.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7dkr_validation.cif.gz | 11.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dk/7dkr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dk/7dkr | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 4kx4S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 24383.229 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: C3TEC2 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.9 % / 解説: 2D Crystals |
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結晶化 | 温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: Protein solution: 25mg/ml in 25mM Tris pH 8.0, 150 mM NaCl, Reservoir condition:0.1M HEPES pH:7.5, 20% w/v PEG 10000, Protein/reservoir mixed in 1:1, 1:2 and 2:1 ratio, set up using MRC ...詳細: Protein solution: 25mg/ml in 25mM Tris pH 8.0, 150 mM NaCl, Reservoir condition:0.1M HEPES pH:7.5, 20% w/v PEG 10000, Protein/reservoir mixed in 1:1, 1:2 and 2:1 ratio, set up using MRC Swissci 3 well plates with the drop size of 150 nl |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 11.2C / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年2月12日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.38→89.28 Å / Num. obs: 8647 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 11 % / Biso Wilson estimate: 19 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.115 / Rpim(I) all: 0.036 / Rrim(I) all: 0.12 / Χ2: 0.92 / Net I/σ(I): 15.2 |
反射 シェル | 解像度: 2.38→2.47 Å / 冗長度: 9.5 % / Rmerge(I) obs: 0.314 / Mean I/σ(I) obs: 6.5 / Num. unique obs: 877 / CC1/2: 0.973 / Rpim(I) all: 0.106 / Rrim(I) all: 0.332 / Χ2: 0.89 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 4KX4 解像度: 2.378→39.475 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 23.51 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 73.34 Å2 / Biso mean: 18.5777 Å2 / Biso min: 5.96 Å2 | ||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.378→39.475 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / % reflection obs: 100 %
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