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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7dkp | |||||||||
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タイトル | Crystal structure of E. coli Grx2 in complex with GSH at 1.45 A resolution | |||||||||
要素 | Glutaredoxin | |||||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE / E. coli Grx2 / GSH | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.45 Å | |||||||||
データ登録者 | Sreekumar, S.N. / Arockiasamy, A. | |||||||||
資金援助 | インド, 2件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Crystal structure of E. coli Grx2 in complex with GSH at 1.45 A resolution 著者: Sreekumar, S.N. / Arockiasamy, A. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7dkp.cif.gz | 212.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7dkp.ent.gz | 169 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7dkp.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7dkp_validation.pdf.gz | 1.3 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7dkp_full_validation.pdf.gz | 1.4 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7dkp_validation.xml.gz | 47.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7dkp_validation.cif.gz | 71.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dk/7dkp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dk/7dkp | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 4kx4S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 24383.229 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: C3TEC2 #2: 化合物 | ChemComp-GSH / #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.6 % / 解説: 2D plates |
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結晶化 | 温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: Protein solution: 25mg/ml in 25mM Tris pH 8.0, 150 mM NaCl, 20 mM GSH, 10 mM DHA Reservoir condition: 0.2M Ammonium acetate, 0.1M Sodium citrate tribasic dihydrate pH 5.6, 30% w/v ...詳細: Protein solution: 25mg/ml in 25mM Tris pH 8.0, 150 mM NaCl, 20 mM GSH, 10 mM DHA Reservoir condition: 0.2M Ammonium acetate, 0.1M Sodium citrate tribasic dihydrate pH 5.6, 30% w/v Polyethylene glycol 4,000. Protein and reservoir mixed in 1:1, 1:2 and 2:1 ratio, set up using MRC Swissci 3 well plates with drop size of 150 nl. |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-3 / 波長: 0.968 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年7月16日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.968 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.449→42.94 Å / Num. obs: 137631 / % possible obs: 94.7 % / 冗長度: 4.2 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.099 / Rpim(I) all: 0.055 / Rrim(I) all: 0.113 / Net I/σ(I): 8.7 |
反射 シェル | 解像度: 1.449→1.476 Å / 冗長度: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.635 / Num. unique obs: 6882 / CC1/2: 0.759 / Rpim(I) all: 0.349 / Rrim(I) all: 0.726 / % possible all: 89.2 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 4KX4 解像度: 1.45→42.893 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.975 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.969 / SU B: 1.027 / SU ML: 0.039 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.06 / ESU R Free: 0.061 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 48.92 Å2 / Biso mean: 11.935 Å2 / Biso min: 6.22 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.45→42.893 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.45→1.487 Å / Rfactor Rfree error: 0
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