PDB-7dkn: Crystal structure of Sulfurisphaera tokodaii O6-methylguanine met...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7dkn

タイトル

Crystal structure of Sulfurisphaera tokodaii O6-methylguanine methyltransferase

要素

Methylated-DNA--protein-cysteine methyltransferase

キーワード

TRANSFERASE / methyltransferase

機能・相同性

機能・相同性情報

methylated-DNA-[protein]-cysteine S-methyltransferase / methylated-DNA-[protein]-cysteine S-methyltransferase activity / DNA alkylation repair / methylation / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Sulfurisphaera tokodaii (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.79 Å

データ登録者

Kikuchi, M. / Yamauchi, T. / Iizuka, Y. / Tsunoda, M.

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2021
タイトル: Roles of the hydroxy group of tyrosine in crystal structures of Sulfurisphaera tokodaii O6-methylguanine-DNA methyltransferase.
著者: Kikuchi, M. / Yamauchi, T. / Iizuka, Y. / Tsunoda, M.

履歴

登録	2020年11月25日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2021年12月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年12月15日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2023年11月29日	Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z
改定 1.3	2024年11月20日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7dkn.cif.gz	49.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7dkn.ent.gz	32.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7dkn.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7dkn_validation.pdf.gz	432.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7dkn_full_validation.pdf.gz	432.8 KB	表示
XML形式データ	7dkn_validation.xml.gz	8.8 KB	表示
CIF形式データ	7dkn_validation.cif.gz	11.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dk/7dkn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dk/7dkn	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7csmC 7d4vC 7dqqC 7dqrC 7dqtC 7e1pC 1wrjS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7d4v-d 6bu0-3 1eh7-d 7ddr-d 1ch5-d 3gkt-d 1ofk-d 5wjk-d 1ury-1 3kzy-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Methylated-DNA--protein-cysteine methyltransferase

ヘテロ分子

18.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	48.072, 52.705, 61.618
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Methylated-DNA--protein-cysteine methyltransferase / 6-O-methylguanine-DNA methyltransferase / MGMT / O-6-methylguanine-DNA-alkyltransferase 分子量: 17976.953 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Sulfurisphaera tokodaii (strain DSM 16993 / JCM 10545 / NBRC 100140 / 7) (古細菌) 株: DSM 16993 / JCM 10545 / NBRC 100140 / 7 / 遺伝子: ogt, STK_09670 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q973C7, methylated-DNA-[protein]-cysteine S-methyltransferase
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 106 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.17 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.35 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.2 M Ammonium sulfate, 0.1 M Tris pH 8.5, 25% w/v Polyethylene glycol 3,350

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Photon Factory

/ ビームライン: BL-1A / 波長: 1.1 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER X 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年6月16日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.79→40.052 Å / Num. obs: 15203 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 5.9 % / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.055 / R_pim(I) all: 0.024 / R_rim(I) all: 0.06 / Net I/σ(I): 20.8

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. measured all	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Net I/σ(I) obs	% possible all
1.79-1.83	3.3	0.141	2696	815	0.973	0.085	0.166	6.2	92.4
8.95-40.05	5	0.032	758	153	0.999	0.014	0.036	30.7	99.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
Aimless	0.7.4	データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
XDS		データ削減
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1wrj

1wrj

解像度: 1.79→40.052 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.953 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.93 / SU B: 2.514 / SU ML: 0.08 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.128 / ESU R Free: 0.123 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2192	726	4.788 %
R_work	0.1802	14438	-
all	0.182	-	-
obs	-	15164	99.079 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 17.74 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.01 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.018 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.008 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.79→40.052 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1207	0	10	106	1323

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.013	1291
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	1260
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.689	1.65	1752
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.414	1.588	2918
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.383	5	165
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	28.684	21.515	66
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.998	15	241
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.079	15	9
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.086	0.2	162
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	1423
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	299
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.209	0.2	237
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.17	0.2	1200
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.181	0.2	637
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.08	0.2	593
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.155	0.2	67
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.127	0.2	14
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.191	0.2	40
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.4	0.2	19
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.632	1.623	615
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.583	1.619	614
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.356	2.424	771
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.355	2.429	772
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.346	1.965	676
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.272	1.926	669
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.675	2.819	973
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.601	2.754	962
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.339	19.319	1447
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.301	19.203	1436

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.79-1.836	0.183	47	0.18	976	0.18	1107	0.953	0.94	92.4119	0.165
1.836-1.887	0.3	51	0.194	998	0.199	1089	0.893	0.926	96.3269	0.181
1.887-1.941	0.215	49	0.193	991	0.195	1042	0.934	0.937	99.8081	0.181
1.941-2.001	0.252	56	0.19	977	0.194	1034	0.919	0.938	99.9033	0.182
2.001-2.066	0.244	60	0.196	919	0.199	981	0.918	0.928	99.7961	0.187
2.066-2.139	0.208	36	0.19	922	0.191	959	0.949	0.94	99.8957	0.186
2.139-2.219	0.237	45	0.178	884	0.181	930	0.933	0.951	99.8925	0.177
2.219-2.309	0.211	40	0.166	861	0.168	901	0.952	0.956	100	0.167
2.309-2.412	0.152	42	0.162	819	0.161	861	0.955	0.959	100	0.164
2.412-2.529	0.221	34	0.18	799	0.182	833	0.956	0.954	100	0.185
2.529-2.665	0.212	38	0.186	742	0.187	781	0.946	0.95	99.872	0.191
2.665-2.826	0.237	36	0.183	715	0.185	751	0.937	0.944	100	0.192
2.826-3.02	0.259	30	0.19	674	0.193	705	0.925	0.937	99.8582	0.205
3.02-3.261	0.278	27	0.194	645	0.197	675	0.922	0.947	99.5556	0.212
3.261-3.569	0.205	28	0.171	575	0.173	604	0.951	0.962	99.8344	0.192
3.569-3.987	0.206	21	0.152	529	0.154	553	0.962	0.971	99.4575	0.174
3.987-4.596	0.138	28	0.144	476	0.144	504	0.978	0.978	100	0.168
4.596-5.61	0.264	25	0.181	404	0.186	429	0.949	0.968	100	0.212
5.61-7.858	0.201	18	0.212	332	0.212	350	0.951	0.956	100	0.249
7.858-40.052	0.238	15	0.235	200	0.235	216	0.96	0.949	99.537	0.275

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)