PDB-7dkc: Stenotrophomonas maltophilia DPP7 in complex with Tyr-Tyr

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7dkc

タイトル

Stenotrophomonas maltophilia DPP7 in complex with Tyr-Tyr

要素

Dipeptidyl-peptidase

キーワード

HYDROLASE / dipeptidyl aminopeptidase / S46 / AMR / Microgravity / antimicrobial / chymotrypsin / serine protease

機能・相同性

機能・相同性情報

加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; ジペプチジルペプチターゼ・トリペプチジルペプチターゼ / serine-type aminopeptidase activity / dipeptidyl-peptidase activity / peptide catabolic process / proteolysis
類似検索 - 分子機能

生物種

Stenotrophomonas maltophilia (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.86 Å

データ登録者

Sakamoto, Y. / Nakamura, A. / Suzuki, Y. / Honma, N. / Roppongi, S. / Kushibiki, C. / Yonezawa, N. / Takahashi, M. / Shida, Y. / Gouda, H. ...

資金援助

日本, 8件

組織	認可番号	国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)	16K8322	日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)	16H04902	日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)	17H03790	日本
Ministry of Education, Culture, Sports, Science and Technology (Japan)	2013A6822, 2013B6822, 2014A6924, 2014B6924, 2015A6521, 2015B6521, 2016B6620, 2017A6721, 2017B6721, 2018A6818, 2018B6818, 2019A6917, 2019B6917, 2020A6517	日本
Ministry of Education, Culture, Sports, Science and Technology (Japan)	CR1405-CR1905	日本
Japan Agency for Medical Research and Development (AMED)	BINDS 0026	日本
Ministry of Education, Culture, Sports, Science and Technology (Japan)	2017G162	日本
TAKEDA Foundation		日本

引用

ジャーナル: Sci Rep / 年: 2021
タイトル: Structural basis for an exceptionally strong preference for asparagine residue at the S2 subsite of Stenotrophomonas maltophilia dipeptidyl peptidase 7.
著者: Nakamura, A. / Suzuki, Y. / Sakamoto, Y. / Roppongi, S. / Kushibiki, C. / Yonezawa, N. / Takahashi, M. / Shida, Y. / Gouda, H. / Nonaka, T. / Tanaka, N. / Ogasawara, W.

履歴

登録	2020年11月23日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2021年11月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月29日	Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7dkc.cif.gz	317.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7dkc.ent.gz	244.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7dkc.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7dkc_validation.pdf.gz	466.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7dkc_full_validation.pdf.gz	477.6 KB	表示
XML形式データ	7dkc_validation.xml.gz	62.4 KB	表示
CIF形式データ	7dkc_validation.cif.gz	94.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dk/7dkc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dk/7dkc	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7dkbSC 7dkdC 7dkeC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7dkb-d 7dkd-d 7dke-d 1egv-d 3pvz-d 5ysh-2 3auj-d 4qeb-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#22 - 2001年10月光化学系I (Photosystem I) 類似性 (1) #142 - 2011年10月 PDBの先駆者たち (PDB Pioneers) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Dipeptidyl-peptidase

B: Dipeptidyl-peptidase

ヘテロ分子

157 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: light scattering

単位格子

Length a, b, c (Å)	67.850, 74.320, 153.320
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 94.150, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Dipeptidyl-peptidase 分子量: 78061.461 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Stenotrophomonas maltophilia (strain R551-3) (バクテリア) 株: R551-3 / 遺伝子: Smal_0807 / プラスミド: pET22b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 Gold(DE3) 参照: UniProt: B4SLK2, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; ジペプチジルペプチターゼ・トリペプチジルペプチターゼ
#2: 化合物	ChemComp-TYR / TYROSINE / チロシンタイプ: L-peptide linking / 分子量: 181.189 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₁₁NO₃
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1361 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.54 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.65 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 0.2M Amm Acetate, 20%w/v PEG 8000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 95 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 0.9 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2017年4月15日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.78→50.04 Å / Num. obs: 143943 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 4 % / B_iso Wilson estimate: 18.981 Å² / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.072 / R_pim(I) all: 0.047 / R_rim(I) all: 0.095 / Net I/σ(I): 11.5
反射シェル	解像度: 1.78→1.81 Å / 冗長度: 2.8 % / R_merge(I) obs: 0.872 / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Num. unique obs: 6357 / CC_1/2: 0.445 / R_pim(I) all: 0.629 / % possible all: 87.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
xia2	0.5.170	データ削減
XDS		データスケーリング
REFMAC	5.8.0267	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 7DKB

7dkb

解像度: 1.86→40.003 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.962 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.945 / SU B: 3.19 / SU ML: 0.093 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.132 / ESU R Free: 0.126 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2101	6217	4.874 %
R_work	0.1714	121344	-
all	0.173	-	-
obs	-	127561	99.777 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 27.797 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.629 Å²	0 Å²	0.213 Å²
2-	-	0.059 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.534 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.86→40.003 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10660	0	86	1361	12107

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.013	10972
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	10426
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.613	1.642	14862
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.426	1.585	23964
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.511	5	1394
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.491	22.914	556
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.639	15	1788
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.081	15	62
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.079	0.2	1378
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	12694
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	2550
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.213	0.2	2487
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.178	0.2	10101
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.171	0.2	5458
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.083	0.2	5172
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.161	0.2	1142
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.073	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.164	0.2	13
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.212	0.2	64
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.252	0.2	33
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.007	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.257	2.694	5588
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.255	2.694	5587
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.106	4.036	6978
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.106	4.036	6979
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.049	3.009	5384
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.048	3.009	5385
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.575	4.369	7884
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.575	4.37	7885
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.93	33.179	13220
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.768	32.637	12822

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.86-1.908	0.294	455	0.256	8805	0.258	9393	0.824	0.838	98.5841	0.231
1.908-1.96	0.261	481	0.224	8655	0.226	9140	0.877	0.89	99.9562	0.2
1.96-2.017	0.266	441	0.213	8472	0.216	8922	0.887	0.905	99.8991	0.187
2.017-2.079	0.234	427	0.199	8195	0.2	8631	0.913	0.921	99.8957	0.173
2.079-2.147	0.248	414	0.192	7976	0.195	8402	0.912	0.929	99.8572	0.167
2.147-2.222	0.218	363	0.173	7711	0.175	8082	0.936	0.945	99.901	0.148
2.222-2.306	0.225	363	0.171	7479	0.174	7850	0.93	0.946	99.8981	0.147
2.306-2.4	0.204	373	0.164	7225	0.166	7607	0.942	0.951	99.8817	0.141
2.4-2.506	0.241	357	0.172	6848	0.176	7213	0.929	0.945	99.8891	0.149
2.506-2.628	0.22	356	0.17	6546	0.173	6909	0.939	0.95	99.8987	0.149
2.628-2.769	0.236	323	0.171	6277	0.174	6607	0.929	0.948	99.8941	0.154
2.769-2.936	0.203	284	0.158	5958	0.16	6251	0.951	0.959	99.856	0.145
2.936-3.138	0.195	304	0.168	5565	0.17	5874	0.947	0.955	99.9149	0.16
3.138-3.387	0.207	219	0.166	5286	0.167	5505	0.947	0.961	100	0.164
3.387-3.708	0.209	238	0.168	4781	0.17	5025	0.949	0.961	99.8806	0.171
3.708-4.141	0.18	214	0.157	4375	0.158	4592	0.959	0.966	99.9347	0.166
4.141-4.773	0.16	231	0.144	3819	0.145	4057	0.97	0.974	99.8275	0.157
4.773-5.826	0.183	174	0.168	3282	0.169	3462	0.964	0.969	99.8267	0.181
5.826-8.153	0.21	131	0.162	2578	0.164	2718	0.964	0.969	99.6689	0.175
8.153-40.003	0.167	69	0.142	1511	0.143	1589	0.975	0.975	99.4336	0.168

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