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万見
- PDB-7dk8: Crystal structure of OsGH3-8 with AMP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7dk8
タイトルCrystal structure of OsGH3-8 with AMP
要素Probable indole-3-acetic acid-amido synthetase GH3.8
キーワードPLANT PROTEIN / acyl acid amido synthetases / auxin / active site
機能・相同性
機能・相同性情報


intracellular auxin homeostasis / indole-3-acetic acid amido synthetase activity / regulation of defense response to bacterium / auxin biosynthetic process / 合成酵素; C-N結合を形成; 酸-D-アミノ酸リガーゼ（ペプチド合成） / pollen development / AMP binding / defense response
類似検索 - 分子機能
GH3 family / GH3 family N-terminal domain
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE MONOPHOSPHATE / Indole-3-acetic acid-amido synthetase GH3.8
類似検索 - 構成要素
生物種Oryza sativa subsp. indica (イネ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.99 Å
データ登録者Zhang, Y.K. / Xu, G.L. / Ming, Z.H.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31700052 中国
引用ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2021
タイトル: Crystal structure of the acyl acid amido synthetase GH3-8 from Oryza sativa.
著者: Xu, G. / Zhang, Y. / Li, M. / Jiao, X. / Zhou, L. / Ming, Z.
履歴
登録2020年11月23日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年12月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年1月20日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Probable indole-3-acetic acid-amido synthetase GH3.8
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,6002
ポリマ－66,2531
非ポリマー3471
水3,297183
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area660 Å2
ΔGint-3 kcal/mol
Surface area22670 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)121.050, 121.050, 62.670
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number173
Space group name H-MP63

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要素

#1: タンパク質 Probable indole-3-acetic acid-amido synthetase GH3.8 / Auxin-responsive GH3-like protein 8 / OsGH3-8


分子量: 66252.508 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Oryza sativa subsp. indica (イネ) / 遺伝子: GH3.8, OsI_025789
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: A3BLS0, 合成酵素; C-N結合を形成; 酸-D-アミノ酸リガーゼ（ペプチド合成）
#2: 化合物 ChemComp-AMP / ADENOSINE MONOPHOSPHATE / AMP


分子量: 347.221 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14N5O7P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: AMP*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 183 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.52 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.08M Tris pH 8.0, 0.1M Tris-HCl (pH 8.5), 22.4% (w/v) PEG 4000, 0.02M Bis-Tris pH 6.5, 5% (w/v) PEG 3350, 0.2 Microliter 275.0mM 2,6-Dimethyl-4-heptyl-beta-D-maltopyranoside

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.979183 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年1月13日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979183 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.99→30.5203 Å / Num. obs: 35491 / % possible obs: 98.44 % / 冗長度: 19.8 % / Rmerge(I) obs: 0.02218 / Net I/σ(I): 20.3
反射 シェル解像度: 1.99→2.04 Å / Rmerge(I) obs: 0.3072 / Num. unique obs: 36047

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.15_3459精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
xia2データ削減
xia2データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4b2g

4b2g


解像度: 1.99→24.578 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 位相誤差: 26.76 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2556 1955 5.51 %
Rwork0.1968 33536 -
obs0.2 35491 98.44 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 89.62 Å2 / Biso mean: 47.5662 Å2 / Biso min: 26 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.99→24.578 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4375 0 35 183 4593
Biso mean--42.56 46.53 -
残基数----558
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.9902-2.03990.33671380.2703229796
2.0399-2.0950.32671380.2543234496
2.095-2.15670.30121350.2419234397
2.1567-2.22620.34511320.2422234197
2.2262-2.30570.26821390.2233238798
2.3057-2.3980.31671350.223236898
2.398-2.5070.28531340.2302238799
2.507-2.6390.30551420.2266238599
2.639-2.80420.28311350.2241241999
2.8042-3.02030.28231450.22962445100
3.0203-3.32360.24991410.21442424100
3.3236-3.8030.24351470.18682432100
3.803-4.78560.24291510.16222455100
4.7856-24.570.21251430.17462509100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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