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- PDB-7dic: Mycoplasma genitalium RNase R in complex with single-stranded RNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7dic
タイトルMycoplasma genitalium RNase R in complex with single-stranded RNA
要素
  • RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')
  • Ribonuclease R
キーワードHYDROLASE/RNA / RNA hydrolase / RNA 2'-O-methylation sensitive / HYDROLASE / HYDROLASE-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


exoribonuclease II / exoribonuclease II activity / miRNA catabolic process / mRNA catabolic process / P-body / 3'-5'-RNA exonuclease activity / RNA binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Ribonuclease R / Ribonuclease II/ribonuclease R / Ribonuclease II/R, conserved site / Ribonuclease II family signature. / Ribonuclease II/R / RNB domain / RNB / Cold shock domain / Cold shock protein domain / S1 domain profile. ...Ribonuclease R / Ribonuclease II/ribonuclease R / Ribonuclease II/R, conserved site / Ribonuclease II family signature. / Ribonuclease II/R / RNB domain / RNB / Cold shock domain / Cold shock protein domain / S1 domain profile. / Ribosomal protein S1-like RNA-binding domain / S1 RNA binding domain / S1 domain / Nucleic acid-binding, OB-fold
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / Ribonuclease R
類似検索 - 構成要素
生物種Mycoplasma genitalium G37 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.242 Å
データ登録者Abula, A. / Quan, X. / Li, X. / Yang, T. / Li, T. / Chen, Q. / Ji, X.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2021
タイトル: Molecular mechanism of RNase R substrate sensitivity for RNA ribose methylation.
著者: Abula, A. / Li, X. / Quan, X. / Yang, T. / Liu, Y. / Guo, H. / Li, T. / Ji, X.
履歴
登録2020年11月18日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年3月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年4月14日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22021年5月19日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32023年11月29日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ribonuclease R
C: RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,5383
ポリマ－88,5132
非ポリマー241
水2,306128
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3060 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area30680 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)68.258, 68.258, 354.687
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 Ribonuclease R / RNase R / VacB protein homolog


分子量: 85595.555 Da / 分子数: 1 / 変異: D284A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycoplasma genitalium G37 (バクテリア)
株: G-37 / 遺伝子: rnr, vacB, MG104 / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株 (発現宿主): K-12 / 参照: UniProt: P47350, exoribonuclease II
#2: RNA鎖 RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')


分子量: 2917.895 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Mycoplasma genitalium G37 (バクテリア)
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 128 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.27 %
結晶化温度: 295 K / 手法: マイクロバッチ法 / 詳細: 100 mM KCl, 100 mM HEPES (pH 6.8), 15% PEG 5000MME

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年3月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.24→50 Å / Num. obs: 41557 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 8.3 % / Rmerge(I) obs: 0.098 / Net I/σ(I): 18
反射 シェル解像度: 2.24→2.28 Å / Rmerge(I) obs: 2.473 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. unique obs: 2028

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.10_2148精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5XGU

5xgu


解像度: 2.242→48.266 Å / SU ML: 0.39 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 30.68 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2613 1998 4.83 %
Rwork0.2151 39386 -
obs0.2174 41384 99.14 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 184.27 Å2 / Biso mean: 70 Å2 / Biso min: 29.59 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.242→48.266 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5190 198 1 128 5517
Biso mean--49.47 59.21 -
残基数----655
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0125516
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.5327530
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.094879
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.011932
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.7553316
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.242-2.2980.4311360.4011264995
2.298-2.36020.41081360.3407271898
2.3602-2.42960.38581400.3199274399
2.4296-2.5080.35361390.2925273899
2.508-2.59770.32091390.2872273999
2.5977-2.70170.33061400.2675277899
2.7017-2.82460.29431430.27572804100
2.8246-2.97350.34761400.26132784100
2.9735-3.15980.28261420.25292787100
3.1598-3.40370.31171460.23652865100
3.4037-3.74610.2571430.21172831100
3.7461-4.28790.21951470.1852884100
4.2879-5.40110.22911480.15992938100
5.4011-48.2660.19431590.17533128100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.0474-0.08140.01240.1707-0.00010.1151-0.034-0.02870.17710.01650.1463-0.1038-0.0364-0.08050.10611.31980.03480.47830.18850.03860.582817.535637.1434-24.7329
20.2153-0.1140.12310.268-0.08350.069-0.13830.17990.0636-0.2474-0.0403-0.26850.04630.1264-0.30291.3749-0.1070.5714-0.05090.18840.561318.66126.5032-37.278
30.081-0.0648-0.05040.1360.06660.02470.04710.02170.1223-0.31-0.0515-0.3615-0.00790.0202-0.16071.24340.05980.4878-0.0161-0.00380.615813.274616.651-38.9762
40.18310.0653-0.08990.7785-0.37210.6567-0.10710.0963-0.1718-0.18610.05020.49770.2255-0.13510.04960.363-0.02310.03080.3468-0.0070.6081-18.879912.1547-13.4104
50.3357-0.2857-0.09590.478-0.01750.2518-0.0054-0.07090.0582-0.10230.01320.157-0.1133-0.13960.00020.49520.0475-0.03090.3327-0.00790.4044-11.769231.2212-14.5133
60.4610.0346-0.13180.3869-0.08440.11960.1503-0.14880.2113-0.4524-0.0761-0.4202-0.0913-0.12490.18011.01720.22560.18020.15950.17920.2655-3.15637.009-34.1953
70.22590.0637-0.11250.26820.10190.1287-0.15020.24790.0626-0.1075-0.39680.025-0.13620.2085-0.08150.83390.0414-0.11050.54890.20790.5838-8.252130.2676-23.0268
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 80 through 126 )A80 - 126
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 127 through 185 )A127 - 185
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 186 through 234 )A186 - 234
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 235 through 427 )A235 - 427
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 428 through 598 )A428 - 598
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 599 through 725 )A599 - 725
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'C' and (resid 1 through 9 )C1 - 9

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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