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万見
- PDB-7dht: Solution structure of ATG8f of Arabidopsis thaliana -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7dht
タイトルSolution structure of ATG8f of Arabidopsis thaliana
要素Autophagy-related protein 8f
キーワードENDOCYTOSIS / Autophagy / NMR1 / SH3P2
機能・相同性
機能・相同性情報


autophagosome membrane / autophagosome / autophagy / protein transport / cytoplasmic vesicle / microtubule
類似検索 - 分子機能
Autophagy protein Atg8 ubiquitin-like / Autophagy protein Atg8 ubiquitin like / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1 / Ubiquitin-like (UB roll) / Ubiquitin-like domain superfamily / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Autophagy-related protein 8f
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法溶液NMR / DGSA-distance geometry simulated annealing
データ登録者Lee, K.M. / Sun, S.L. / Wong, K.B.
資金援助 香港, 1件
組織認可番号国
The University Grants Committee, Research Grants Council (RGC)2130589 香港
引用ジャーナル: Autophagy / 年: 2022
タイトル: Mechanistic insights into an atypical interaction between ATG8 and SH3P2 in Arabidopsis thaliana.
著者: Sun, S. / Feng, L. / Chung, K.P. / Lee, K.M. / Cheung, H.H. / Luo, M. / Ren, K. / Law, K.C. / Jiang, L. / Wong, K.B. / Zhuang, X.
履歴
登録2020年11月17日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年12月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年6月1日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.22022年6月29日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.32023年6月14日Group: Other / カテゴリ: pdbx_database_status / Item: _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.42024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Autophagy-related protein 8f


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,7841
ポリマ－13,7841
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 9999structures with the least restraint violations
代表モデルモデル #1closest to the average

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要素

#1: タンパク質 Autophagy-related protein 8f / Autophagy-related ubiquitin-like modifier ATG8f / Protein autophagy 8f


分子量: 13783.843 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: ATG8F, APG8F / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株 (発現宿主): K-12 / 参照: UniProt: Q8VYK7

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic12D 1H-15N HSQC
121isotropic13D 1H-15N NOESY
132isotropic13D 1H-13C NOESY aliphatic
142isotropic13D 1H-13C NOESY aromatic
152isotropic14D HSQC-NOESY-HSQC
162isotropic13D HN(CA)CB
192isotropic13D CBCA(CO)NH
172isotropic13D HNCA
182isotropic13D HN(CO)CA
1102isotropic13D HNCO
1112isotropic13D HN(CA)CO

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容Label溶媒系
solution10.3 mM [U-15N] ATG8f, 90% H2O/10% D2O15N_atg8f90% H2O/10% D2O
solution20.3 mM [U-13C; U-15N] ATG8f, 90% H2O/10% D2O15N13C_atg8f90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.3 mMATG8f[U-15N]1
0.3 mMATG8f[U-13C; U-15N]2
試料状態
Conditions-IDイオン強度LabelpH圧 (kPa)温度 (K)
11X PBS Not defined1X PBS, 5mM DTT, pH 7.47.41 atm298 K
21X PBS Not defined1X PBS, 5mM DTT, pH 7.47.41 atm298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AVANCE / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 700 MHz

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解析

NMR software
名称開発者分類
NMRViewJohnson, One Moon Scientificpeak picking
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
TopSpinBruker Biospincollection
CNSBrunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read精密化
ARIALinge, O'Donoghue and Nilgesstructure calculation
精密化手法: DGSA-distance geometry simulated annealing / ソフトェア番号: 4
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations
計算したコンフォーマーの数: 9999 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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