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- PDB-7dhg: Crystal structure of SARS-CoV-2 Orf9b complex with human TOM70 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7dhg
タイトルCrystal structure of SARS-CoV-2 Orf9b complex with human TOM70
要素
  • Mitochondrial import receptor subunit TOM70
  • ORF9b protein
キーワードIMMUNE SYSTEM / HSP90 / orf9b
機能・相同性
機能・相同性情報


Translation of Accessory Proteins / outer mitochondrial membrane protein complex / TOM complex / mitochondrion targeting sequence binding / mitochondrial outer membrane translocase complex / negative regulation of defense response to virus / protein import into mitochondrial matrix / negative regulation of cell growth involved in cardiac muscle cell development / positive regulation of autophagosome assembly / protein insertion into mitochondrial inner membrane ...Translation of Accessory Proteins / outer mitochondrial membrane protein complex / TOM complex / mitochondrion targeting sequence binding / mitochondrial outer membrane translocase complex / negative regulation of defense response to virus / protein import into mitochondrial matrix / negative regulation of cell growth involved in cardiac muscle cell development / positive regulation of autophagosome assembly / protein insertion into mitochondrial inner membrane / response to thyroxine / Mitochondrial protein import / protein targeting to mitochondrion / positive regulation of protein targeting to mitochondrion / protein insertion into mitochondrial outer membrane / host cell mitochondrion / negative regulation of mitochondrial fission / protein transmembrane transporter activity / positive regulation of defense response to virus by host / protein sequestering activity / PINK1-PRKN Mediated Mitophagy / activation of innate immune response / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / positive regulation of interferon-beta production / mitochondrial membrane / DDX58/IFIH1-mediated induction of interferon-alpha/beta / cellular response to virus / SARS-CoV-1 activates/modulates innate immune responses / regulation of apoptotic process / mitochondrial outer membrane / molecular adaptor activity / Ub-specific processing proteases / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / virus-mediated perturbation of host defense response / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / mitochondrion / extracellular exosome / identical protein binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Protein 9b, Betacoronavirus / Protein 9b, SARS-CoV / Betacoronavirus lipid binding protein / Sarbecovirus 9b domain profile. / Tetratricopeptide repeat 1 / Tetratricopeptide repeat / Tetratricopeptide repeat / TPR repeat region circular profile. / TPR repeat profile. / Tetratricopeptide repeats ...Protein 9b, Betacoronavirus / Protein 9b, SARS-CoV / Betacoronavirus lipid binding protein / Sarbecovirus 9b domain profile. / Tetratricopeptide repeat 1 / Tetratricopeptide repeat / Tetratricopeptide repeat / TPR repeat region circular profile. / TPR repeat profile. / Tetratricopeptide repeats / Tetratricopeptide repeat / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Mitochondrial import receptor subunit TOM70 / ORF9b protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Gao, X. / Zhu, K. / Qin, B. / Olieric, V. / Wang, M. / Cui, S.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021
タイトル: Crystal structure of SARS-CoV-2 Orf9b in complex with human TOM70 suggests unusual virus-host interactions.
著者: Gao, X. / Zhu, K. / Qin, B. / Olieric, V. / Wang, M. / Cui, S.
履歴
登録2020年11月14日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年5月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年5月19日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: audit_author / citation / struct / Item: _citation.title / _struct.title
改定 1.22021年6月2日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.32023年11月29日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: Mitochondrial import receptor subunit TOM70
B: ORF9b protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,3542
ポリマ－78,3542
非ポリマー00
水1,09961
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: homology
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4000 Å2
ΔGint-34 kcal/mol
Surface area23010 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)54.655, 79.438, 124.027
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Mitochondrial import receptor subunit TOM70 / Mitochondrial precursor proteins import receptor / Translocase of outer membrane 70 kDa subunit / ...Mitochondrial precursor proteins import receptor / Translocase of outer membrane 70 kDa subunit / Translocase of outer mitochondrial membrane protein 70


分子量: 67545.742 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TOMM70, KIAA0719, TOM70, TOMM70A / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: O94826
#2: タンパク質 ORF9b protein / ORF9b / Accessory protein 9b / ORF-9b / Protein 9b


分子量: 10808.636 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
遺伝子: 9b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P0DTD2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 61 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 28.41 %
結晶化温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: 0.1m Bis-tris ph5.5,21%PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.9785 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年11月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9785 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→66.89 Å / Num. obs: 51880 / % possible obs: 98.1 % / 冗長度: 5.78 % / Rmerge(I) obs: 0.099 / Net I/σ(I): 10.33
反射 シェル解像度: 2.2→2.33 Å / 冗長度: 2.99 % / Rmerge(I) obs: 1.35 / Mean I/σ(I) obs: 0.71 / Num. unique obs: 7594 / % possible all: 88.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.17.1_3660: ???)精密化
XDSデータスケーリング
PDB_EXTRACTデータ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7kdt

7kdt


解像度: 2.2→50.01 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 29.75 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2668 2552 4.94 %
Rwork0.2241 --
obs0.2263 51681 97.72 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→50.01 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4018 0 0 61 4079
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0024079
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.4445482
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.1321569
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.033601
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.002714
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2-2.240.37081140.34552205X-RAY DIFFRACTION79
2.24-2.290.37611180.32842495X-RAY DIFFRACTION88
2.29-2.340.3428990.32452701X-RAY DIFFRACTION95
2.34-2.390.30851640.3092725X-RAY DIFFRACTION99
2.39-2.450.36351340.29012796X-RAY DIFFRACTION100
2.45-2.520.31031360.28572785X-RAY DIFFRACTION100
2.52-2.590.29381870.27172767X-RAY DIFFRACTION100
2.59-2.680.28471290.26612807X-RAY DIFFRACTION100
2.68-2.770.34931370.27272790X-RAY DIFFRACTION100
2.77-2.880.28661300.25392823X-RAY DIFFRACTION100
2.88-3.020.29791560.25512802X-RAY DIFFRACTION100
3.02-3.170.35731280.25942778X-RAY DIFFRACTION100
3.17-3.370.28541320.26162823X-RAY DIFFRACTION100
3.37-3.630.29761320.23652785X-RAY DIFFRACTION100
3.63-40.22712180.20482738X-RAY DIFFRACTION100
4-4.580.20051620.17652772X-RAY DIFFRACTION100
4.58-5.760.28521350.19852788X-RAY DIFFRACTION100
5.77-50.010.23171410.17242749X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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