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- PDB-7dhe: Vibrio vulnificus Wzb in complex with benzylphosphonate -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7dhe
タイトルVibrio vulnificus Wzb in complex with benzylphosphonate
要素Protein-tyrosine-phosphatase
キーワードHYDROLASE / Vibrio / Wzb / low molecular weight protein tyrosine phosphatase (LMWPTP) / capsular polysaccharide
機能・相同性
機能・相同性情報


protein-tyrosine-phosphatase / protein tyrosine phosphatase activity
類似検索 - 分子機能
: / Protein-tyrosine phosphatase, low molecular weight / Phosphotyrosine protein phosphatase I / Phosphotyrosine protein phosphatase I superfamily / Low molecular weight phosphotyrosine protein phosphatase / Low molecular weight phosphatase family
類似検索 - ドメイン・相同性
benzylphosphonic acid / protein-tyrosine-phosphatase
類似検索 - 構成要素
生物種Vibrio vulnificus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.79 Å
データ登録者Ma, Q. / Wang, X.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
Chinese Academy of Sciences100 talent program 中国
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2021
タイトル: Wzb of Vibrio vulnificus represents a new group of low-molecular-weight protein tyrosine phosphatases with a unique insertion in the W-loop.
著者: Wang, X. / Ma, Q.
履歴
登録2020年11月14日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年1月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年2月3日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.page_first / _citation.page_last ..._citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22021年7月21日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.title
改定 1.32023年11月29日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年10月9日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein-tyrosine-phosphatase
B: Protein-tyrosine-phosphatase
C: Protein-tyrosine-phosphatase
D: Protein-tyrosine-phosphatase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,9488
ポリマ－65,2604
非ポリマー6884
水00
1
A: Protein-tyrosine-phosphatase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,4872
ポリマ－16,3151
非ポリマー1721
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Protein-tyrosine-phosphatase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,4872
ポリマ－16,3151
非ポリマー1721
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Protein-tyrosine-phosphatase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,4872
ポリマ－16,3151
非ポリマー1721
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Protein-tyrosine-phosphatase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,4872
ポリマ－16,3151
非ポリマー1721
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)44.110, 51.010, 68.590
Angle α, β, γ (deg.)101.850, 95.560, 103.790
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

#1: タンパク質
Protein-tyrosine-phosphatase


分子量: 16314.879 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vibrio vulnificus (バクテリア) / 遺伝子: wzb / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): C43 / 参照: UniProt: E5F0S0, protein-tyrosine-phosphatase
#2: 化合物
ChemComp-B85 / benzylphosphonic acid


分子量: 172.118 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H9O3P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.62 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: Complex crystals were grown in drops containing 1.5 ul of protein solution (14 mg/ml protein in the buffer 10 mM HEPES, 30 mM benzylphophonate, 150 mM NaCl, 1 mM DTT, pH 7.5) and 1.5 ul of ...詳細: Complex crystals were grown in drops containing 1.5 ul of protein solution (14 mg/ml protein in the buffer 10 mM HEPES, 30 mM benzylphophonate, 150 mM NaCl, 1 mM DTT, pH 7.5) and 1.5 ul of reservoir solution (100 mM HEPES pH 7.0, 25% (w/v) PEG3350).

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.9788 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年11月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9788 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.785→48.14 Å / Num. obs: 13744 / % possible obs: 97.9 % / 冗長度: 3.6 % / CC1/2: 0.999 / Rpim(I) all: 0.029 / Rrim(I) all: 0.055 / Rsym value: 0.047 / Net I/σ(I): 16.4
反射 シェル解像度: 2.785→2.833 Å / 冗長度: 3.6 % / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique obs: 689 / CC1/2: 0.811 / Rpim(I) all: 0.345 / Rrim(I) all: 0.666 / Rsym value: 0.568 / % possible all: 97.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.2精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSJan 31, 2020 (BUILT 20200417)データ削減
Aimless0.5.29データスケーリング
PHASER2.7.17位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2WMY

2wmy


解像度: 2.79→48.14 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.935 / Rfactor Rfree error: 0 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU Rfree Blow DPI: 0.347
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.226 690 5.05 %RANDOM
Rwork0.186 ---
obs0.188 13670 97.9 %-
原子変位パラメータBiso max: 192.39 Å2 / Biso mean: 91.92 Å2 / Biso min: 48.82 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--10.3689 Å2-5.244 Å22.7227 Å2
2--3.3881 Å29.8264 Å2
3---6.9808 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.34 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.79→48.14 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4500 0 44 0 4544
Biso mean--106.28 --
残基数----585
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1648SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes132HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes673HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it4618HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion609SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact5444SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d4618HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg6238HARMONIC21.12
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.83
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion22.08
LS精密化 シェル解像度: 2.79→3.01 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 7
Rfactor反射数%反射
Rfree0.275 126 4.45 %
Rwork0.244 2707 -
all0.245 2833 -
obs--98.2 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.7503-2.31440.84494.90081.23484.15010.0983-0.31540.23990.3980.0304-0.00010.09440.0176-0.1287-0.23930.00880.1008-0.1050.0301-0.148248.99494.8218-10.5047
28.8563-1.85120.81724.8328-0.41776.70570.71971.81190.5137-0.5176-0.62210.39390.30980.6208-0.0976-0.31850.2777-0.04560.16370.0342-0.257429.65198.898-38.2899
35.9346-3.3473-1.34958.36041.10933.5091-0.8863-0.8729-0.12341.06850.5137-0.6806-0.22470.05930.3727-0.03780.2663-0.1786-0.0448-0.066-0.194627.88920.65847.0857
45.8483-4.6756-1.53846.29831.32323.3020.27080.40260.382-0.6909-0.1768-0.42060.1559-0.3607-0.0939-0.2083-0.00570.0026-0.22640.0446-0.077915.887832.3129-22.7047
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|1 - A|146 }A1 - 146
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|0 - B|146 }B0 - 146
3X-RAY DIFFRACTION3{ C|1 - C|146 }C1 - 146
4X-RAY DIFFRACTION4{ D|1 - D|146 }D1 - 146

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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