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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7dhe | ||||||
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タイトル | Vibrio vulnificus Wzb in complex with benzylphosphonate | ||||||
![]() | Protein-tyrosine-phosphatase | ||||||
![]() | HYDROLASE / Vibrio / Wzb / low molecular weight protein tyrosine phosphatase (LMWPTP) / capsular polysaccharide | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Ma, Q. / Wang, X. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Wzb of Vibrio vulnificus represents a new group of low-molecular-weight protein tyrosine phosphatases with a unique insertion in the W-loop. 著者: Wang, X. / Ma, Q. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 241.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 195.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 16314.879 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-B85 / 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.62 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: Complex crystals were grown in drops containing 1.5 ul of protein solution (14 mg/ml protein in the buffer 10 mM HEPES, 30 mM benzylphophonate, 150 mM NaCl, 1 mM DTT, pH 7.5) and 1.5 ul of ...詳細: Complex crystals were grown in drops containing 1.5 ul of protein solution (14 mg/ml protein in the buffer 10 mM HEPES, 30 mM benzylphophonate, 150 mM NaCl, 1 mM DTT, pH 7.5) and 1.5 ul of reservoir solution (100 mM HEPES pH 7.0, 25% (w/v) PEG3350). |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年11月11日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9788 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.785→48.14 Å / Num. obs: 13744 / % possible obs: 97.9 % / 冗長度: 3.6 % / CC1/2: 0.999 / Rpim(I) all: 0.029 / Rrim(I) all: 0.055 / Rsym value: 0.047 / Net I/σ(I): 16.4 |
反射 シェル | 解像度: 2.785→2.833 Å / 冗長度: 3.6 % / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique obs: 689 / CC1/2: 0.811 / Rpim(I) all: 0.345 / Rrim(I) all: 0.666 / Rsym value: 0.568 / % possible all: 97.9 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 2WMY 解像度: 2.79→48.14 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.935 / Rfactor Rfree error: 0 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU Rfree Blow DPI: 0.347
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原子変位パラメータ | Biso max: 192.39 Å2 / Biso mean: 91.92 Å2 / Biso min: 48.82 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.34 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.79→48.14 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.79→3.01 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 7
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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