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万見
- PDB-7dh4: Double mutant- V493I-V507M coiled coil domain of Trypanosoma bruc... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7dh4
タイトルDouble mutant- V493I-V507M coiled coil domain of Trypanosoma brucei coronin
要素Coronin
キーワードCONTRACTILE PROTEIN / Coroni Coiled coli domain / Actin binding cytoskeleton protein / structural protein forming complex
機能・相同性
機能・相同性情報


ciliary pocket / kinesin binding / microtubule-based process / ciliary basal body / actin filament organization / microtubule cytoskeleton organization / actin filament binding / actin binding / microtubule binding / ribosome / cell surface
類似検索 - 分子機能
Domain of unknown function DUF1899 / Coronin / Domain of unknown function (DUF1899) / Type of WD40 repeat / DUF1899 / DUF1900 / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. ...Domain of unknown function DUF1899 / Coronin / Domain of unknown function (DUF1899) / Type of WD40 repeat / DUF1899 / DUF1900 / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD domain, G-beta repeat / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Trypanosoma brucei (トリパノソーマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.41 Å
データ登録者Parihar, P.S. / Pratap, J.V.
引用ジャーナル: Curr Res Struct Biol / 年: 2021
タイトル: Structural insights into kinetoplastid coronin oligomerization domain and F-actin interaction
著者: Parihar, P.S. / Singh, A. / Karade, S.S. / Sahasrabuddhe, A.A. / Pratap, J.V.
履歴
登録2020年11月12日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年11月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Coronin
B: Coronin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,5532
ポリマ－11,5532
非ポリマー00
水724
1
A: Coronin
B: Coronin

A: Coronin
B: Coronin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,1074
ポリマ－23,1074
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_555-x,y,-z1
Buried area9150 Å2
ΔGint-87 kcal/mol
Surface area10240 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)91.230, 91.230, 83.070
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number97
Space group name H-MI422

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Coronin


分子量: 5776.709 Da / 分子数: 2 / 断片: coiled coil domain / 変異: V493I,V507M / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Trypanosoma brucei (トリパノソーマ)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q57W63
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.87 %
結晶化温度: 300 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 3 M NaCl and HEPESE 7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 200 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 11.2C / 波長: 0.987 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年6月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.987 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.41→45.61 Å / Num. obs: 6754 / % possible obs: 95.1 % / 冗長度: 2 % / CC1/2: 1 / Net I/σ(I): 6.57
反射 シェル解像度: 2.41→2.496 Å / Num. unique obs: 681 / CC1/2: 0.996

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.13_2998: ???)精密化
DENZOデータ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7DGX

7dgx


解像度: 2.41→36.62 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.265 297 4.42 %
Rwork0.237 --
obs0.238 6712 95.1 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.41→36.62 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数748 0 0 4 752
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.002753
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.4081008
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d8.541475
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.025122
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.001128
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4101-3.03630.34781270.29173162X-RAY DIFFRACTION95
3.0363-36.620.24821700.22253253X-RAY DIFFRACTION95
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.3237-0.862-2.02740.61240.44872.4406-0.28070.43520.0937-0.12190.05-0.05090.2168-0.08790.17140.60990.0465-0.00530.40840.07450.43620.756526.101-5.0114
28.1354-1.3211-4.9856-0.01830.98044.351-0.1535-0.00740.1875-0.1230.06410.06560.0997-0.08450.02720.6120.02090.01670.39040.02130.5565-4.43333.7942-2.5965
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN 'A' AND (RESID 475 THROUGH 523 )
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN 'B' AND (RESID 477 THROUGH 524 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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