ソフトウェア | 名称 | バージョン | 分類 |
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PHENIX | 1.17.1_3660精密化 | PDB_EXTRACT | 3.25 | データ抽出 | Coot | | モデル構築 | XDS | | データスケーリング | |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 6gz6 解像度: 1.69→76.99 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 29.48 / 立体化学のターゲット値: ML
| Rfactor | 反射数 | %反射 |
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Rfree | 0.2587 | 437 | 4.86 % |
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Rwork | 0.201 | 8557 | - |
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obs | 0.2039 | 8994 | 57.71 % |
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL |
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原子変位パラメータ | Biso max: 115.53 Å2 / Biso mean: 21.7197 Å2 / Biso min: 0.7 Å2 |
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.69→76.99 Å
| タンパク質 | 核酸 | リガンド | 溶媒 | 全体 |
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原子数 | 0 | 1098 | 29 | 80 | 1207 |
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Biso mean | - | - | 27 | 16.39 | - |
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残基数 | - | - | - | - | 52 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 3 解像度 (Å) | Rfactor Rfree | Num. reflection Rfree | Rfactor Rwork | Num. reflection Rwork | Num. reflection all | % reflection obs (%) |
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1.69-1.93 | 0.3988 | 21 | 0.2968 | 582 | 603 | 12 | 1.94-2.44 | 0.3077 | 142 | 0.2415 | 2985 | 3127 | 61 | 2.44-76.99 | 0.2405 | 274 | 0.182 | 4990 | 5264 | 100 |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION ID | L11 (°2) | L12 (°2) | L13 (°2) | L22 (°2) | L23 (°2) | L33 (°2) | S11 (Å °) | S12 (Å °) | S13 (Å °) | S21 (Å °) | S22 (Å °) | S23 (Å °) | S31 (Å °) | S32 (Å °) | S33 (Å °) | T11 (Å2) | T12 (Å2) | T13 (Å2) | T22 (Å2) | T23 (Å2) | T33 (Å2) | Origin x (Å) | Origin y (Å) | Origin z (Å) |
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1 | 0.7367 | -0.0794 | 0.0536 | 0.7307 | 0.0878 | 0.4873 | -0.0009 | -0.1394 | 0.1647 | 0.0208 | -0.0306 | -0.016 | -0.0369 | -0.0216 | 0.0186 | 0.0571 | 0.0029 | 0.0161 | 0.038 | -0.0171 | 0.0686 | 2.9459 | -7.616 | 8.6295 | 2 | 0.7887 | 0.1986 | 0.6792 | 1.2534 | 0.2249 | 1.4526 | 0.1498 | -0.6329 | -0.1942 | 0.6692 | 0.0215 | -0.1377 | 0.2303 | 0.1827 | -0.1008 | 0.3075 | -0.0098 | -0.0461 | 0.4094 | 0.0445 | 0.1433 | 15.8751 | -16.6183 | 25.9104 |
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精密化 TLSグループ | ID | Refine-ID | Refine TLS-ID | Selection details | Auth asym-ID | Auth seq-ID |
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1 | X-RAY DIFFRACTION | 1 | (chain A and resseq 1:26)A1 - 26 | 2 | X-RAY DIFFRACTION | 2 | (chain B and resseq 1:26)B1 - 26 | | | | |
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