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万見
- PDB-7dfb: Crystal of Arrestin2-V2Rpp-6-7-Fab30 complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7dfb
タイトルCrystal of Arrestin2-V2Rpp-6-7-Fab30 complex
要素
  • Beta-arrestin-1
  • FAB30 HEAVY CHAIN
  • FAB30 LIGHT CHAIN
  • V2Rpp-6-7
キーワードSIGNALING PROTEIN / Arrestin / G-protein-coupled receptor / Phosphopeptide / Antibody fragment
機能・相同性
機能・相同性情報


TGFBR3 regulates TGF-beta signaling / MAP2K and MAPK activation / Activation of SMO / Golgi Associated Vesicle Biogenesis / Lysosome Vesicle Biogenesis / AP-2 adaptor complex binding / Ub-specific processing proteases / clathrin coat of coated pit / clathrin heavy chain binding / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis ...TGFBR3 regulates TGF-beta signaling / MAP2K and MAPK activation / Activation of SMO / Golgi Associated Vesicle Biogenesis / Lysosome Vesicle Biogenesis / AP-2 adaptor complex binding / Ub-specific processing proteases / clathrin coat of coated pit / clathrin heavy chain binding / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / desensitization of G protein-coupled receptor signaling pathway / Clathrin-mediated endocytosis / clathrin-dependent endocytosis / G protein-coupled receptor internalization / acetylcholine receptor binding / inositol hexakisphosphate binding / Thrombin signalling through proteinase activated receptors (PARs) / G alpha (s) signalling events / clathrin binding / small molecule binding / pseudopodium / phosphatidylinositol-3,4,5-trisphosphate binding / positive regulation of receptor internalization / negative regulation of Notch signaling pathway / G protein-coupled receptor binding / receptor internalization / protein transport / positive regulation of protein phosphorylation / ubiquitin-dependent protein catabolic process / cytoplasmic vesicle / molecular adaptor activity / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / signal transduction / nucleus / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Arrestin, conserved site / Arrestins signature. / Arrestin / Arrestin, N-terminal / Arrestin-like, N-terminal / Arrestin C-terminal-like domain / Arrestin (or S-antigen), N-terminal domain / Arrestin (or S-antigen), C-terminal domain / Arrestin (or S-antigen), C-terminal domain / Arrestin-like, C-terminal ...Arrestin, conserved site / Arrestins signature. / Arrestin / Arrestin, N-terminal / Arrestin-like, N-terminal / Arrestin C-terminal-like domain / Arrestin (or S-antigen), N-terminal domain / Arrestin (or S-antigen), C-terminal domain / Arrestin (or S-antigen), C-terminal domain / Arrestin-like, C-terminal / Immunoglobulin E-set / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Bos taurus (ウシ)
Mus musculus (ハツカネズミ)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.28 Å
データ登録者Sun, J.P. / Yu, X. / Xiao, P. / He, Q.T. / Lin, J.Y. / Zhu, Z.L.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
Ministry of Science and Technology (MoST, China) 中国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021
タイトル: Structural studies of phosphorylation-dependent interactions between the V2R receptor and arrestin-2.
著者: He, Q.T. / Xiao, P. / Huang, S.M. / Jia, Y.L. / Zhu, Z.L. / Lin, J.Y. / Yang, F. / Tao, X.N. / Zhao, R.J. / Gao, F.Y. / Niu, X.G. / Xiao, K.H. / Wang, J. / Jin, C. / Sun, J.P. / Yu, X.
履歴
登録2020年11月6日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年7月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-arrestin-1
V: V2Rpp-6-7
L: FAB30 LIGHT CHAIN
H: FAB30 HEAVY CHAIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)102,7704
ポリマ－102,7704
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)115.480, 116.881, 143.897
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number24
Space group name H-MI212121
Space group name HallI2b2c
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x,-y,-z+1/2
#3: -x+1/2,y,-z
#4: -x,-y+1/2,z
#5: x+1/2,y+1/2,z+1/2
#6: x+1/2,-y+1/2,-z+1
#7: -x+1,y+1/2,-z+1/2
#8: -x+1/2,-y+1,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 Beta-arrestin-1 / Arrestin beta-1 / Arrestin-2


分子量: 48272.832 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 遺伝子: ARRB1
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: P17870
#2: タンパク質・ペプチド V2Rpp-6-7


分子量: 2916.511 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: 抗体 FAB30 LIGHT CHAIN


分子量: 24751.596 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ)
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
#4: 抗体 FAB30 HEAVY CHAIN


分子量: 26828.885 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ)
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.12 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸発脱水法
詳細: 0% PEG 3350, 0.1M Succinic acid, pH 6.5-7.5, 0.2mM DMSO

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17B1 / 波長: 0.9776 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年11月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9776 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.28→45.36 Å / Num. obs: 30318 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 6.5 % / Biso Wilson estimate: 111.16 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.094 / Rpim(I) all: 0.04 / Net I/σ(I): 14
反射 シェル解像度: 3.28→3.54 Å / Rmerge(I) obs: 0.929 / Num. unique obs: 3074 / CC1/2: 0.891 / Rpim(I) all: 0.376

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14_3260精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4JQI

4jqi


解像度: 3.28→45.36 Å / SU ML: 0.6236 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.25 / 位相誤差: 36.8775 / 立体化学のターゲット値: CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2905 1416 4.99 %
Rwork0.2314 26966 -
obs0.2344 28382 98.52 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 113.16 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.28→45.36 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5913 0 0 0 5913
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00966044
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.25468257
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0631964
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00771052
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.68342134
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.28-3.40.47631530.4042668X-RAY DIFFRACTION97.65
3.4-3.540.40541580.32722680X-RAY DIFFRACTION98.58
3.54-3.70.36611240.30642710X-RAY DIFFRACTION98.64
3.7-3.890.3541530.2962737X-RAY DIFFRACTION99.07
3.89-4.130.39881430.26152650X-RAY DIFFRACTION98.55
4.13-4.450.28351230.22042715X-RAY DIFFRACTION98.3
4.45-4.90.23221050.20222723X-RAY DIFFRACTION98.61
4.9-5.610.23491820.20532701X-RAY DIFFRACTION99.48
5.61-7.060.3141300.24492717X-RAY DIFFRACTION99.1
7.06-45.360.24351450.18172665X-RAY DIFFRACTION97.27

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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