+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7df7 | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Crystal structure of human V-1 in the apo form | ||||||||||||
![]() | Myotrophin | ||||||||||||
![]() | CYTOSOLIC PROTEIN / actin dynamics / ankyrin repeat protein / actin capping protein | ||||||||||||
機能・相同性 | ![]() positive regulation of macromolecule biosynthetic process / regulation of barbed-end actin filament capping / cerebellar granule cell differentiation / regulation of striated muscle tissue development / BRCA1-BARD1 complex / F-actin capping protein complex / BRCA1-A complex / skeletal muscle tissue regeneration / catecholamine metabolic process / protein K6-linked ubiquitination ...positive regulation of macromolecule biosynthetic process / regulation of barbed-end actin filament capping / cerebellar granule cell differentiation / regulation of striated muscle tissue development / BRCA1-BARD1 complex / F-actin capping protein complex / BRCA1-A complex / skeletal muscle tissue regeneration / catecholamine metabolic process / protein K6-linked ubiquitination / regulation of cell size / positive regulation of cardiac muscle hypertrophy / striated muscle cell differentiation / positive regulation of protein metabolic process / neuron differentiation / cellular response to mechanical stimulus / ubiquitin-protein transferase activity / regulation of translation / positive regulation of NF-kappaB transcription factor activity / positive regulation of cell growth / sequence-specific DNA binding / axon / perinuclear region of cytoplasm / nucleus / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | ![]() | ||||||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||
![]() | Takeda, S. / Nagae, T. | ||||||||||||
資金援助 | ![]()
| ||||||||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of human V-1 in the apo form. 著者: Takeda, S. / Koike, R. / Nagae, T. / Fujiwara, I. / Narita, A. / Maeda, Y. / Ota, M. | ||||||||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 63 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 40.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 433.2 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 433.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 10.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 12.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 3aaaS S: 精密化の開始モデル |
---|---|
類似構造データ |
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 | ![]()
| ||||||||||||
2 | ![]()
| ||||||||||||
単位格子 |
|
-
要素
#1: タンパク質 | 分子量: 13324.238 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.66 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.2 mM ammonium acetate, 20% PEG 3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年12月7日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.3→46.386 Å / Num. obs: 10568 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 12.82 % / Biso Wilson estimate: 61.551 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.071 / Rrim(I) all: 0.074 / Χ2: 0.881 / Net I/σ(I): 21.83 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
|
-
解析
ソフトウェア |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 3aaa 解像度: 2.3→46.24 Å / SU ML: 0.2126 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 30.4608 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 60.55 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.3→46.24 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル |
|