+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7ded | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Mevo lectin complex with mannoheptose (Man7) | ||||||
要素 | lectinレクチン | ||||||
キーワード | SUGAR BINDING PROTEIN / beta-prism I fold / Mevo lectin / heptamer / ring shape structure | ||||||
機能・相同性 | Jacalin-like lectin domain superfamily / alpha-D-mannopyranose / Jacalin-type lectin domain-containing protein 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Methanococcus voltae (古細菌) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.228 Å | ||||||
データ登録者 | Sivaji, N. / Surolia, A. / Vijayan, M. | ||||||
資金援助 | インド, 1件
| ||||||
引用 | ジャーナル: Glycobiology / 年: 2021 タイトル: Mevo lectin specificity toward high-mannose structures with terminal alpha Man(1,2) alpha Man residues and its implication to inhibition of the entry of Mycobacterium tuberculosis into macrophages. 著者: Sivaji, N. / Harish, N. / Singh, S. / Singh, A. / Vijayan, M. / Surolia, A. #1: ジャーナル: Glycobiology / 年: 2020 タイトル: Structural and related studies on Mevo lectin from Methanococcus voltae A3. The first thorough characterisation of an archeal lectin and its interactions. 著者: Sivaji, N. / Suguna, K. / Surolia, A. / Vijayan, M. #2: ジャーナル: Proteins / 年: 2016 タイトル: Archeal lectins: An identification through a genomic search. 著者: Abhinav, K.V. / Samuel, E. / Vijayan, M. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7ded.cif.gz | 199.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb7ded.ent.gz | 161.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7ded.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/de/7ded ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/de/7ded | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
関連構造データ | 7bsbS S: 精密化の開始モデル |
---|---|
類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 15210.124 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Methanococcus voltae (strain ATCC BAA-1334 / A3) (古細菌) 株: ATCC BAA-1334 / A3 / 遺伝子: Mvol_0737 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: D7DTD6 #2: 多糖 | #3: 糖 | ChemComp-MAN / | #4: 化合物 | ChemComp-EDO / #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.5 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 295 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 6 詳細: Tacsimate pH 6.0, 0.1 M MES monohydrate pH 6.0, 25 % (w/v) PEG 4000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: BRUKER AXS MICROSTAR / 波長: 1.54 Å |
検出器 | タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2020年4月14日 |
放射 | モノクロメーター: Cu K / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.54 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.22→61.18 Å / Num. obs: 73523 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 19.2 % / Biso Wilson estimate: 16.6 Å2 / CC1/2: 0.985 / Rmerge(I) obs: 0.39 / Rpim(I) all: 0.091 / Net I/σ(I): 7.8 |
反射 シェル | 解像度: 2.23→2.35 Å / 冗長度: 17.6 % / Rmerge(I) obs: 0.813 / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / Num. unique obs: 10366 / CC1/2: 0.524 / Rpim(I) all: 0.196 / % possible all: 98 |
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 7BSB 解像度: 2.228→59.592 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.897 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.885 / WRfactor Rfree: 0.238 / WRfactor Rwork: 0.217 / Average fsc free: 0.8348 / Average fsc work: 0.841 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.252 / ESU R Free: 0.203 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 19.837 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.228→59.592 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル |
|