PDB-7de8: Crystal Structure of outer membrane protein PorB with G103K mutat...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7de8

タイトル

Crystal Structure of outer membrane protein PorB with G103K mutations from Neisseria meningitidis W135

要素

Outer membrane protein

キーワード

MEMBRANE PROTEIN / porin / outer membrane protein / membrane transport

機能・相同性

機能・相同性情報

porin activity / pore complex / cell outer membrane / monoatomic ion transmembrane transport
類似検索 - 分子機能

生物種

Neisseria meningitidis (髄膜炎菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.76 Å

データ登録者

Tanabe, M. / Kattner, C.

資金援助

ドイツ,

日本, 2件

引用

ジャーナル: Biochim Biophys Acta Biomembr / 年: 2021
タイトル: An antibiotic-resistance conferring mutation in a neisserial porin: Structure, ion flux, and ampicillin binding.
著者: Bartsch, A. / Ives, C.M. / Kattner, C. / Pein, F. / Diehn, M. / Tanabe, M. / Munk, A. / Zachariae, U. / Steinem, C. / Llabres, S.

履歴

登録	2020年11月2日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2021年3月31日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月29日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _citation.country / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7de8.cif.gz	82.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7de8.ent.gz	57.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7de8.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/de/7de8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/de/7de8	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3vy8S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3vzw-1 3vzt-1 3vy8-2 3a2s-1 3vzu-1 3vy9-2 3wi4-1 1oh2-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

X: Outer membrane protein

38.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

X: Outer membrane protein

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, Crystallographic trimer
115 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	84.396, 84.396, 107.110
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	173
Space group name H-M	P6₃

#1: タンパク質	Outer membrane protein 分子量: 38251.434 Da / 分子数: 1 / 変異: G103K / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Neisseria meningitidis (髄膜炎菌) 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: M4GGR4

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.99 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.91 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 100 mM MES, pH 6.5 31% Jeffamine M-600

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年12月13日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.75→43.3 Å / Num. obs: 11223 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.7 % / R_merge(I) obs: 0.077 / Net I/σ(I): 22.6
反射シェル	解像度: 2.75→2.81 Å / R_merge(I) obs: 0.84 / Num. unique obs: 792

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
HKL-2000		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
REFMAC		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3VY8

3vy8

解像度: 2.76→43.237 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.951 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.934 / WR_factor R_free: 0.265 / WR_factor R_work: 0.208 / SU B: 19.855 / SU ML: 0.364 / Average fsc free: 0.8231 / Average fsc work: 0.8447 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 2.376 / ESU R Free: 0.363 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2603	564	5.046 %
R_work	0.2132	10614	-
all	0.216	-	-
obs	-	11178	99.795 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 90.754 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	3.893 Å²	1.946 Å²	0 Å²
2-	-	3.893 Å²	0 Å²
3-	-	-	-12.628 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.76→43.237 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2598	0	0	0	2598

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.013	2664
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.018	2397
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.466	1.638	3594
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.509	1.589	5555
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.77	5	342
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.718	22.979	141
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.112	15	436
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	11.81	15	14
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.067	0.2	329
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	3097
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	589
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.191	0.2	517
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.213	0.2	2346
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.174	0.2	1290
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.084	0.2	1403
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.152	0.2	90
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.062	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.239	0.2	14
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.254	0.2	86
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.183	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	6.182	9.505	1368
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	6.179	9.505	1367
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	8.916	14.26	1710
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	8.915	14.26	1711
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	6.696	10.188	1296
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	6.696	10.188	1296
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	10.191	14.996	1884
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	10.191	14.995	1884
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	13.475	110.557	2947
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	13.473	110.539	2948

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.76-2.832	0.313	42	0.287	792	X-RAY DIFFRACTION	100
2.832-2.909	0.31	48	0.309	762	X-RAY DIFFRACTION	100
2.909-2.993	0.393	28	0.31	734	X-RAY DIFFRACTION	100
2.993-3.085	0.377	36	0.309	713	X-RAY DIFFRACTION	100
3.085-3.186	0.531	38	0.294	706	X-RAY DIFFRACTION	100
3.186-3.298	0.344	30	0.261	678	X-RAY DIFFRACTION	100
3.298-3.422	0.301	23	0.264	659	X-RAY DIFFRACTION	99.7076
3.422-3.561	0.289	32	0.229	635	X-RAY DIFFRACTION	99.8503
3.561-3.719	0.297	39	0.22	596	X-RAY DIFFRACTION	100
3.719-3.9	0.296	32	0.205	569	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9-4.111	0.302	31	0.218	546	X-RAY DIFFRACTION	100
4.111-4.359	0.253	35	0.178	514	X-RAY DIFFRACTION	99.8182
4.359-4.659	0.179	23	0.162	495	X-RAY DIFFRACTION	99.2337
4.659-5.031	0.221	28	0.161	447	X-RAY DIFFRACTION	99.1649
5.031-5.508	0.221	31	0.184	403	X-RAY DIFFRACTION	99.5413
5.508-6.154	0.245	19	0.197	376	X-RAY DIFFRACTION	100
6.154-7.098	0.218	19	0.211	345	X-RAY DIFFRACTION	99.726
7.098-8.672	0.241	17	0.205	283	X-RAY DIFFRACTION	98.6842
8.672-12.179	0.305	5	0.183	230	X-RAY DIFFRACTION	99.5763
12.179-43.237	0.126	8	0.223	130	X-RAY DIFFRACTION	97.8723

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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