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- PDB-7de4: Hybrid cluster protein (HCP) from Escherichia coli -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7de4
タイトルHybrid cluster protein (HCP) from Escherichia coli
要素Hydroxylamine reductase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Hybrid cluster / iron-sulfur cluster / METAL BINDING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


hydroxylamine reductase / nitric oxide catabolic process / hydroxylamine reductase activity / peroxidase activity / response to hydrogen peroxide / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / oxidoreductase activity / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Hydroxylamine reductase / Prismane, alpha-bundle / Hydroxylamine reductase/Ni-containing CO dehydrogenase / Prismane/CO dehydrogenase family / Prismane-like, alpha/beta-sandwich / Prismane-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
FE-S-O HYBRID CLUSTER / IRON/SULFUR CLUSTER / Hydroxylamine reductase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.61 Å
データ登録者Fujishiro, T. / Ooi, M. / Takaoka, K. / Takahashi, Y.
資金援助 日本, 1件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)17K14510 日本
引用ジャーナル: Febs J. / 年: 2021
タイトル: Crystal structure of Escherichia coli class II hybrid cluster protein, HCP, reveals a [4Fe-4S] cluster at the N-terminal protrusion.
著者: Fujishiro, T. / Ooi, M. / Takaoka, K.
履歴
登録2020年11月2日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年6月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年12月29日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: citation / database_2 / struct_conn
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hydroxylamine reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,9113
ポリマ－61,2241
非ポリマー6872
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area720 Å2
ΔGint-44 kcal/mol
Surface area20290 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)142.540, 142.540, 117.100
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質 Hydroxylamine reductase / Hybrid-cluster protein / HCP / Prismane protein


分子量: 61223.754 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌)
株: K12 / 遺伝子: hcp, ybjW, b0873, JW0857 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): C41 / 参照: UniProt: P75825, hydroxylamine reductase
#2: 化合物 ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4
#3: 化合物 ChemComp-FS2 / FE-S-O HYBRID CLUSTER


分子量: 335.508 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4O3S2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 4.86 Å3/Da / 溶媒含有率: 74.68 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: 2.0M Sodium formate, 0.1M Sodium acetate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-5A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年2月27日
放射モノクロメーター: Numerical link type Si(111) double crystal monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.61→46.29 Å / Num. obs: 14324 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 11.48 % / Biso Wilson estimate: 95.64 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.159 / Net I/σ(I): 14.16
反射 シェル解像度: 3.61→3.71 Å / 冗長度: 11.98 % / Rmerge(I) obs: 0.975 / Mean I/σ(I) obs: 3.01 / Num. unique obs: 13606 / % possible all: 99.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1W9M

1w9m


解像度: 3.61→46.29 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.94 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.864 / SU B: 62.727 / SU ML: 0.41 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.57 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.278 717 5 %RANDOM
Rwork0.203 ---
obs0.207 13606 99.5 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 129.7 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.51 Å20 Å20 Å2
2---0.51 Å20 Å2
3---1.01 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.61→46.29 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4220 0 17 0 4237
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0124344
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg3.3781.6335909
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg9.1575549
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.27523.033211
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg26.05715708
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg26.6261522
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1960.2570
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.023265
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 3.61→3.7 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.463 52 -
Rwork0.408 976 -
obs--99.71 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
19.1353-7.03720.31825.4658-0.18770.1458-0.2178-0.7795-0.5880.11560.51110.3624-0.00270.0384-0.29330.20920.1217-0.07820.7585-0.13390.5709-29.9808-18.6734-0.2851
21.2324-0.158-1.26791.87151.00211.71280.0295-0.41170.3444-0.20480.475-0.2452-0.08140.6313-0.50460.131-0.0058-0.01010.7352-0.07760.2988-23.34161.8041-9.2945
30.7102-0.3967-0.34852.264-0.28880.29720.0368-0.25580.45250.0240.2064-0.21160.02360.1244-0.24310.2973-0.0477-0.01280.5897-0.10260.3008-34.81961.38170.16
42.6183-0.1688-0.21871.20220.5380.84210.19040.26260.05530.0621-0.199-0.16950.0375-0.10190.00860.41150.0449-0.00250.42320.0520.0378-48.9851-11.2881-23.0882
52.1026-0.28-0.03030.32420.26551.1177-0.2235-0.08930.07380.24580.010.0030.30670.00970.21350.55020.07150.05170.36230.13260.0985-53.6344-11.52843.9579
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 15
2X-RAY DIFFRACTION2A16 - 137
3X-RAY DIFFRACTION3A138 - 225
4X-RAY DIFFRACTION4A226 - 374
5X-RAY DIFFRACTION5A375 - 550

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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