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- PDB-7de2: iron and alpha-ketoglutarate-dependent endoperoxidase NvfI -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7de2
タイトルiron and alpha-ketoglutarate-dependent endoperoxidase NvfI
要素NvfI
キーワードOXIDOREDUCTASE / Novofumigatonin / endoperoxidase / iron and alpha-ketoglutarate-dependent enzyme
機能・相同性2-OXOGLUTARIC ACID / : / Chem-H3X
機能・相同性情報
生物種Aspergillus novofumigatus IBT 16806 (カビ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Zhai, R. / Mori, T. / Abe, I.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021
タイトル: Molecular insights into the endoperoxide formation by Fe(II)/ alpha-KG-dependent oxygenase NvfI.
著者: Mori, T. / Zhai, R. / Ushimaru, R. / Matsuda, Y. / Abe, I.
履歴
登録2020年11月1日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年7月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年1月26日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NvfI
B: NvfI
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,7697
ポリマ－67,9182
非ポリマー8505
水7,584421
1
A: NvfI
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,6084
ポリマ－33,9591
非ポリマー6493
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area110 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area12960 Å2
手法PISA
2
B: NvfI
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,1613
ポリマ－33,9591
非ポリマー2022
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area120 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area13200 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)157.286, 48.337, 79.638
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 101.039, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z

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要素

#1: タンパク質 NvfI


分子量: 33959.164 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Aspergillus novofumigatus IBT 16806 (カビ)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 化合物 ChemComp-AKG / 2-OXOGLUTARIC ACID / α-ケトグルタル酸


分子量: 146.098 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H6O5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-H3X / methyl (3'~{a}~{R},4'~{S},5'~{S},5~{a}~{S},6~{S},7~{S},9~{a}~{R})-1,1,3'~{a},4',5~{a},7,7'-heptamethyl-3,6'-bis(oxidanylidene)spiro[4,5,7,8,9,9~{a}-hexahydrobenzo[c]oxepine-6,2'-4,5-dihydro-3~{H}-1-benzofuran]-5'-carboxylate / アスノボリンA


分子量: 446.576 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C26H38O6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 421 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.77 %
結晶化温度: 283 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 50 mM Tris-HCl pH 7.0, 20% PEG3350, 20 mM alpha-ketoglutarate, 200 mM NaSCN, and 2 mM DTT

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-1A / 波長: 1.1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年6月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→46.13 Å / Num. obs: 46701 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.4 % / Biso Wilson estimate: 20.46 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.141 / Net I/σ(I): 11.1
反射 シェル解像度: 1.9→1.94 Å / Rmerge(I) obs: 0.843 / Mean I/σ(I) obs: 3 / Num. unique obs: 3022 / CC1/2: 0.826

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2_3874精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.9→39.08 Å / SU ML: 0.1697 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 20.15
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.193 2325 4.98 %
Rwork0.1719 44343 -
obs0.1729 46668 99.93 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 25.47 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→39.08 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4419 0 54 421 4894
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00914607
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.24096286
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0722665
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0086828
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d21.4571768
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9-1.940.27041180.21992620X-RAY DIFFRACTION99.96
1.94-1.980.26021150.19892590X-RAY DIFFRACTION100
1.98-2.030.2061520.19552577X-RAY DIFFRACTION99.93
2.03-2.080.22451190.19082579X-RAY DIFFRACTION100
2.08-2.130.23031380.18172591X-RAY DIFFRACTION100
2.13-2.20.23761400.17832617X-RAY DIFFRACTION99.93
2.2-2.270.19581280.17532586X-RAY DIFFRACTION100
2.27-2.350.21681450.17872601X-RAY DIFFRACTION100
2.35-2.440.19341250.17892582X-RAY DIFFRACTION99.96
2.44-2.550.19681290.17682629X-RAY DIFFRACTION100
2.55-2.690.20191580.17522571X-RAY DIFFRACTION99.96
2.69-2.860.21351560.17452594X-RAY DIFFRACTION100
2.86-3.080.17821340.17732612X-RAY DIFFRACTION100
3.08-3.390.20751530.16882600X-RAY DIFFRACTION100
3.39-3.880.15571290.16062638X-RAY DIFFRACTION100
3.88-4.880.15211570.14232647X-RAY DIFFRACTION99.96
4.88-39.080.18891290.17462709X-RAY DIFFRACTION99.09

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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