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- PDB-7dda: Envelope protein VP37 a crystal structure from White Spot Syndrom... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7dda
タイトルEnvelope protein VP37 a crystal structure from White Spot Syndrome Virus
要素Envelope protein
キーワードVIRAL PROTEIN / Envelope protein / Sulfate binding site / VP281 / VP37 / White spot syndrome virus (WSSV)
機能・相同性viral envelope / Envelope protein
機能・相同性情報
生物種White spot syndrome virus (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.51 Å
データ登録者Somsoros, W. / Sangawa, T. / Takebe, K. / Attarataya, J. / Suzuki, M. / Khunrae, P.
引用ジャーナル: J.Gen.Virol. / 年: 2021
タイトル: Crystal structure of the C-terminal domain of envelope protein VP37 from white spot syndrome virus reveals sulphate binding sites responsible for heparin binding.
著者: Somsoros, W. / Sangawa, T. / Takebe, K. / Attarataya, J. / Wongprasert, K. / Senapin, S. / Rattanarojpong, T. / Suzuki, M. / Khunrae, P.
履歴
登録2020年10月28日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年6月23日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Envelope protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,1763
ポリマ－18,9841
非ポリマー1922
水23413
1
A: Envelope protein
ヘテロ分子

A: Envelope protein
ヘテロ分子

A: Envelope protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,5299
ポリマ－56,9523
非ポリマー5766
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_565-y,x-y+1,z1
crystal symmetry operation3_455-x+y-1,-x,z1
Buried area5260 Å2
ΔGint-105 kcal/mol
Surface area15780 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)89.382, 89.382, 99.046
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number182
Space group name H-MP6322
Space group name HallP6c2c
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x-y,x,z+1/2
#3: y,-x+y,z+1/2
#4: -y,x-y,z
#5: -x+y,-x,z
#6: x-y,-y,-z
#7: -x,-x+y,-z
#8: -x,-y,z+1/2
#9: y,x,-z
#10: -y,-x,-z+1/2
#11: -x+y,y,-z+1/2
#12: x,x-y,-z+1/2
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-412-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Envelope protein / Envelope protein VP37


分子量: 18984.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) White spot syndrome virus (ウイルス)
遺伝子: VP281 / プラスミド: pET15bThio
詳細 (発現宿主): pET15bThio, a pET15b (+) from Novagen which was modified to have thioredoxin and TEV cleavage site encoding sequence inserted upstream of the multiple cloning region
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta 2(DE3) / 参照: UniProt: A6ZI34
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.11 % / 解説: Hexagonal shaped crystals
結晶化温度: 293.2 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 1.5 M Ammonium sulfate, 100 mM Bis-Tris pH 6.5, 100 mM NaCl, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.2K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-17A / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年3月9日
放射モノクロメーター: Si(111) double crystal monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.505→44.691 Å / Num. obs: 8198 / % possible obs: 96.2 % / 冗長度: 37.1 % / Biso Wilson estimate: 28.51 Å2 / CC1/2: 1 / CC star: 1 / Rmerge(I) obs: 0.085 / Rpim(I) all: 0.014 / Rrim(I) all: 0.086 / Net I/σ(I): 43.6
反射 シェル解像度: 2.505→2.548 Å / 冗長度: 36.1 % / Rmerge(I) obs: 0.327 / Mean I/σ(I) obs: 12.2 / Num. unique obs: 410 / CC1/2: 0.994 / CC star: 0.998 / Rpim(I) all: 0.054 / Rrim(I) all: 0.331 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2_3874精密化
REFMAC5.8.0267精密化
Coot0.8.9.2モデル構築
XDSJan 31, 2020データ削減
Aimless0.7.4データスケーリング
PHENIX1.18.2-3874位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.51→40.74 Å / SU ML: 0.2879 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 23.876
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.238 820 9.93 %the entry contains Friedel pairs in I_Plus/Minus columns
Rwork0.2012 13203 --
obs0.2047 8195 96.04 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 29.26 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.51→40.74 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数946 0 10 13 969
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0076968
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.91251307
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0547146
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0048167
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d7.2032129
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.51-2.590.29561480.2478824X-RAY DIFFRACTION99.61
2.59-2.70.3491150.23511017X-RAY DIFFRACTION74.33
2.7-2.820.26341540.24091373X-RAY DIFFRACTION100
2.82-2.970.25991550.22711374X-RAY DIFFRACTION100
2.97-3.160.26991520.22241368X-RAY DIFFRACTION100
3.16-3.40.25861470.20681378X-RAY DIFFRACTION100
3.4-3.740.23741380.19921227X-RAY DIFFRACTION89.63
3.74-4.280.19061420.17671336X-RAY DIFFRACTION96.73
4.28-5.390.16381520.15411365X-RAY DIFFRACTION100
5.4-40.740.26911520.20871388X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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