PDB-7dc3: Crystal structure of the MyRF ICA domain

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7dc3

タイトル

Crystal structure of the MyRF ICA domain

要素

Isoform 2 of Myelin regulatory factor

キーワード

MEMBRANE PROTEIN / auto-catalytic protease / protein chaperone. trimeric protein / triple coiled-coil

機能・相同性

機能・相同性情報

central nervous system myelin maintenance / central nervous system myelination / positive regulation of myelination / oligodendrocyte development / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素 / oligodendrocyte differentiation / protein autoprocessing / peptidase activity / sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単一同系置換・異常分散 / 解像度: 2.4 Å

データ登録者

Shi, N. / Wu, P. / Zhen, X.K. / Li, B.W.

資金援助

中国, 2件

引用

ジャーナル: Int J Biol Sci / 年: 2021
タイトル: Crystal structure of the MyRF ICA domain with its upstream beta-helical stalk reveals the molecular mechanisms underlying its trimerization and self-cleavage.
著者: Wu, P. / Zhen, X. / Li, B. / Yu, Q. / Huang, X. / Shi, N.

履歴

登録	2020年10月23日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2021年8月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7dc3.cif.gz	203.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7dc3.ent.gz	142.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7dc3.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7dc3_validation.pdf.gz	417.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7dc3_full_validation.pdf.gz	419.1 KB	表示
XML形式データ	7dc3_validation.xml.gz	9.3 KB	表示
CIF形式データ	7dc3_validation.cif.gz	14.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dc/7dc3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dc/7dc3	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	7dc3-3 4wju-1 6z6v-1 4s27-d 4s25-d 6jeb-d 6vn3-2 1np7-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (1) #31 - 2002年7月 p53腫瘍抑制因子 (p53 Tumor Suppressor) 類似性 (1) #213 - 2017年9月サーチュイン (Sirtuins) 類似性 (1) #221 - 2018年5月ヒトパピローマウイルスとワクチン (Human Papillomavirus and Vaccines) 類似性 (1) #234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#122 - 2010年2月
エンハンセオソーム (Enhanceosome)
類似性 (1)
#31 - 2002年7月
p53腫瘍抑制因子 (p53 Tumor Suppressor)
類似性 (1)
#213 - 2017年9月
サーチュイン (Sirtuins)
類似性 (1)
#221 - 2018年5月
ヒトパピローマウイルスとワクチン (Human Papillomavirus and Vaccines)
類似性 (1)
#234 - 2019年6月
MDM2とがん (MDM2 and Cancer)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Isoform 2 of Myelin regulatory factor

B: Isoform 2 of Myelin regulatory factor

C: Isoform 2 of Myelin regulatory factor

61.5 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Isoform 2 of Myelin regulatory factor

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
61.5 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Isoform 2 of Myelin regulatory factor

登録者が定義した集合体
61.5 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: Isoform 2 of Myelin regulatory factor

登録者が定義した集合体
61.5 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	78.706, 78.706, 138.464
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	150
Space group name H-M	P321
Space group name Hall	P32"
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -y,x-y,z #3: -x+y,-x,z #4: x-y,-y,-z #5: -x,-x+y,-z #6: y,x,-z

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-801- HOH
2	1	B-854- HOH
3	1	C-802- HOH

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
d_1	ens_1	(chain "A" and resid 568 through 705)
d_2	ens_1	chain "B"
d_3	ens_1	(chain "C" and resid 568 through 705)

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg label comp-ID	End label comp-ID	Label asym-ID	Label seq-ID
d_1	1	ens_1	ASP	LYS	A	10 - 147
d_2	1	ens_1	ASP	LYS	B	1 - 138
d_3	1	ens_1	ASP	LYS	C	5 - 142

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(0.492176376521, -0.870493311347, 0.00195174146644), (-0.870488685258, -0.492180158132, -0.00285320487778), (0.00344430418559, -0.000294688824867, -0.999994024946)	39.390721841, 67.956633254, 47.7375249749
2	given	(0.863283285217, 0.504715934663, 0.00194801524934), (0.504719302412, -0.863280993071, -0.00208633072194), (0.000628680178621, 0.00278429533742, -0.999995926222)	-23.1174531754, 39.361757157, 92.9795132673

#1: タンパク質	Isoform 2 of Myelin regulatory factor / Myelin gene regulatory factor 分子量: 20484.744 Da / 分子数: 3 / 変異: S587A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Myrf, Gm1804, Gm98, Mrf / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: Q3UR85, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 85 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.01 Å³/Da / 溶媒含有率: 37.54 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: PEG 6000, Lithium chloride, MES

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.9792 Å
検出器	タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2018年9月30日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.4→38.22 Å / Num. obs: 20050 / % possible obs: 96 % / 冗長度: 18.2 % / B_iso Wilson estimate: 30.67 Å² / CC_1/2: 0.971 / CC star: 0.993 / Net I/σ(I): 16.78
反射シェル	解像度: 2.4→2.486 Å / 冗長度: 13.2 % / Num. unique obs: 1965 / CC_1/2: 0.0291 / CC star: 0.238 / % possible all: 69.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.19rc3_4028	精密化
PHENIX	1.19rc3_4028	精密化
HKL-2000		データ収集
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
AutoSol		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単一同系置換・異常分散 / 解像度: 2.4→38.22 Å / SU ML: 0.3493 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 27.2965
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2679	3123	8.84 %
R_work	0.217	32192	-
obs	-	19263	94.05 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 59.06 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.4→38.22 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3383	0	0	85	3468

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0024	3433
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.4701	4633
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0429	535
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0056	603
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.8721	1311

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)
ens_1	d_2	A	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	0.878485516038
ens_1	d_3	A	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	0.871001277512

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.4-2.44	0.3343	81	0.306	931	X-RAY DIFFRACTION	59.67
2.44-2.48	0.3454	100	0.301	975	X-RAY DIFFRACTION	62.9
2.48-2.52	0.3324	103	0.3148	1158	X-RAY DIFFRACTION	74.31
2.52-2.57	0.3653	142	0.3249	1325	X-RAY DIFFRACTION	85.19
2.57-2.62	0.3438	144	0.2963	1436	X-RAY DIFFRACTION	92.02
2.62-2.67	0.3096	143	0.2929	1479	X-RAY DIFFRACTION	97.95
2.67-2.73	0.3343	155	0.3034	1561	X-RAY DIFFRACTION	98.28
2.73-2.79	0.3138	148	0.2969	1559	X-RAY DIFFRACTION	99.88
2.79-2.86	0.3557	138	0.2902	1523	X-RAY DIFFRACTION	99.7
2.86-2.94	0.2777	158	0.2382	1597	X-RAY DIFFRACTION	100
2.94-3.02	0.3186	152	0.2371	1540	X-RAY DIFFRACTION	99.94
3.02-3.12	0.2828	150	0.2326	1560	X-RAY DIFFRACTION	100
3.12-3.23	0.3061	141	0.213	1533	X-RAY DIFFRACTION	100
3.23-3.36	0.2929	158	0.2125	1560	X-RAY DIFFRACTION	100
3.36-3.51	0.221	156	0.1929	1531	X-RAY DIFFRACTION	100
3.52-3.7	0.2123	158	0.1737	1561	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7-3.93	0.2163	154	0.1801	1571	X-RAY DIFFRACTION	100
3.93-4.24	0.237	152	0.1871	1546	X-RAY DIFFRACTION	100
4.24-4.66	0.1776	152	0.1505	1565	X-RAY DIFFRACTION	100
4.66-5.33	0.2419	146	0.1735	1547	X-RAY DIFFRACTION	99.47
5.33-6.71	0.2709	143	0.2173	1567	X-RAY DIFFRACTION	99.94
6.71-38.22	0.257	149	0.193	1567	X-RAY DIFFRACTION	99.77

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.885710333337	-0.263810723405	0.149880516876	0.847802593687	-0.274101603469	4.38118928128	-0.0878981785729	-0.372482341136	-0.2135815889	0.446902424704	0.0436349637856	-0.0234118292147	0.852544302185	0.259646147461	0.0845517138861	0.43685560502	0.0328088596012	0.0259649984989	0.320245289203	0.0687441627063	0.186282083492	1.69748562369	38.571872114	41.744295545
2	0.652625502529	-0.0944047787226	0.591365819648	1.55148741909	0.434456560738	4.81605980255	-0.122047261603	-0.221996025806	-0.109295630052	0.325904658996	-0.0531914907207	-0.429151065804	0.52692084167	0.964677427588	0.027448280328	0.353969960269	0.0461865969845	-0.0648045915372	0.492479445182	0.0812842477969	0.23017920707	7.93968009702	40.62479688	51.4806754049
3	0.393877318128	-0.660145609621	0.0814403410258	1.96316656165	0.0595169819971	2.73149571401	0.118690377284	0.0445334030111	0.202332988593	-0.225200902466	-0.00816545140885	-0.304550042936	-0.331005995094	0.312654026542	0.0218237742052	0.233231489151	-0.0170750036874	0.0321427238752	0.0710245512499	-0.00769891102781	0.17010261386	4.09656732269	52.7246955397	9.02622733053
4	2.25895906502	-0.20663860493	2.70017760614	1.870477152	-0.147680091967	8.80211219587	-0.272331218588	0.456527551958	0.115468085756	-0.332420034446	0.111637552812	0.00102545552565	-1.01619123359	-0.125568146725	0.195352908395	0.223433184566	-0.0257256891355	0.0523254015714	0.267932298513	0.00918889658984	0.186233317117	1.46455205068	50.4836229122	-21.0372350478
5	2.46346887871	-1.59991858126	0.65892510641	3.29862153246	-2.09546311903	7.02505046098	0.0692051778498	0.410621820155	-0.0636644063656	-0.444775742156	-0.256524759176	0.227092850881	-0.700620417012	-0.764330814743	0.217976384422	0.450856374083	0.127108629395	-0.0386061021178	0.424302654488	-0.114264071155	0.797408582722	-6.51443056313	4.90171984278	55.9604865116
6	2.25122704325	0.270365666146	0.341229616219	0.87413731983	0.614903370574	7.27891644273	-0.245777335279	0.481584468058	0.161486090046	-0.450537955032	0.0177009350171	-0.260983642599	-1.43965823136	0.851978775214	0.214295284732	0.69878690099	-0.0985963689323	-0.0143064403258	0.472346668198	0.165093022053	0.826935252152	4.28384795989	8.55658467333	40.9294122608

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 559 through 615 )	A	A	559 - 615	1 - 57
2	2	chain 'A' and (resid 616 through 705 )	A	A	616 - 705	58 - 147
3	3	chain 'B' and (resid 568 through 599 )	B	B	568 - 599	1 - 32
4	4	chain 'B' and (resid 671 through 705 )	B	B	671 - 705	104 - 138
5	5	chain 'C' and (resid 564 through 599 )	C	C	564 - 599	1 - 36
6	6	chain 'C' and (resid 600 through 705 )	C	C	600 - 705	37 - 142

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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