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- PDB-7dbi: Crystal structure of the peroxisomal acyl-CoA hydrolase MpaH -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7dbi
タイトルCrystal structure of the peroxisomal acyl-CoA hydrolase MpaH
要素acyl-CoA hydrolase MpaH'
キーワードHYDROLASE / peroxisomal acyl-CoA hydrolase / MpaH' / MPA biosynthesis
生物種Penicillium brevicompactum (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.99 Å
データ登録者Li, S.Y. / You, C.
引用ジャーナル: Febs J. / 年: 2021
タイトル: Structural basis for substrate specificity of the peroxisomal acyl-CoA hydrolase MpaH' involved in mycophenolic acid biosynthesis.
著者: You, C. / Li, F. / Zhang, X. / Ma, L. / Zhang, Y.Z. / Zhang, W. / Li, S.
履歴
登録2020年10月20日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年4月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年10月13日Group: Database references / カテゴリ: citation / database_2
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年10月30日Group: Data collection / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ncs_dom_lim
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id ..._pdbx_entry_details.has_protein_modification / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: acyl-CoA hydrolase MpaH'
B: acyl-CoA hydrolase MpaH'
C: acyl-CoA hydrolase MpaH'
D: acyl-CoA hydrolase MpaH'


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)199,2964
ポリマ－199,2964
非ポリマー00
水13,980776
1
A: acyl-CoA hydrolase MpaH'
D: acyl-CoA hydrolase MpaH'


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)99,6482
ポリマ－99,6482
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8060 Å2
ΔGint-43 kcal/mol
Surface area32150 Å2
手法PISA
2
B: acyl-CoA hydrolase MpaH'
C: acyl-CoA hydrolase MpaH'


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)99,6482
ポリマ－99,6482
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7990 Å2
ΔGint-42 kcal/mol
Surface area32210 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)64.921, 93.260, 161.275
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 95.120, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13A
23D
14B
24C
15B
25D
16C
26D

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
111GLUGLUPROPROAA4 - 4194 - 419
221GLUGLUPROPROBB4 - 4194 - 419
132THRTHRSERSERAA3 - 4223 - 422
242THRTHRSERSERCC3 - 4223 - 422
153THRTHRPROPROAA3 - 4193 - 419
263THRTHRPROPRODD3 - 4193 - 419
174GLUGLUPROPROBB4 - 4194 - 419
284GLUGLUPROPROCC4 - 4194 - 419
195GLUGLUPROPROBB4 - 4194 - 419
2105GLUGLUPROPRODD4 - 4194 - 419
1116THRTHRPROPROCC3 - 4193 - 419
2126THRTHRPROPRODD3 - 4193 - 419

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6

-
要素

#1: タンパク質
acyl-CoA hydrolase MpaH'


分子量: 49823.895 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Penicillium brevicompactum (菌類) / 株: NRRL 864 / 遺伝子: MPA' / プラスミド: pETM-11 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 776 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.28 % / Mosaicity: 0 °
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7 / 詳細: Imidazole, Calcium acetate, PEG 8000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: SIEMENS-NICOLET / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 2019年12月7日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Ni FILTER / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.99→46.63 Å / Num. obs: 130308 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 2 % / CC1/2: 0.987 / Rmerge(I) obs: 0.094 / Rpim(I) all: 0.094 / Rrim(I) all: 0.133 / Net I/σ(I): 11.9 / Num. measured all: 256693
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
1.99-2.0220.3031261063670.8730.3030.4282.797.4
10.89-46.631.90.08415608430.9810.0840.11932.198.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
Aimless0.7.4データスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
CRANK2位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.99→46.63 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.948 / SU B: 3.531 / SU ML: 0.096 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.157 / ESU R Free: 0.133 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1937 6548 5 %RANDOM
Rwork0.1683 ---
obs0.1696 123738 99.06 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 96.73 Å2 / Biso mean: 27.389 Å2 / Biso min: 15.71 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.15 Å2-0 Å20.72 Å2
2--2.49 Å2-0 Å2
3----2.72 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.99→46.63 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13387 0 0 776 14163
Biso mean---32.15 -
残基数----1675
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.01313749
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.01712730
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5971.65818718
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.3011.57229521
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.95151671
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.61321.053760
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.23152141
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.69615120
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0760.21790
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0215315
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.022957
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A135190.08
12B135190.08
21A138890.06
22C138890.06
31A136550.08
32D136550.08
41B135480.08
42C135480.08
51B136320.07
52D136320.07
61C136730.08
62D136730.08
LS精密化 シェル解像度: 1.99→2.041 Å / Rfactor Rfree error: 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.248 487 -
Rwork0.231 9040 -
obs--98.23 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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