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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7daw | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Mycobacterium tuberculosis phenylalanyl-tRNA synthetase | ||||||
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![]() | LIGASE / aminoacylation / tRNA-binding / aminoacyl-tRNA synthetase / ATP-binding | ||||||
機能・相同性 | ![]() phenylalanine-tRNA ligase complex / phenylalanine-tRNA ligase / phenylalanine-tRNA ligase activity / phenylalanyl-tRNA aminoacylation / peptidoglycan-based cell wall / tRNA binding / magnesium ion binding / ATP binding / plasma membrane / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Xu, M. / Zhang, X. / Xu, L. / Chen, S. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Re-discovery of PF-3845 as a new chemical scaffold inhibiting phenylalanyl-tRNA synthetase in Mycobacterium tuberculosis . 著者: Wang, H. / Xu, M. / Engelhart, C.A. / Zhang, X. / Yan, B. / Pan, M. / Xu, Y. / Fan, S. / Liu, R. / Xu, L. / Hua, L. / Schnappinger, D. / Chen, S. #1: ![]() タイトル: Re-discovery of PF-3845 as a new chemical scaffold inhibiting phenylalanyl-tRNA synthetase in Mycobacterium tuberculosis 著者: Wang, H. / Xu, M. / Engelhart, C.A. / Zhang, X. / Yan, B. / Pan, M. / Xu, Y. / Fan, S. / Liu, R. / Xu, L. / Hua, L. / Schnappinger, D. / Chen, S. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 224.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 175.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 459 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 466 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 36.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 51 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 37415.266 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: ATCC 25618 / H37Rv / 遺伝子: pheS, Rv1649, MTCY06H11.14 / 発現宿主: ![]() ![]() | ||
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#2: タンパク質 | 分子量: 90179.797 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: ATCC 25618 / H37Rv / 遺伝子: pheT, Rv1650, MTCY06H11.15 / 発現宿主: ![]() ![]() | ||
#3: 化合物 | ChemComp-SO4 / 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 1.1M (NH4)2SO4, 0.2% PEG 3350, 0.1M HEPES pH 7.5 |
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年9月22日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97886 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.83→50 Å / Num. obs: 59426 / % possible obs: 93.5 % / 冗長度: 2.7 % / Biso Wilson estimate: 59.32 Å2 / CC1/2: 0.964 / Rmerge(I) obs: 0.174 / Net I/σ(I): 10.86 |
反射 シェル | 解像度: 2.83→2.87 Å / Rmerge(I) obs: 0.455 / Mean I/σ(I) obs: 1.67 / Num. unique obs: 2275 / CC1/2: 0.84 / % possible all: 71.5 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 3PCO 解像度: 2.83→49.82 Å / SU ML: 0.3437 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 27.4372 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 61.02 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.83→49.82 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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