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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7das | ||||||
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タイトル | Mouse Toll-like receptor 3 ectodomain in complex with lncRNA Rmrp in lapped form | ||||||
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![]() | RNA BINDING PROTEIN/RNA / ![]() ![]() ![]() | ||||||
機能・相同性 | ![]() type III interferon production / positive regulation of type III interferon production / response to dsRNA / regulation of dendritic cell cytokine production / inflammatory response to wounding / toll-like receptor 3 signaling pathway / necroptotic signaling pathway / positive regulation of cytokine production involved in inflammatory response / positive regulation of macrophage cytokine production / ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Li, B. / Cao, X. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Endosomal lncRNA Rmrp is required for TLR3 innate sensing by engaging TLR3 dimerization 著者: Zhang, S. / Li, B. / Cao, X. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 260.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 213.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
#1: タンパク質 | ![]() 分子量: 78101.648 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() #2: RNA鎖 | | ![]() 分子量: 48124.520 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) ![]() ![]() ![]() ![]() |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: ![]() |
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試料調製
構成要素 |
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分子量 | 値: 0.23 MDa / 実験値: YES | ||||||||||||||||||||||||
由来(天然) |
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由来(組換発現) | 生物種: ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 6 | ||||||||||||||||||||||||
試料 | 濃度: 1 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3 | ||||||||||||||||||||||||
急速凍結![]() | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 281 K |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS / 詳細: Preliminary grid screening was preformed manually. |
電子銃 | 電子線源![]() ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD![]() ![]() |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER 最高温度: 78.5 K / 最低温度: 78.5 K |
撮影 | 平均露光時間: 5 sec. / 電子線照射量: 60 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 10617 |
電子光学装置 | エネルギーフィルター名称![]() |
画像スキャン | 動画フレーム数/画像: 40 |
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解析
EMソフトウェア |
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画像処理 | 詳細: The selected images were normalized. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CTF補正![]() | 詳細: CTF correction was done by patch CTF correction. / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 2545278 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成![]() | 解像度: 3.64 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 99902 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | B value: 97.5 / プロトコル: RIGID BODY FIT / Target criteria: correlation coefficient | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 3CIG PDB chain-ID: A / Pdb chain residue range: 27-697 |