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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7das | ||||||
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タイトル | Mouse Toll-like receptor 3 ectodomain in complex with lncRNA Rmrp in lapped form | ||||||
要素 |
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キーワード | RNA BINDING PROTEIN/RNA / complex / innate immune system (自然免疫系) / RNA BINDING PROTEIN (RNA結合タンパク質) / RNA BINDING PROTEIN-RNA complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 type III interferon production / positive regulation of type III interferon production / response to dsRNA / regulation of dendritic cell cytokine production / inflammatory response to wounding / toll-like receptor 3 signaling pathway / necroptotic signaling pathway / positive regulation of cytokine production involved in inflammatory response / positive regulation of macrophage cytokine production / pattern recognition receptor activity ...type III interferon production / positive regulation of type III interferon production / response to dsRNA / regulation of dendritic cell cytokine production / inflammatory response to wounding / toll-like receptor 3 signaling pathway / necroptotic signaling pathway / positive regulation of cytokine production involved in inflammatory response / positive regulation of macrophage cytokine production / pattern recognition receptor activity / Toll様受容体 / cellular response to exogenous dsRNA / response to exogenous dsRNA / positive regulation of interferon-alpha production / positive regulation of type I interferon production / cellular response to interferon-beta / extrinsic apoptotic signaling pathway / positive regulation of chemokine production / JNK cascade / positive regulation of interleukin-12 production / positive regulation of interferon-beta production / positive regulation of interleukin-8 production / positive regulation of JNK cascade / microglial cell activation / response to virus / cellular response to virus / defense response / cellular response to type II interferon / positive regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / cellular response to mechanical stimulus / positive regulation of angiogenesis / positive regulation of interleukin-6 production / transmembrane signaling receptor activity / male gonad development / positive regulation of tumor necrosis factor production / 分裂促進因子活性化タンパク質キナーゼ / double-stranded RNA binding / positive regulation of type II interferon production / cellular response to xenobiotic stimulus / signaling receptor activity / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / defense response to virus / エンドソーム / endosome membrane / 炎症 / positive regulation of apoptotic process / 自然免疫系 / endoplasmic reticulum membrane / 細胞膜 / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / identical protein binding / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Mus musculus (ハツカネズミ) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.64 Å | ||||||
データ登録者 | Li, B. / Cao, X. | ||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Endosomal lncRNA Rmrp is required for TLR3 innate sensing by engaging TLR3 dimerization 著者: Zhang, S. / Li, B. / Cao, X. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7das.cif.gz | 260.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7das.ent.gz | 213.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7das.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/da/7das ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/da/7das | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 78101.648 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Tlr3 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q99MB1 #2: RNA鎖 | | 分子量: 48124.520 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: GenBank: NR_001460 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 |
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分子量 | 値: 0.23 MDa / 実験値: YES | ||||||||||||||||||||||||
由来(天然) |
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由来(組換発現) | 生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) | ||||||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 6 | ||||||||||||||||||||||||
試料 | 濃度: 1 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: This sample was mono disperse. | ||||||||||||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3 | ||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 281 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS / 詳細: Preliminary grid screening was preformed manually. |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 倍率(公称値): 165000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 2000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1000 nm / Calibrated defocus min: 1000 nm / 最大 デフォーカス(補正後): 2000 nm / Cs: 2.7 mm / アライメント法: COMA FREE |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER 最高温度: 78.5 K / 最低温度: 78.5 K |
撮影 | 平均露光時間: 5 sec. / 電子線照射量: 60 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 10617 |
電子光学装置 | エネルギーフィルター名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルタースリット幅: 40 eV |
画像スキャン | 動画フレーム数/画像: 40 |
-解析
EMソフトウェア |
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画像処理 | 詳細: The selected images were normalized. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CTF補正 | 詳細: CTF correction was done by patch CTF correction. / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 2545278 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.64 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 99902 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | B value: 97.5 / プロトコル: RIGID BODY FIT / Target criteria: correlation coefficient | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 3CIG PDB chain-ID: A / Pdb chain residue range: 27-697 |