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- PDB-7daj: The crystal structure of serotonin N-acetyltransferase in complex... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7daj
タイトルThe crystal structure of serotonin N-acetyltransferase in complex with acetyl-CoA from Oryza Sativa
要素Serotonin N-acetyltransferase 1, chloroplastic
キーワードTRANSFERASE / N-acetyltransferase
機能・相同性
機能・相同性情報


transport of virus in multicellular host / mucilage biosynthetic process involved in seed coat development / photosynthetic state transition / seed oilbody biogenesis / regulation of starch metabolic process / response to mannitol / regulation of anthocyanin metabolic process / thylakoid membrane organization / negative regulation of seed germination / melatonin biosynthetic process ...transport of virus in multicellular host / mucilage biosynthetic process involved in seed coat development / photosynthetic state transition / seed oilbody biogenesis / regulation of starch metabolic process / response to mannitol / regulation of anthocyanin metabolic process / thylakoid membrane organization / negative regulation of seed germination / melatonin biosynthetic process / aralkylamine N-acetyltransferase / aralkylamine N-acetyltransferase activity / regulation of photoperiodism, flowering / regulation of stomatal closure / response to high light intensity / L-lysine N-acetyltransferase activity, acting on acetyl phosphate as donor / N-acetyltransferase activity / serotonin metabolic process / response to hydrogen sulfide / response to osmotic stress / protein quality control for misfolded or incompletely synthesized proteins / defense response to fungus / response to cold / chloroplast / circadian rhythm / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Acetyltransferase NSI-like / Acetyltransferase (GNAT) family / Gcn5-related N-acetyltransferase (GNAT) / Gcn5-related N-acetyltransferase (GNAT) domain profile. / GNAT domain / Acyl-CoA N-acyltransferase / Aminopeptidase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETYL COENZYME *A / Serotonin N-acetyltransferase 1, chloroplastic
類似検索 - 構成要素
生物種Oryza sativa subsp. japonica (イネ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Zhou, Y.Z. / Liao, L.J. / Tang, T. / Guo, Y. / Liu, X.K. / Liu, B. / Zhao, Y.C.
引用ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2021
タイトル: Structural and Molecular Dynamics Analysis of Plant Serotonin N-Acetyltransferase Reveal an Acid/Base-Assisted Catalysis in Melatonin Biosynthesis.
著者: Liao, L. / Zhou, Y. / Xu, Y. / Zhang, Y. / Liu, X. / Liu, B. / Chen, X. / Guo, Y. / Zeng, Z. / Zhao, Y.
履歴
登録2020年10月16日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年9月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Serotonin N-acetyltransferase 1, chloroplastic
B: Serotonin N-acetyltransferase 1, chloroplastic
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,6334
ポリマ－37,0142
非ポリマー1,6192
水46826
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6820 Å2
ΔGint-37 kcal/mol
Surface area14380 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)66.838, 68.188, 77.985
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Serotonin N-acetyltransferase 1, chloroplastic / OsSNAT1 / Nuclear shuttle protein-interacting protein homolog / Probable acetyltransferase NSI


分子量: 18507.141 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Oryza sativa subsp. japonica (イネ)
遺伝子: SNAT1, GNAT5, NSI, SNAT, Os05g0481000, LOC_Os05g40260, OsJ_018182, OsJ_18949, OSJNBa0095J22.4
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: Q5KQI6, aralkylamine N-acetyltransferase, 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの
#2: 化合物 ChemComp-ACO / ACETYL COENZYME *A / アデノシン3′-りん酸5′-[二りん酸P2-[(R)-3-ヒドロキシ-2,2-ジメチル-3-[[(以下略)


分子量: 809.571 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H38N7O17P3S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 26 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.76 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.2 M Lithium sulfate monohydrate, 0.1 M TRIS hydrochloride pH 8.5, 30% (w/v) Polyethylene glycol 4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97853 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年5月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97853 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→19.75 Å / Num. obs: 16402 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 12.9 % / Biso Wilson estimate: 37.91 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.107 / Rpim(I) all: 0.043 / Rrim(I) all: 0.111 / Net I/σ(I): 15.6
反射 シェル解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 13 % / Rmerge(I) obs: 0.513 / Mean I/σ(I) obs: 5 / Num. unique obs: 1600 / Rpim(I) all: 0.147 / Rrim(I) all: 0.534 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.13_2998精密化
Aimlessデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6IV7

6iv7


解像度: 2.3→19.749 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.07 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2613 1638 10.01 %
Rwork0.2004 14719 -
obs0.2064 16357 99.98 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 84.84 Å2 / Biso mean: 42.7489 Å2 / Biso min: 23 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.3→19.749 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2367 0 102 26 2495
Biso mean--52.4 39.02 -
残基数----298
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork
2.3-2.36760.29141320.22471201
2.3676-2.44390.32261330.22441208
2.4439-2.53110.32681380.2311201
2.5311-2.63220.30151340.22581210
2.6322-2.75170.25331330.22071202
2.7517-2.89630.28921370.22331222
2.8963-3.07710.26831340.21751209
3.0771-3.31370.27431360.20751224
3.3137-3.64530.26831360.21226
3.6453-4.16850.21011340.17671246
4.1685-5.23560.231420.1761255
5.2356-19.7490.2831490.20091315

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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