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- PDB-7da1: Crystal structure of the chicken MHF complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7da1
タイトルCrystal structure of the chicken MHF complex
要素
  • Centromere protein S
  • Centromere protein X
キーワードDNA BINDING PROTEIN / histone fold / DNA binding / DNA repair / nucleus
機能・相同性
機能・相同性情報


PKR-mediated signaling / Amplification of signal from unattached kinetochores via a MAD2 inhibitory signal / RHO GTPases Activate Formins / Resolution of Sister Chromatid Cohesion / EML4 and NUDC in mitotic spindle formation / Deposition of new CENPA-containing nucleosomes at the centromere / Fanconi Anemia Pathway / Separation of Sister Chromatids / FANCM-MHF complex / Fanconi anaemia nuclear complex ...PKR-mediated signaling / Amplification of signal from unattached kinetochores via a MAD2 inhibitory signal / RHO GTPases Activate Formins / Resolution of Sister Chromatid Cohesion / EML4 and NUDC in mitotic spindle formation / Deposition of new CENPA-containing nucleosomes at the centromere / Fanconi Anemia Pathway / Separation of Sister Chromatids / FANCM-MHF complex / Fanconi anaemia nuclear complex / resolution of meiotic recombination intermediates / kinetochore assembly / replication fork processing / kinetochore / protein heterodimerization activity / cell division / DNA repair / chromatin binding / DNA binding
類似検索 - 分子機能
Centromere protein X / CENP-S/Mhf1 / CENP-S associating Centromere protein X / CENP-S protein / Histone-fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Centromere protein S / Centromere protein X
類似検索 - 構成要素
生物種Gallus gallus (ニワトリ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.01 Å
データ登録者Ito, S. / Nishino, T.
資金援助 日本, 1件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)16K07279 日本
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2021
タイトル: Structural analysis of the chicken FANCM-MHF complex and its stability.
著者: Ito, S. / Nishino, T.
履歴
登録2020年10月14日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年3月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Centromere protein S
C: Centromere protein X
A: Centromere protein S
D: Centromere protein X


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,4744
ポリマ－42,4744
非ポリマー00
水3,081171
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11170 Å2
ΔGint-91 kcal/mol
Surface area17090 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)59.432, 59.432, 220.949
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Space group name HallP4abw2nw
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y+1/2,x+1/2,z+1/4
#3: y+1/2,-x+1/2,z+3/4
#4: x+1/2,-y+1/2,-z+3/4
#5: -x+1/2,y+1/2,-z+1/4
#6: -x,-y,z+1/2
#7: y,x,-z
#8: -y,-x,-z+1/2

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要素

#1: タンパク質 Centromere protein S / CENP-S


分子量: 11875.330 Da / 分子数: 2 / 変異: C26A,C28A,C55A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / 遺伝子: CENPS, APITD1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: E1BSW7
#2: タンパク質 Centromere protein X / CENP-X


分子量: 9361.746 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / 遺伝子: CENPX, STRA13 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P0DJH7
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 171 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.45 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.1 M MOPS-HEPES pH 7.0, 0.1 M Carboxylic acids mix, 15% MPD, 20% PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-1A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年3月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.01→40.46 Å / Num. obs: 27614 / % possible obs: 99.85 % / 冗長度: 12.6 % / Biso Wilson estimate: 24.65 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.103 / Rpim(I) all: 0.03 / Rrim(I) all: 0.108 / Net I/σ(I): 22.3
反射 シェル解像度: 2.01→2.082 Å / Rmerge(I) obs: 0.772 / Mean I/σ(I) obs: 3 / Num. unique obs: 2661 / Rpim(I) all: 0.217 / Rrim(I) all: 0.802

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000data processing
PHENIX1.18.2_3874精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3B0B

3b0b


解像度: 2.01→40.46 Å / SU ML: 0.1768 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 19.6702
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2248 2000 7.24 %
Rwork0.1967 25614 -
obs0.1987 27614 99.87 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 31.39 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.01→40.46 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2704 0 0 171 2875
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00712730
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.90893663
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0464430
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0048473
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d4.6214374
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.01-2.060.23541390.19781790X-RAY DIFFRACTION99.74
2.06-2.110.26731400.21431777X-RAY DIFFRACTION99.84
2.11-2.170.24871380.18891765X-RAY DIFFRACTION99.95
2.17-2.240.22621390.18471800X-RAY DIFFRACTION99.95
2.24-2.320.24171410.19841796X-RAY DIFFRACTION99.9
2.32-2.420.25521400.18681795X-RAY DIFFRACTION100
2.42-2.530.20111410.18841808X-RAY DIFFRACTION100
2.53-2.660.22281420.19111820X-RAY DIFFRACTION99.95
2.66-2.830.21571430.20131831X-RAY DIFFRACTION100
2.83-3.040.20911410.1921806X-RAY DIFFRACTION100
3.04-3.350.21481450.19671857X-RAY DIFFRACTION99.9
3.35-3.830.19881450.17881850X-RAY DIFFRACTION99.85
3.84-4.830.22531470.18811889X-RAY DIFFRACTION99.9
4.83-40.460.24261590.22932030X-RAY DIFFRACTION99.36
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.796011001870.5064540287172.86936821553.17210064972-1.675112361097.41641390613-0.012273761312-0.200785959994-0.24315168062-0.0299962766034-0.00244499277481-0.2246433440510.188018516253-0.02595298925590.04957487036190.195389602325-0.003828187573080.06148474858080.1793980649680.03015468850810.165836133575-23.08395052364.38479825532.80904687306
27.444092361621.35857028167-2.523755555971.75720620456-1.320279077372.66481812224-0.410087193331-0.250110432466-1.089466054940.0177131424465-0.0487514738724-0.3296705714810.2018345374570.0734586201480.3812600581270.1501684123930.0304780732960.008644204174720.165161447840.002136040084720.160391203969-19.57151978454.18659610806-8.44828400088
35.060511318880.7770181362311.132863393763.09137233601-1.009350579913.23997230767-0.6061319567870.2180127981931.37714899919-0.002767104775630.3184578781330.61617599147-1.03669425691-0.4268010504290.06311924881040.2492959970720.102202606129-0.04233113741440.2896281528990.02607823399050.4545555569-15.345940092120.7504342171-13.9267403881
44.18650729212-3.39779630103-3.554786410694.614170643851.075251324665.57348886604-0.163589919161-1.050455000750.4523779181360.4245916075910.147275100635-0.19392657878-0.4433268738590.830587420067-0.0248361111010.208127061943-0.0562077327175-0.01955047389620.2575425130830.01024719524180.19644552636-13.53617528519.96161485734-0.122652290635
57.63537080870.282840756433-0.02758138395296.5171142384-0.2583443503763.48484922118-0.04057579323840.285086500853-0.484096064945-0.7883188636620.0989072275244-0.1303651416560.2231035612390.572071587818-0.05547818023050.164165330005-0.0191649840574-0.0007249922357450.2248043373670.004914296459850.204954194647-3.22596617719.21169909315-7.95592119829
69.259015968454.023238451661.807446604522.961954984740.8997259416921.099709767330.0893466347883-0.09416538801370.4665734391030.0782214039311-0.03030150505430.221662662908-0.0979402081153-0.1288123167060.01232439377880.1640564620040.01963114309180.03509465539670.1706298283760.0338290015680.155083205243-27.126586559611.0942208246-8.25939077634
76.23468308083-0.221709018401-4.395300032016.988395201742.853741908474.12776808968-0.0362144078443-0.490154047784-0.5505913357770.6400914606950.2629901660690.9835823893740.280241879671-0.8930553174970.3287906467960.216780049346-0.09052165527640.1031746406530.4425051138840.162278351820.484915043104-42.9247135388-1.61116042046-6.56826480966
87.43339629273-1.14052520532-0.2381537399532.812843604131.938318741156.78716674935-0.1612956323490.367798302941-0.449599209001-0.3696695280820.1619722172930.1268834126220.42781382474-0.05127950020520.1973778791640.1210693211770.0249220839640.007777508473040.1453632593250.01890241976870.147482783923-29.30291159141.22717845758-14.568263389
94.10344329967-0.222152186185-0.4247065844978.35945536755-2.21627969294.551087571120.0660777562831-0.05115276564550.15727042941-0.413069899673-0.23315654961-0.2829774883910.322194164877-0.1769944533840.1627384195970.111598628879-0.00524086358728-0.002859048251320.194531651307-0.05639639778720.111757221244-23.6763384506-0.392676417686-44.2585623834
103.576762262492.473526796432.340070259942.915682700041.60006327033.534803892180.14447384916-0.012191004699-0.3337271206880.0744016900504-0.0767647325198-0.3122158182440.2847304111370.2154184385130.01069626438290.1630466089840.02013386087740.03238785764050.2120136366370.03803426324670.191100910247-12.65438556245.81040848517-31.1203313522
113.514059661-1.47466744835-0.5872395813588.560295972993.237831357664.64769433485-0.006773916475890.437301121851-0.00719859438273-0.81102094396-0.0909338960694-0.441693090462-0.3923856681280.356585289020.1077867627910.194857022102-0.0238222839277-0.001576104184130.2844551055460.04108960615060.227675877793-14.19749762619.21810921129-42.4867003931
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138.0277343146.7298899913-1.28188009837.54059082683-0.3526961935223.63072886070.154737267222-0.573000280511-0.700158660760.29511162736-0.293739314958-0.604518447230.6185192299230.1483833289570.1690701509140.2536217929190.05452202348060.001967519654440.2144248253490.03863581767540.182698037052-17.455449522-4.23286958731-34.31176566
145.58677561542.82351029516-0.6930364330882.79823992304-1.879231152395.877603358790.0702848886724-0.182778129163-0.7567312227640.06975245451440.1565322380020.8507242361131.42067624246-0.968077366518-0.1415465087110.653069377188-0.3358070025480.08712172644960.683656592823-0.01996803140880.478975099311-34.4135748867-14.9603902265-35.7052436116
154.365909481280.9320789207851.439961751315.558221824881.468787313735.42111288305-0.23640037136-0.552542373024-0.1348896494010.2125693152940.07484444190360.05899618416540.202368345337-0.6100413434380.01436320618260.34509938641-0.03461600142320.07494280087090.338652625996-0.05462786073170.178277154704-27.2031614607-3.24582262893-27.585169208
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'B' and (resid 8 through 35 )BA8 - 351 - 28
22chain 'B' and (resid 36 through 69 )BA36 - 6929 - 62
33chain 'B' and (resid 70 through 103 )BA70 - 10363 - 96
44chain 'C' and (resid 6 through 20 )CB6 - 201 - 15
55chain 'C' and (resid 21 through 29 )CB21 - 2916 - 24
66chain 'C' and (resid 30 through 57 )CB30 - 5725 - 52
77chain 'C' and (resid 58 through 64 )CB58 - 6453 - 59
88chain 'C' and (resid 65 through 80 )CB65 - 8060 - 75
99chain 'A' and (resid 9 through 40 )AC9 - 401 - 32
1010chain 'A' and (resid 41 through 100 )AC41 - 10033 - 92
1111chain 'D' and (resid 6 through 20 )DD6 - 201 - 15
1212chain 'D' and (resid 21 through 29 )DD21 - 2916 - 24
1313chain 'D' and (resid 30 through 57 )DD30 - 5725 - 52
1414chain 'D' and (resid 58 through 64 )DD58 - 6453 - 59
1515chain 'D' and (resid 65 through 80 )DD65 - 8060 - 75

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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