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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7da1 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the chicken MHF complex | ||||||
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![]() | DNA BINDING PROTEIN / histone fold / DNA binding / DNA repair / nucleus | ||||||
機能・相同性 | ![]() PKR-mediated signaling / Amplification of signal from unattached kinetochores via a MAD2 inhibitory signal / Resolution of Sister Chromatid Cohesion / EML4 and NUDC in mitotic spindle formation / RHO GTPases Activate Formins / Separation of Sister Chromatids / Deposition of new CENPA-containing nucleosomes at the centromere / Fanconi Anemia Pathway / FANCM-MHF complex / Fanconi anaemia nuclear complex ...PKR-mediated signaling / Amplification of signal from unattached kinetochores via a MAD2 inhibitory signal / Resolution of Sister Chromatid Cohesion / EML4 and NUDC in mitotic spindle formation / RHO GTPases Activate Formins / Separation of Sister Chromatids / Deposition of new CENPA-containing nucleosomes at the centromere / Fanconi Anemia Pathway / FANCM-MHF complex / Fanconi anaemia nuclear complex / resolution of meiotic recombination intermediates / kinetochore assembly / replication fork processing / kinetochore / protein heterodimerization activity / cell division / DNA repair / chromatin binding / DNA binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Ito, S. / Nishino, T. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structural analysis of the chicken FANCM-MHF complex and its stability. 著者: Ito, S. / Nishino, T. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 181.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 119.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 11875.330 Da / 分子数: 2 / 変異: C26A,C28A,C55A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: タンパク質 | 分子量: 9361.746 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.45 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 0.1 M MOPS-HEPES pH 7.0, 0.1 M Carboxylic acids mix, 15% MPD, 20% PEG3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年3月11日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.01→40.46 Å / Num. obs: 27614 / % possible obs: 99.85 % / 冗長度: 12.6 % / Biso Wilson estimate: 24.65 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.103 / Rpim(I) all: 0.03 / Rrim(I) all: 0.108 / Net I/σ(I): 22.3 |
反射 シェル | 解像度: 2.01→2.082 Å / Rmerge(I) obs: 0.772 / Mean I/σ(I) obs: 3 / Num. unique obs: 2661 / Rpim(I) all: 0.217 / Rrim(I) all: 0.802 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 3B0B 解像度: 2.01→40.46 Å / SU ML: 0.1768 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 19.6702 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 31.39 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.01→40.46 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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