PDB-7d9p: Crystal Structure of Recombinant Human Acetylcholinesterase in Co...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7d9p

タイトル

Crystal Structure of Recombinant Human Acetylcholinesterase in Complex with Compound 12

要素

Acetylcholinesterase

キーワード

HYDROLASE / AchE inhibitor / complex structure

機能・相同性

機能・相同性情報

negative regulation of synaptic transmission, cholinergic / serine hydrolase activity / Neurotransmitter clearance / acetylcholine catabolic process in synaptic cleft / cholinesterase activity / acetylcholine catabolic process / acetylcholinesterase / amyloid precursor protein metabolic process / acetylcholine binding / acetylcholine receptor signaling pathway ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.85 Å

データ登録者

Liu, Q.F. / Yin, W.C.

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2021
タイトル: Kinetics-Driven Drug Design Strategy for Next-Generation Acetylcholinesterase Inhibitors to Clinical Candidate.
著者: Zhou, Y. / Fu, Y. / Yin, W. / Li, J. / Wang, W. / Bai, F. / Xu, S. / Gong, Q. / Peng, T. / Hong, Y. / Zhang, D. / Zhang, D. / Liu, Q. / Xu, Y. / Xu, H.E. / Zhang, H. / Jiang, H. / Liu, H.

履歴

登録	2020年10月14日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2021年8月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月29日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.2	2024年11月6日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7d9p.cif.gz	217.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7d9p.ent.gz	170.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7d9p.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d9/7d9p ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d9/7d9p	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7d9oC 7d9qC 4ey7S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1gpk-1 4ey7-d 6wvp-1 5fpq-2 6cqz-1 2wls-d 6cqt-1 2vja-d 7d9q-1 6wuz-1 6cqu-1 2whp-d 2xud-d 2jgi-d 2ha6-d 7d9o-1 6ntn-1 2c0q-d 2v97-d 5hq3-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#54 - 2004年6月アセチルコリンエステラーゼ (Acetylcholinesterase) 類似性 (14) #194 - 2016年2月人工設計インスリン (Designer Insulins) 類似性 (1) #52 - 2004年4月成長ホルモン (Growth Hormone) 類似性 (1) #141 - 2011年9月 O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase) 類似性 (1) #14 - 2001年2月インスリン (Insulin) 類似性 (1) #184 - 2015年4月グルカゴン (Glucagon) 類似性 (1) #149 - 2012年5月レプチン (Leptin) 類似性 (1) #202 - 2016年10月ジペプチジルペプチダーゼ4 (Dipeptidyl Peptidase 4) 類似性 (1) #222 - 2018年6月タンパク質とナノ粒子 (Proteins and Nanoparticles) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

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NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#54 - 2004年6月
アセチルコリンエステラーゼ (Acetylcholinesterase)
類似性 (14)
#194 - 2016年2月
人工設計インスリン (Designer Insulins)
類似性 (1)
#52 - 2004年4月
成長ホルモン (Growth Hormone)
類似性 (1)
#141 - 2011年9月
O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase)
類似性 (1)
#14 - 2001年2月
インスリン (Insulin)
類似性 (1)
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グルカゴン (Glucagon)
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レプチン (Leptin)
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#202 - 2016年10月
ジペプチジルペプチダーゼ4 (Dipeptidyl Peptidase 4)
類似性 (1)
#222 - 2018年6月
タンパク質とナノ粒子 (Proteins and Nanoparticles)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Acetylcholinesterase

B: Acetylcholinesterase

ヘテロ分子

124 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Acetylcholinesterase

ヘテロ分子

B: Acetylcholinesterase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
124 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	104.944, 104.944, 323.616
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	152
Space group name H-M	P3₁21

#1: タンパク質

Acetylcholinesterase / AChE

分子量: 60825.508 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ACHE / 発現宿主:

Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P22303, acetylcholinesterase

#2: 多糖

2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta- ...

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 570.542 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1221m-1a_1-5]/1-1-2/a4-b1_a6-c1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}	LINUCS	PDB-CARE

#3: 化合物

ChemComp-H0R / (2S)-2-[[4-fluoranyl-1-[(2-fluorophenyl)methyl]piperidin-4-yl]methyl]-5,6-dimethoxy-2,3-dihydroinden-1-one

分子量: 415.473 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₄H₂₇F₂NO₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

研究の焦点であるリガンドがあるか

Y

Has protein modification

Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.23 Å³/Da / 溶媒含有率: 70.91 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法詳細: 0.16-0.22M potassium nitrate, 16-20% polyethylene glycol (PEG) 3350

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRF

/ ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.979 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年12月11日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.979 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.85→50 Å / Num. obs: 49281 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 17.3 % / R_merge(I) obs: 0.244 / R_pim(I) all: 0.059 / R_rim(I) all: 0.251 / Χ²: 0.956 / Net I/σ(I): 4.3 / Num. measured all: 853867

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
2.85-2.9	10	1.027	2382	0.828	0.318	1.079	0.906	98.8
2.9-2.95	11.2	0.957	2406	0.907	0.283	1.001	0.929	99.9
2.95-3.01	12.8	0.971	2454	0.931	0.271	1.009	0.917	100
3.01-3.07	13.6	0.851	2419	0.948	0.231	0.883	0.938	100
3.07-3.14	14.5	0.754	2407	0.963	0.2	0.781	0.933	100
3.14-3.21	16.3	0.802	2428	0.953	0.201	0.827	0.929	100
3.21-3.29	18.1	0.748	2457	0.97	0.179	0.769	0.93	100
3.29-3.38	18.7	0.589	2438	0.984	0.139	0.605	0.958	100
3.38-3.48	19.2	0.57	2423	0.983	0.132	0.585	0.955	100
3.48-3.59	19.6	0.442	2412	0.989	0.102	0.454	0.987	100
3.59-3.72	19.9	0.372	2453	0.989	0.085	0.382	1.009	100
3.72-3.87	19.7	0.313	2484	0.994	0.072	0.321	1.026	100
3.87-4.04	18.3	0.243	2450	0.994	0.058	0.25	1.053	100
4.04-4.26	19	0.217	2440	0.994	0.051	0.223	1.066	100
4.26-4.52	20.7	0.179	2478	0.995	0.04	0.184	1.135	100
4.52-4.87	20.4	0.148	2477	0.995	0.033	0.152	1.044	100
4.87-5.36	19.9	0.137	2484	0.996	0.031	0.14	0.977	100
5.36-6.14	17.9	0.12	2522	0.996	0.029	0.123	0.902	100
6.14-7.73	19.7	0.089	2555	0.998	0.02	0.091	0.804	100
7.73-50	16.7	0.051	2712	0.998	0.012	0.053	0.618	99.9

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

	最高解像度	最低解像度
Rotation	4.56 Å	35.96 Å
Translation	4.56 Å	35.96 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	V1.18.2	精密化
HKL-3000		データスケーリング
PHASER	2.8.3	位相決定
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4ey7

4ey7

解像度: 2.85→35.96 Å / SU ML: 0.32 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.55 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2189	2301	5.03 %
R_work	0.1798	43441	-
obs	0.1817	45742	92.91 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 134.08 Å² / B_iso mean: 46.6022 Å² / B_iso min: 17.98 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.85→35.96 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8156	0	136	0	8292
B_iso mean	-	-	56.54	-	-
残基数	-	-	-	-	1054

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 16

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.85-2.91	0.3282	79	0.2594	1554	1633	53
2.91-2.98	0.3224	102	0.2484	1905	2007	67
2.98-3.06	0.3195	137	0.2534	2352	2489	84
3.06-3.14	0.3165	158	0.2476	2608	2766	90
3.14-3.23	0.3064	160	0.2353	2849	3009	99
3.23-3.34	0.2373	152	0.226	2868	3020	100
3.34-3.45	0.2638	116	0.2078	2917	3033	100
3.45-3.59	0.2764	180	0.2028	2866	3046	100
3.59-3.76	0.2147	147	0.1782	2937	3084	100
3.76-3.95	0.2158	149	0.1641	2923	3072	100
3.95-4.2	0.2115	185	0.1583	2894	3079	100
4.2-4.52	0.1692	145	0.1429	2911	3056	100
4.53-4.98	0.1908	147	0.1386	2940	3087	100
4.98-5.7	0.1869	158	0.16	2964	3122	100
5.7-7.17	0.1791	154	0.1753	2991	3145	100
7.17-35.96	0.1721	132	0.1689	2962	3094	93

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